ERISdb: a Database of Plant Splice Sites

General
Orthologs
EST
RNA-Seq

Sequence

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcacatgcgttgtcacattcttactattatgacacttcaatcgcttgagcatcaatcttctatttccatgacgtgtttttgttgtattcag

Basic information

species	Zea mays
transcript	GRMZM2G045371_T02
intron #	6
splice site	5'
intron type	U2

Orthologous splice sites

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

upper sequence: GRMZM2G045371_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os06g43570.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7

CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcacatgcgttgtcacattcttactattatgacacttcaatcgcttgagcatcaatcttctatt-----tccatgacgtgtttttgttgtattcag
 ||||||| |||||||| |||||||| || ||||| ||| | |||||||| || ||||| ||||| || || ||||| |||| |||  || |||||||||||||| |   |  |   |   |   |     |   | |   ||   ||   | ||   ||  | |     | | | | |     || || |||    
GAACCTGAAGAACTCTTTGAGACTATCTCACAAGCTCTGCAGTCATCAGTTGATCGTGATTGCCTCAGTGGTTGGGGAGGCTTTGTTCTGCTTGTgtaagttcacttcactaattcaagattggatgagtggcttcatttttcttctgttaaacagcttttgaattaaaatacgttatgcaccattattttatct--

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments

ATGC    EST sequence
ATGC    genomic sequence (exon)
ATGC    genomic sequence (truncated intron)

EST: gi|60396523|gb|DN229392.1|DN229392

EST:     TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

EST: gi|37376121|gb|CF624562.1|CF624562

EST:     TCAGTAGATCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGCTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

EST: gi|71759295|gb|DR957232.1|DR957232

EST:     TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

EST: gi|211320125|gb|FL100656.1|FL100656

EST:     TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

EST: gi|71533772|gb|DR784531.1|DR784531

EST:     TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

EST: gi|76018879|gb|DT946049.1|DT946049

EST:     TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

EST: gi|89251732|gb|DY623518.1|DY623518

EST:     TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGGTATGTGTTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

EST: gi|8273042|gb|BE012139.1|BE012139

EST:     TCAGTAGATCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGCTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

EST: gi|19437162|gb|BM953572.1|BM953572

EST:     TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

EST: gi|32802701|gb|CD954937.1|CD954937

EST:     TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATAGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTA
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTA

EST: gi|33094866|gb|CF054860.1|CF054860

EST:     TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

EST: gi|76923710|gb|DV169620.1|DV169620

EST:     TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

EST: gi|113702572|gb|EE680076.1|EE680076

EST:     TCAGTAGATCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGCTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

EST: gi|211320129|gb|FL100660.1|FL100660

EST:     AGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGGTGGCTATGTGGTGGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAA
genomic: AGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGG-TGGCTATGTGTTG-ATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAA

EST: gi|5847042|gb|AW000121.1|AW000121

EST:     TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGT                         GACCCCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

EST: gi|5847438|gb|AW000517.1|AW000517

EST:     TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGG                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGGGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

EST: gi|14244825|gb|BG842763.2|BG842763

EST:     TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

EST: gi|71438351|gb|DR819401.1|DR819401

EST:     TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

EST: gi|33097470|gb|CF057430.1|CF057430

EST:     GTGTTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: GTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

EST: gi|32933540|gb|CF038352.1|CF038352

EST:     TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGGTGGACTAAAT
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

EST: gi|60355770|gb|DN222743.1|DN222743

EST:     TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

EST: gi|5819196|gb|AI987402.1|AI987402

EST:     TCAGTAGGCCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGT                         GACNCCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

EST: gi|76284605|gb|DV024173.1|DV024173

EST:     TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGTCTATGTGTTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

EST: gi|14243549|gb|BG841232.2|BG841232

EST:     TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

EST: gi|32802966|gb|CD955202.1|CD955202

EST:     TCAGTAGACCGTGGCTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTA
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTA

EST: gi|5895676|gb|AW036922.1|AW036922

EST:     TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

EST: gi|78091664|gb|DV520038.1|DV520038

EST:     TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

EST: gi|5525801|gb|AI861694.1|AI861694

EST:     TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

EST: gi|50337097|gb|CO532223.1|CO532223

EST:     TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

EST: gi|60337993|gb|DN204966.1|DN204966

EST:     TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

EST: gi|37390704|gb|CF632585.1|CF632585

EST:     TCAGTAGATCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGCTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

EST: gi|18654593|gb|BM499398.1|BM499398

EST:     TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

EST: gi|60395156|gb|DN228025.1|DN228025

EST:     TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

EST: gi|60344976|gb|DN211949.1|DN211949

EST:     TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

EST: gi|71433402|gb|DR814452.1|DR814452

EST:     TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

EST: gi|61118923|gb|DN559884.1|DN559884

EST:     TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

EST: gi|6056973|gb|AW091378.1|AW091378

EST:     TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

EST: gi|32805139|gb|CD957375.1|CD957375

EST:     TCAGTAGATCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTAATTA
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTA

EST: gi|166411833|gb|EG246887.1|EG246887

EST:     CTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGCTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: CTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

EST: gi|78086605|gb|DV514998.1|DV514998

EST:     TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

EST: gi|89760015|gb|DY688633.1|DY688633

EST:     TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGGTATGTGTTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

EST: gi|76923708|gb|DV169619.1|DV169619

EST:     TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

EST: gi|113592156|gb|DW760545.1|DW760545

EST:     CTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: CTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

EST: gi|78106723|gb|DV525141.1|DV525141

EST:     TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

EST: gi|40334026|gb|CK368096.1|CK368096

EST:     TCAGTAGATCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGCTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

EST: gi|33101464|gb|CF061424.1|CF061424

EST:     TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

EST: gi|31361651|gb|CD446008.1|CD446008

EST:     TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGA
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGA

EST: gi|32789254|gb|CD941490.1|CD941490

EST:     TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTA
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTA

EST: gi|71774247|gb|DR972125.1|DR972125

EST:     TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

EST: gi|60352145|gb|DN219118.1|DN219118

EST:     TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

EST: gi|116826373|gb|EC870155.1|EC870155

EST:     TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAACATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

RNA-Seq data

ATGC Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

atgs Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.

Found data for 4 RNA-Seq libraries.

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 382

CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGTgtaagttcac ... ttgtattcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAATAATGGCCACTAGAATTATTAGCTGGTTTCCAATGCTTAAGACCAATGTT

Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 420

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 531