Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTGCAAATTTGGAACTACGTGTAAATATAACCATCCTCGAGATTGGAGCACTCCTAAGTCCAATTACATGTTCAGCCATCTATGCCTTCCACTTCGTCCGgtgagcatccatagcttggtatatatttattgacaggtctaattcagtaatgcttcttgtgaagttaccatatttccagtgatgaattaatttactttta...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G036837_T02
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|87157500|gb|DY402289.1|DY402289
EST:     CTCCTAAGTCCAATTACATGTTCAGCCATCTATGCCTTCCACTTCGTCCG                         GGTGCTCAGCCTTGTGCGTACTATGCCCAAAATGGATATTGCAGATATGGA
genomic: CTCCTAAGTCCAATTACATGTTCAGCCATCTATGCCTTCCACTTCGTCCGgtgagcatcc ... aaatgtatagGGTGCTCAGCCTTGTGCGTACTATGCCCAAAATGGATATTGCAGATATGGA
EST: gi|211483519|gb|FL337294.1|FL337294
EST:     CTCCTAAGTCCAATTACATGTTCAGCCATCTATGCCTTCCACTTCGTCCG                         GGTGCTCAGCCTTGTGCGTACTATGCCCAAAATGGATATTGCAGATATGGA
genomic: CTCCTAAGTCCAATTACATGTTCAGCCATCTATGCCTTCCACTTCGTCCGgtgagcatcc ... aaatgtatagGGTGCTCAGCCTTGTGCGTACTATGCCCAAAATGGATATTGCAGATATGGA
EST: gi|26560091|gb|CA832326.1|CA832326
EST:     CTCCTAAGTCCAATTACATGTTCAGCCATCTATGCCTTCCACTTCGTCCG                         GGTGCTCAGCCTTGTGCGTACTATGCCCAAAATGGATATTGCAGATATGGA
genomic: CTCCTAAGTCCAATTACATGTTCAGCCATCTATGCCTTCCACTTCGTCCGgtgagcatcc ... aaatgtatagGGTGCTCAGCCTTGTGCGTACTATGCCCAAAATGGATATTGCAGATATGGA
EST: gi|22935412|gb|BU571687.1|BU571687
EST:     CTCCTAAGTCCAATTACATGTTCAGCCATCTATGCCTTCCACTTCGTCCG                         GGTGCTCAGCCTTGTGCGTACTATGCCCAAAATGGATATTGCAGATATGGA
genomic: CTCCTAAGTCCAATTACATGTTCAGCCATCTATGCCTTCCACTTCGTCCGgtgagcatcc ... aaatgtatagGGTGCTCAGCCTTGTGCGTACTATGCCCAAAATGGATATTGCAGATATGGA
EST: gi|211111725|gb|FL361670.1|FL361670
EST:     CTCCTAAGACCAATTACATGTTCAGCCATCTATGCCTTCCACTTCGTCCG                         GGTGCTCAGCCTTGTGCGTACTATGCCC
genomic: CTCCTAAGTCCAATTACATGTTCAGCCATCTATGCCTTCCACTTCGTCCGgtgagcatcc ... aaatgtatagGGTGCTCAGCCTTGTGCGTACTATGCCC