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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCTTCACTGGCATTGGTGTTGGTGCCGCTTACCATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAGgtcagatgtttgatcaattctgcaaatcaccatactaattcaattattacaatatttgcttgctttgatttgttctttactcattggcatatctcttggt...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G043198_T03
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G043198_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os08g42410.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
---GGCTTCACTGGCATTGGTGTTGGTGCCGCTTACCATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAGgtcagatgtttgatcaattctgcaaatcaccatactaattcaattattacaatatttgcttgctttgatttgttctttactcattggcatat---ctcttggt-
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GCTGGTTTTACTGGAATTGGTGTTGGTGCTGCCTATCAAGGTCTTCGCCCTGTGGTTGAGTTCATGACATTTAACTTCTCTATGCAGgtcaatcattcact--attct-cacttaaatttatatgtttgatt-tcagaatgtgccttttcctttgtttttaagcagattatttggttctgcacacttagaa

upper sequence: GRMZM2G043198_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA02G46380.2 (Glycine max), 5'ss of exon 6
---GGCTTCACTGGCATTGGTGTTGGTGCCGCTTACCATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAGgtcagatgtttgatcaattctgcaaatcaccatactaattcaattattacaatatttgct-tgctttgatttgttctttactcattggcatatctcttggt--
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GCTGGGTTTACTGGGATTGGAGTTGGCGCTGCTTACTATGGTCTAAGGCCTGTTGTGGAGTTCATGACTTTTAACTTCTCCATGCAGgttggagtttatcttgattgcatccttt-ctttcttaaattgagtgtcaagttaagtgatatgtctt--ttactgctgcgccacttaacttatgtatatgtac

upper sequence: GRMZM2G043198_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: Vv01s0146g00310.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
---GGCTTCACTGGCATTGGTGTTGGTGCCGCTTACCATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAGgtcagatgtttgatcaat---tctgcaaatcaccatactaattcaattattacaatatttgcttgctttgatttgttctttactcattggcatatctcttggt-
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GCTGGTTTTACTGGGATTGGAGTTGGTGCTGCTTACTATGGTCTTAAGCCTGTTGTAGAGTTCATGACATTTAATTTCTCTATGCAGgttaga-gtcttatcactatatactcaaattatgaaaatt-tctagttctgattttatttgatgttctcaaattgaacctt--tagctgggattggtcaaaact

upper sequence: GRMZM2G043198_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: Vv17s0000g00690.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
---GGCTTCACTGGCATTGGTGTTGGTGCCGCTTACCATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAGgtcagatgtttgatcaattctgcaaatcaccatactaattcaattattacaatatttgcttgctttgatttgttct-ttactcattggcatatctcttggt-----
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GCGGGCTTTGCCGGAATTGGAGTTGGTGCTGCTTACCATGGTCTTAAGCCTATCATAGAATTTATGACATTTAATTTCTCCTTGCAGgtcaga--gttactt--tcttaaaaattggtctttgaattgagtcttaatcatgtct--taggtctctcttgtggtattaccagttaccacctctattcctgtatc

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149112130|gb|EE191255.2|EE191255
EST:     ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAG                         GCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
genomic: ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAGgtcagatgtt ... ttatgttcagGCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
EST: gi|71432759|gb|DR813809.1|DR813809
EST:     ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAG                         GCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
genomic: ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAGgtcagatgtt ... ttatgttcagGCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
EST: gi|71310907|gb|DR791756.1|DR791756
EST:     ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAG                         GCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
genomic: ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAGgtcagatgtt ... ttatgttcagGCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
EST: gi|211063939|gb|FL426137.1|FL426137
EST:     ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAG                         GCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCNAGTCGAACTACATGTCTGCT
genomic: ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAGgtcagatgtt ... ttatgttcagGCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
EST: gi|31355375|gb|CD439732.1|CD439732
EST:     ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAG                         GCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
genomic: ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAGgtcagatgtt ... ttatgttcagGCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
EST: gi|211017664|gb|FL418154.1|FL418154
EST:     ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTGTTCGATGCAG                         GCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
genomic: ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAGgtcagatgtt ... ttatgttcagGCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
EST: gi|76282096|gb|DV021664.1|DV021664
EST:     ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAG                         GCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
genomic: ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAGgtcagatgtt ... ttatgttcagGCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
EST: gi|211444057|gb|FL415432.1|FL415432
EST:     ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAG                         GCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCG
genomic: ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAGgtcagatgtt ... ttatgttcagGCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCG
EST: gi|211395332|gb|FL395257.1|FL395257
EST:     ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAG                         GCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
genomic: ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAGgtcagatgtt ... ttatgttcagGCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
EST: gi|211491514|gb|FL426447.1|FL426447
EST:     ATGGTCTTCGAC-TATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAG                         GCAATTGATCACATAATTGATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
genomic: ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAGgtcagatgtt ... ttatgttcagGCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
EST: gi|149008831|gb|EE041037.2|EE041037
EST:     ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAG                         GCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
genomic: ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAGgtcagatgtt ... ttatgttcagGCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
EST: gi|22473034|gb|BU037529.1|BU037529
EST:     ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAG                         GCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
genomic: ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAGgtcagatgtt ... ttatgttcagGCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
EST: gi|211016844|gb|FL388973.1|FL388973
EST:     ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAG                         GCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
genomic: ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAGgtcagatgtt ... ttatgttcagGCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
EST: gi|211003333|gb|FL404181.1|FL404181
EST:     ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAG                         GCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTC
genomic: ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAGgtcagatgtt ... ttatgttcagGCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTC
EST: gi|50323851|gb|CO518977.1|CO518977
EST:     ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAG                         GCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
genomic: ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAGgtcagatgtt ... ttatgttcagGCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
EST: gi|50338477|gb|CO533603.1|CO533603
EST:     ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAG                         GCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
genomic: ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAGgtcagatgtt ... ttatgttcagGCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
EST: gi|148962973|gb|EE013917.2|EE013917
EST:     ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAG                         GCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
genomic: ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAGgtcagatgtt ... ttatgttcagGCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
EST: gi|148957039|gb|EC902998.2|EC902998
EST:     ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAG                         GCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
genomic: ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAGgtcagatgtt ... ttatgttcagGCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
EST: gi|149083342|gb|EE172638.2|EE172638
EST:     ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAG                         GCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
genomic: ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAGgtcagatgtt ... ttatgttcagGCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
EST: gi|78112129|gb|DV530525.1|DV530525
EST:     ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAG                         GCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
genomic: ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAGgtcagatgtt ... ttatgttcagGCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
EST: gi|148986266|gb|EE029999.2|EE029999
EST:     ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAG                         GCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
genomic: ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAGgtcagatgtt ... ttatgttcagGCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
EST: gi|18964295|gb|BM660923.1|BM660923
EST:     ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAG                         GCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
genomic: ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAGgtcagatgtt ... ttatgttcagGCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
EST: gi|211493595|gb|FL394896.1|FL394896
EST:     ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAG                         GCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
genomic: ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAGgtcagatgtt ... ttatgttcagGCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
EST: gi|38687965|gb|CK144996.1|CK144996
EST:     ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAG                         GCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
genomic: -TGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAGgtcagatgtt ... ttatgttcagGCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
EST: gi|149083993|gb|EE173384.2|EE173384
EST:     ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAG                         GCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
genomic: ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAGgtcagatgtt ... ttatgttcagGCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
EST: gi|32828953|gb|CD968631.1|CD968631
EST:     ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAG                         GCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
genomic: ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAGgtcagatgtt ... ttatgttcagGCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
EST: gi|149008355|gb|EE040508.2|EE040508
EST:     ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAG                         GCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
genomic: ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAGgtcagatgtt ... ttatgttcagGCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
EST: gi|211499368|gb|FL394923.1|FL394923
EST:     ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAG                         GCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
genomic: ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAGgtcagatgtt ... ttatgttcagGCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
EST: gi|149080209|gb|EE169232.2|EE169232
EST:     ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAG                         GCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
genomic: ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAGgtcagatgtt ... ttatgttcagGCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
EST: gi|78092119|gb|DV520493.1|DV520493
EST:     ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAG                         GCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
genomic: ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAGgtcagatgtt ... ttatgttcagGCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
EST: gi|32828890|gb|CD968568.1|CD968568
EST:     ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAG                         GCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
genomic: ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAGgtcagatgtt ... ttatgttcagGCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
EST: gi|71431246|gb|DR812296.1|DR812296
EST:     ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAG                         GCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
genomic: ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAGgtcagatgtt ... ttatgttcagGCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
EST: gi|149060161|gb|EE157129.2|EE157129
EST:     ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAG                         GCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
genomic: ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAGgtcagatgtt ... ttatgttcagGCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
EST: gi|148995150|gb|EE034430.2|EE034430
EST:     ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAG                         GCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
genomic: ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAGgtcagatgtt ... ttatgttcagGCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
EST: gi|71316612|gb|DR794981.1|DR794981
EST:     ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAG                         GCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
genomic: ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAGgtcagatgtt ... ttatgttcagGCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
EST: gi|31354921|gb|CD439278.1|CD439278
EST:     ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAG                         GCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
genomic: ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAGgtcagatgtt ... ttatgttcagGCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
EST: gi|31357689|gb|CD442046.1|CD442046
EST:     ATGGGCTTCGACCTATTGGAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAG                         GCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
genomic: ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAGgtcagatgtt ... ttatgttcagGCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
EST: gi|211503999|gb|FL380203.1|FL380203
EST:     ATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAG                         GCAATTGATCACATAATTAATTCAGCTGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCT
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