Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAACCTGGAGGCAGAGGCATTGGACGTGGCCAAGATGATGGAGGTAGAGGCAGTGGTGGCCGTGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacacacttcgtaaccacttacatatatttacagtcccaccccatagtttcaagggataccaccaatctgtgggacgcgttacttgttagtgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G038606_T02
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G038606_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os01g15310.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
AAACCTGGAGGCAGAGGCATTGGACGTGGCCAAGATGATGGAGGTAG---AGGCAGTGGTGGCCGTGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacacacttcgtaaccacttacatatatttacagtcccacccca---------tagtttcaagggataccaccaatctgtgggacgcgttacttgttagtgcag
   |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||   |||| ||||||||||||||||||| ||| |||| |  |||||||| | ||||||||  |   | |     | ||| |      || |   |||    |         | ||||  ||||  |  |||||||||      |   |   ||  ||     
---CCTGGAGGCAGAGGCATTGGGCGTGGCCAGGATGATGGTGGCAGCAAAGGCGGTGGTGGCCGTGGAAGGGGAGGAATTGGAGGTAAAGGTGGCATCAAAGgtatgcttcttgcttgaatttagactctactataccgccaaagtagtttgtattttgttttgagggg-ataaccaatctgct---tgtactctatggcag-----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|113842745|gb|DW969598.1|DW969598
EST:     TGGTAACAAAG                         GTGGGGGCCGTGGTCGTGGCTGAAGCTGGTCGACACAAAGGG-GAATGCCG
genomic: TGGTAACAAAGgtacacactt ... gttagtgcagGTGGGGGCCGTGGTCGTGGCTGAAGCTGGTCGACACAA-GGGAGAATGCCG
EST: gi|94474355|gb|EB703313.1|EB703313
EST:     CAGTGGTGGCCGTGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAG                         GTGGGGGCCGTGGTCGTGGCTGAAGCTGGTCGACACAAGGGAGAATGCCGC
genomic: CAGTGGTGGCCGTGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacacactt ... gttagtgcagGTGGGGGCCGTGGTCGTGGCTGAAGCTGGTCGACACAAGGGAGAATGCCGC
EST: gi|5343007|gb|AI795312.1|AI795312
EST:     CAGTGGTGGCCGTGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAG                         T
genomic: CAGTGGTGGCCGTGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacacactt ... gttagtgcag-
EST: gi|5343007|gb|AI795312.1|AI795312
EST:     CAGTGGTGGCCGTGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAG                         T
genomic: CAGTGGTGGCCGTGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacacactt ... gttagtgcag-
EST: gi|31358015|gb|CD442372.1|CD442372
EST:     CAGTGGTGGCCGTGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAG                         GTGGGGGCCGTGGTCGTGGCTGAAGCTGGTCGACACAAGGGAGAATGCCGC
genomic: CAGTGGTGGCCGTGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacacactt ... gttagtgcagGTGGGGGCCGTGGTCGTGGCTGAAGCTGGTCGACACAAGGGAGAATGCCGC
EST: gi|78115517|gb|DV533905.1|DV533905
EST:     CAGTGGTGGCCGTGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAG                         GTGGGGGCCGTGGTCGTGGCTGAAGCTGGTCGACACAAGGGAGAATGCCGC
genomic: CAGTGGTGGCCGTGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacacactt ... gttagtgcagGTGGGGGCCGTGGTCGTGGCTGAAGCTGGTCGACACAAGGGAGAATGCCGC
EST: gi|89252869|gb|DY624655.1|DY624655
EST:     CAGTGGTGGCCGTGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAG                         GTGGGGGCCGTGGTCGTGGCTGAAGCTGGTCGACACAAGGGAGAATGCCGC
genomic: CAGTGGTGGCCGTGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacacactt ... gttagtgcagGTGGGGGCCGTGGTCGTGGCTGAAGCTGGTCGACACAAGGGAGAATGCCGC
EST: gi|60337220|gb|DN204193.1|DN204193
EST:     CAGTGGTGGCCGTGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAG                         GTGGGGGCCGTGGTCGTGGCTGAAGCTGGTCGACACAAGGGAGAATGCCGC
genomic: CAGTGGTGGCCGTGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacacactt ... gttagtgcagGTGGGGGCCGTGGTCGTGGCTGAAGCTGGTCGACACAAGGGAGAATGCCGC
EST: gi|37396802|gb|CF635695.1|CF635695
EST:     CAGTGGTGGCCGTGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAG                         GTGGGGGCCGTGGTCGTGGCTGAAGCTGGTCGACACAAGGGAGAATGCCGC
genomic: CAGTGGTGGCCGTGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacacactt ... gttagtgcagGTGGGGGCCGTGGTCGTGGCTGAAGCTGGTCGACACAAGGGAGAATGCCGC
EST: gi|18179645|gb|BM380855.1|BM380855
EST:     CAGTGGTGGCCGTGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAG                         GTGGGGGCCGTGGTCGTGGCTGAAGCTGGTCGACACAAGGGAGAATGCCGC
genomic: CAGTGGTGGCCGTGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacacactt ... gttagtgcagGTGGGGGCCGTGGTCGTGGCTGAAGCTGGTCGACACAAGGGAGAATGCCGC
EST: gi|211533729|gb|FL071653.1|FL071653
EST:     CAGTGGTGGCCGTGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAG                         GTGGGGGCCGTGGTCGTGGCTGAAGCTGGTCGACACAAGGGAGAATGCCGC
genomic: CAGTGGTGGCCGTGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacacactt ... gttagtgcagGTGGGGGCCGTGGTCGTGGCTGAAGCTGGTCGACACAAGGGAGAATGCCGC
EST: gi|113852543|gb|DW972473.1|DW972473
EST:     GTGGTAACAAAG                         GTGGGGGCCGTGGTCGTGGCTGAAGCTGGTCGACACAAGGGAGAATGCCGC
genomic: GTGGTAACAAAGgtacacactt ... gttagtgcagGTGGGGGCCGTGGTCGTGGCTGAAGCTGGTCGACACAAGGGAGAATGCCGC
EST: gi|78107776|gb|DV526194.1|DV526194
EST:     CAGTGGTGGCCGTGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAG                         GTGGGGGCCGTGGTCGTGGCTGAAGCTGGTCGACACAAGGGAGAATGCCGC
genomic: CAGTGGTGGCCGTGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacacactt ... gttagtgcagGTGGGGGCCGTGGTCGTGGCTGAAGCTGGTCGACACAAGGGAGAATGCCGC
EST: gi|40333860|gb|CK367930.1|CK367930
EST:     AGTGGTGGCCGTGGAAGGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAG                         GTGGGGGCCGTGGTCGTGGCTGAAGCTGGTCGACACAAGGGAGAATGCCGC
genomic: AGTGGTGGCCGTGGAAGGGG-TGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacacactt ... gttagtgcagGTGGGGGCCGTGGTCGTGGCTGAAGCTGGTCGACACAAGGGAGAATGCCGC
EST: gi|37375632|gb|CF624266.1|CF624266
EST:     CAGTGGTGGCCGTGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAG                         GTGGGGGCCGTGGTCGTGGCTGAAGCTGGTCGACACAAGGGAGAATGCCGC
genomic: CAGTGGTGGCCGTGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacacactt ... gttagtgcagGTGGGGGCCGTGGTCGTGGCTGAAGCTGGTCGACACAAGGGAGAATGCCGC
EST: gi|9952507|gb|BE639090.1|BE639090
EST:     CAGTGGTGGCCGTGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAG                         GTGGGGGCCGCGGTCGTGGCTGAAGCTGGTCGACACAAGGGAGAATGCCGC
genomic: CAGTGGTGGCCGTGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacacactt ... gttagtgcagGTGGGGGCCGTGGTCGTGGCTGAAGCTGGTCGACACAAGGGAGAATGCCGC
EST: gi|76927712|gb|DV171333.1|DV171333
EST:     CAGTGGTGGCCGTGGAAGGGGTGGAGTTGGTTCCAAAGGTGGTAACAAAG                         GTGGGGGCCGTGGTCGTGGCTGAAGCTGGTCGACACAAGGGAGAATGCCGC
genomic: CAGTGGTGGCCGTGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacacactt ... gttagtgcagGTGGGGGCCGTGGTCGTGGCTGAAGCTGGTCGACACAAGGGAGAATGCCGC
EST: gi|84970052|gb|DW468427.1|DW468427
EST:     CAGTGGTGGCCGTGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAG                         GTGGGGGCCGTGGTCGTGGCTGAAGCTGGTCGACACAAGGGAGAATGCCGC
genomic: CAGTGGTGGCCGTGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacacactt ... gttagtgcagGTGGGGGCCGTGGTCGTGGCTGAAGCTGGTCGACACAAGGGAGAATGCCGC
EST: gi|211533734|gb|FL071658.1|FL071658
EST:     CAGCGGTGGCCGTGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAG                         GTGGGGGCCGTGGTCGTGGCTGAAGCTGGTCGACACAAGGGAGAATGCCGC
genomic: CAGTGGTGGCCGTGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacacactt ... gttagtgcagGTGGGGGCCGTGGTCGTGGCTGAAGCTGGTCGACACAAGGGAGAATGCCGC
EST: gi|78115516|gb|DV533904.1|DV533904
EST:     CAGTGGTGGCCGTGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAG                         GTGGGGGCCGTGGTCGTGGCTGAAGCTGGTCGACACAAGGGAGAATGCCGC
genomic: CAGTGGTGGCCGTGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacacactt ... gttagtgcagGTGGGGGCCGTGGTCGTGGCTGAAGCTGGTCGACACAAGGGAGAATGCCGC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AAACCTGGAGGCAGAGGCATTGGACGTGGCCAAGATGATGGAGGTAGAGGCAGTGGTGGCCGTGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacacacttcgtaaccacttacatatatttacagtcccaccccatagtttcaagggataccaccaatctgtgggacgcgttacttgttagtgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG