Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGTAGTGTCTTGAGAGATTTGTCCTCCATGCGACGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTGgttggtacctagagtttcagtttgtttggacaaagaactgcctcttgtgaatcaatagtattgtgacctgttgatgcattatcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G070218_T01
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G070218_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os02g51410.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
AGTAGTGTCTTGAGAGATTTGTCCTCCATGCGACGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTGgttggtacctagagtttcagtttgtttggacaaagaactgcctcttgtga--------------atcaatagtattgtgacctgtt-gatgcattatcag
|||||||||||||| ||||||||||| |||   |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||   |         |||  ||| |   |    |  | |   | |||||               || || | |||||||| || || | || ||||||||
AGTAGTGTCTTGAGGGATTTGTCCTCAATGAAGCGATTAGTTGTTGCTACTGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAGTTAACTGgtatctggagttcacttctatttttcctgttggaatagtttattttgtggcttctcttattttgattaacaatattgtgatctctttgttgtattatcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60358208|gb|DN225181.1|DN225181
EST:     CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTG                         GAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
genomic: CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTGgttggtacct ... gcattatcagGAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
EST: gi|60338581|gb|DN205554.1|DN205554
EST:     CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTG                         GAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
genomic: CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTGgttggtacct ... gcattatcagGAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
EST: gi|211208198|gb|FL442564.1|FL442564
EST:     CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTG                         GAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
genomic: CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTGgttggtacct ... gcattatcagGAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
EST: gi|211466253|gb|FL386709.1|FL386709
EST:     CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTG                         GAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
genomic: CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTGgttggtacct ... gcattatcagGAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
EST: gi|211063379|gb|FL406022.1|FL406022
EST:     CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTG                         GAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
genomic: CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTGgttggtacct ... gcattatcagGAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
EST: gi|211221229|gb|FL370915.1|FL370915
EST:     CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTG                         GAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
genomic: CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTGgttggtacct ... gcattatcagGAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
EST: gi|211387313|gb|FL389279.1|FL389279
EST:     CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTG                         GAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
genomic: CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTGgttggtacct ... gcattatcagGAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
EST: gi|149095243|gb|EE180868.2|EE180868
EST:     CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTG                         GAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
genomic: CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTGgttggtacct ... gcattatcagGAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
EST: gi|60337499|gb|DN204472.1|DN204472
EST:     CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTG                         GAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
genomic: CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTGgttggtacct ... gcattatcagGAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
EST: gi|211026346|gb|FL457625.1|FL457625
EST:     CGATTAGTTGTTGCCACCGRAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTG                         GAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
genomic: CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTGgttggtacct ... gcattatcagGAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
EST: gi|60354260|gb|DN221233.1|DN221233
EST:     CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTG                         GAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
genomic: CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTGgttggtacct ... gcattatcagGAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
EST: gi|60337794|gb|DN204767.1|DN204767
EST:     CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTG                         GAGATATATGAAGAAGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
genomic: CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTGgttggtacct ... gcattatcagGAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
EST: gi|93281433|gb|EB673697.1|EB673697
EST:     CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTG                         GAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
genomic: CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTGgttggtacct ... gcattatcagGAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
EST: gi|86466258|gb|DY232630.1|DY232630
EST:     CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTG                         GAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
genomic: CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTGgttggtacct ... gcattatcagGAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGTAGTGTCTTGAGAGATTTGTCCTCCATGCGACGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTGgttggtacctagagtttcagtttgtttggacaaagaactgcctcttgtgaatcaatagtattgtgacctgttgatgcattatcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT