Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCACCTTTTGATACAAAGCTCCAGAATACATTTATAATCCACTTCACTTATGGATGTGACTACTCACTAAAGgtattagaatcccaaactgattaatttcttcaatatatctggtttccatacgaaatttaaaaatattgagtgcataaagtagatattttattgttcctgttattttactgaaagtattattaatcttttag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G035595_T01
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G035595_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os01g16600.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
CCACCTTTTGATACAAAGCTCCAGAATACATTTATAATCCACTTCACTTATGGATGTGACTACTCACTAAAGgtattagaatcccaaactgattaatttcttcaatatatctggtttccatacgaaatttaaaaatattgagtgcataaagtagatattttattgttcctgttattttactgaa--agtattattaatcttttag----------------
|||||||||||||| || ||   |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||  |||| ||||||||  ||||||| |    | |  || ||| | | || |   |      || ||  ||||| |  ||||   |||||||| | |  | | | ||  | || |||| || |   | | | ||| |  ||  |                 
CCACCTTTTGATACCAAACTTGGGAATACATTTATTATCCACTTCACTTACGGATGTGACTATACACTCAAGgtattgaaatcccagatctgtgatgtttttctacagatataaatattcatcggaagctaaaatttctgaggcgataaagtaaagaagtcactattgtttttgttttgctaacataatgtaattgacattacactggcaaatgatttcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|5928606|gb|AW056003.1|AW056003
EST:     AGAATACATTTATAATCCACTTCACTTATGGATGTGACTACTCACTAAAG                         GGTGAACTGACTTATGGTAAAGTTGGTGAATGGCGATTTGACAAAAGATCA
genomic: AGAATACATTTATAATCCACTTCACTTATGGATGTGACTACTCACTAAAGgtattagaat ... aatcttttagGGTGAACTGACCTATGGTAAAGTTGGTGAATGGCGATTTGACAAAAGATCA
EST: gi|211142481|gb|FL118078.1|FL118078
EST:     AGAATACATTTATAATCCACTTCACTTATGGATGTGACTACTCACTAAAG                         GGTGAACTGACCTATGGTAAAGTTGGTGAATGGCGATTTGACAAAAGATCA
genomic: AGAATACATTTATAATCCACTTCACTTATGGATGTGACTACTCACTAAAGgtattagaat ... aatcttttagGGTGAACTGACCTATGGTAAAGTTGGTGAATGGCGATTTGACAAAAGATCA
EST: gi|71441274|gb|DR822324.1|DR822324
EST:     AGAATACATTTATAATCCACTTCACTTATGGATGTGACTACTCACTAAAG                         GGTGAACTGACCTATGGTAAAGTTGGTGAATGGCGATTTGACAAAAGATCA
genomic: AGAATACATTTATAATCCACTTCACTTATGGATGTGACTACTCACTAAAGgtattagaat ... aatcttttagGGTGAACTGACCTATGGTAAAGTTGGTGAATGGCGATTTGACAAAAGATCA
EST: gi|4776320|gb|AI665323.1|AI665323
EST:     AGAATACATTTATAATCCACTTCACTTATGGATGTGACTACTCACTAAAG                         GGTGAACTGACTTATGGTAAAGTTGGTGAATGGCGATTTGACAAAAGATCA
genomic: AGAATACATTTATAATCCACTTCACTTATGGATGTGACTACTCACTAAAGgtattagaat ... aatcttttagGGTGAACTGACCTATGGTAAAGTTGGTGAATGGCGATTTGACAAAAGATCA
EST: gi|211541587|gb|FL476015.1|FL476015
EST:     AGAATACATTTATAATCCACTTCACTTATGGATGTGACTACTCACTAAAG                         GGTGAACTGACCTATGGTAAAGTTGGTGAATGGCGATTTGACAAAAGATCA
genomic: AGAATACATTTATAATCCACTTCACTTATGGATGTGACTACTCACTAAAGgtattagaat ... aatcttttagGGTGAACTGACCTATGGTAAAGTTGGTGAATGGCGATTTGACAAAAGATCA
EST: gi|211025730|gb|FL435838.1|FL435838
EST:     AGAATACATTTATAATCCACTTCACTTATGGATGTGACTACTCACTAAAG                         GGTGAACTGACCTATGGTAAAGTTGGTGAATGGCGATTTGACAAAAGATCA
genomic: AGAATACATTTATAATCCACTTCACTTATGGATGTGACTACTCACTAAAGgtattagaat ... aatcttttagGGTGAACTGACCTATGGTAAAGTTGGTGAATGGCGATTTGACAAAAGATCA
EST: gi|211246948|gb|FL479530.1|FL479530
EST:     AGAATACATTTATAATCCACTTCACTTATGGATGTGACTACTCACTAAAG                         GGTGAACTGACCTATGGTAAAGTTGGTGAATGGCGATTTGACAAAAGATCA
genomic: AGAATACATTTATAATCCACTTCACTTATGGATGTGACTACTCACTAAAGgtattagaat ... aatcttttagGGTGAACTGACCTATGGTAAAGTTGGTGAATGGCGATTTGACAAAAGATCA
EST: gi|78027261|gb|DV495648.1|DV495648
EST:     AGAATACATTTATAATCCACTTCACTTATGGATGTGACTACTCACTAAAG                         GGTGAACTGACTTATGGTAAAGTTGGTGAATGGCGATTTGACAAAAGATCA
genomic: AGAATACATTTATAATCCACTTCACTTATGGATGTGACTACTCACTAAAGgtattagaat ... aatcttttagGGTGAACTGACCTATGGTAAAGTTGGTGAATGGCGATTTGACAAAAGATCA
EST: gi|71759438|gb|DR957375.1|DR957375
EST:     AGAATACATTTATAATCCACTTCACTTATGGATGTGACTACTCACTAAAG                         GGTGAACTGACCTATGGTAAAGTTGGTGAATGGCGATTTGACAAAAGATCA
genomic: AGAATACATTTATAATCCACTTCACTTATGGATGTGACTACTCACTAAAGgtattagaat ... aatcttttagGGTGAACTGACCTATGGTAAAGTTGGTGAATGGCGATTTGACAAAAGATCA
EST: gi|86472181|gb|DY238551.1|DY238551
EST:     AGAATACATTTATAATCCACTTCACTTATGGATGTGACTACTCACTAAAG                         GGTGAACTGACCTATGGTAAAGTTGGTGAATGGCGATTTGACAAAAGATCA
genomic: AGAATACATTTATAATCCACTTCACTTATGGATGTGACTACTCACTAAAGgtattagaat ... aatcttttagGGTGAACTGACCTATGGTAAAGTTGGTGAATGGCGATTTGACAAAAGATCA
EST: gi|149009585|gb|EE154018.2|EE154018
EST:     AGAATACATTTATAATCCACTTCACTTATGGATGTGACTACTCACTAAAG                         GGTGAACTGACCTATGGTAAAGTTGGTGAATGGCGATTTGACAAAAGATCA
genomic: AGAATACATTTATAATCCACTTCACTTATGGATGTGACTACTCACTAAAGgtattagaat ... aatcttttagGGTGAACTGACCTATGGTAAAGTTGGTGAATGGCGATTTGACAAAAGATCA
EST: gi|5928615|gb|AW056012.1|AW056012
EST:     AGAATACATTTATAATCCACTTCACTTATGGATGTGACTACTCACTAAAG                         GGTGAACTGACTTATGGTAAAGTTGGTGAATGGCGATTTGACAAAAGATCA
genomic: AGAATACATTTATAATCCACTTCACTTATGGATGTGACTACTCACTAAAGgtattagaat ... aatcttttagGGTGAACTGACCTATGGTAAAGTTGGTGAATGGCGATTTGACAAAAGATCA
EST: gi|5816276|gb|AI987192.1|AI987192
EST:     AGAATACATTTATAATCCACTTCACTTATGGATGTGACTACTCACTAAAG                         GGTGAACTGACTTATGGTAAAGTTGGTGAATGGCGATTTGACAAAAGATCA
genomic: AGAATACATTTATAATCCACTTCACTTATGGATGTGACTACTCACTAAAGgtattagaat ... aatcttttagGGTGAACTGACCTATGGTAAAGTTGGTGAATGGCGATTTGACAAAAGATCA
EST: gi|84970100|gb|DV171467.2|DV171467
EST:     AGAATACATTTATAATCCACTTCACTTATGGATGTGACTACTCACTAAAG                         GGTGAACTGACCTATGGTAAAGTTGGTGAATGGCGATTTGACAAAAGATCA
genomic: AGAATACATTTATAATCCACTTCACTTATGGATGTGACTACTCACTAAAGgtattagaat ... aatcttttagGGTGAACTGACCTATGGTAAAGTTGGTGAATGGCGATTTGACAAAAGATCA
EST: gi|211142480|gb|FL118077.1|FL118077
EST:     AGAATACATTTATAATCCACTTCACTTATGGATGTGACTACTCACTAAAG                         GGTGAACTGACCTATGGTAAAGTTGGTGAATGGCGATTTGACAAAAGATCA
genomic: AGAATACATTTATAATCCACTTCACTTATGGATGTGACTACTCACTAAAGgtattagaat ... aatcttttagGGTGAACTGACCTATGGTAAAGTTGGTGAATGGCGATTTGACAAAAGATCA