Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTTTACTTGATGTGAAGCCATGGGACGATGAGACTGACATGGCCAAGCTCGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCCAGATGGAAGGGCTGCTCTGGGGCGCATgtatgttacctcagttttccgcgcattaatttagtcattcatgaacttgtttttttaaccatttagtatggtttgtgacgtgaacatctactgccctttgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G031545_T03
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G031545_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os07g42300.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
GTTTTACTTGATGTGAAGCCATGGGACGATGAGACTGACATGGCCAAGCTCGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCCAGATGGAAGGGCTGCTCTGGGGCGCATgtatgttacctcagttttccgcgcattaatttagtcattcatgaacttgtttttttaaccatttagtatggtttgtgacgtgaacatctactgccctttgcag
|| || |||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||  | || |||||||| |||| |||  |||||||||| || || |||||||||||||||||||  || |          |     ||   ||  |    ||| |  ||||     ||| || | | ||||||| |||| || |||  |  |||||||
GTGTTGCTTGATGTCAAACCATGGGACGATGAGACTGACATGACCAAATTGGAAGAAGCTGTGAGGAATGTTAAGATGGAAGGCCTCCTTTGGGGCGCATgtatgttactacatt-----aaatttcttcctacgaatgtactgtcttttgcttttgctagtttggt-tagattgtgacatgaatatataccactgtttgcag

upper sequence: GRMZM2G031545_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA06G17930.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
GTTTTACTTGATGTGAAGCCATGGGACGATGAGACTGACATGGCCAAGCTCGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCCAGATGGAAGGGCTGCTCTGGGGCGCATgtatgttacctcagttttccgcgcattaatttagtcattcatgaacttgttttttta-accatttagtatggtttgtgacgtgaacatctactgccctttgcag
||| |  | |||||||| |||||||||||||| |||||||||   |||||||| ||||| || ||   ||| |||||||||||| |||| ||||| ||||||||| ||  |   | |        ||  ||| |   ||     | |  | |||||| |    ||    | |||    |  |  |  |||  |   |||   | 
GTTCTGTTGGATGTGAAACCATGGGACGATGAAACTGACATGAAGAAGCTCGAAGAAGCAGTGAGATCTGTTCAGATGGAAGGGTTGCTTTGGGGTGCATgtatgctatttttatataaaagttcttgttttggc--tttggttattgatatttttacatttcttgacttcgttatccattttcat-tctgatctacttcata-

upper sequence: GRMZM2G031545_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: Vv17s0000g01540.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
GTTTTACTTGATGTGAAGCCATGGGACGATGAGACTGACATGGCCAAGCTCGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCCAGATGGAAGGGCTGCTCTGGGGCGCATgtatgttacctcagttttccgcgcattaatttagtcattcatgaacttgtttttttaaccatttagtatggtttgtgacgtgaacatctactgccctttgcag
|||||  | |||||||| |||||||| |||||||||||||||   ||||| |||||||| ||  | ||  |  | ||||||||| || | ||||| ||||||| ||    ||   | ||  |  |||        ||| ||  |     ||| ||  | |    | |||    |   |  |  || | |      | |||   
GTTTTGTTGGATGTGAAACCATGGGATGATGAGACTGACATGAAAAAGCTTGAGGAAGCAGTACGTAGCATTAAAATGGAAGGGTTGTTATGGGGAGCATgtacgtcttttctcctctcatcttattgtagattacatgcagcactccatttcttgcaacgcaaattatttccttaaaaatacacgttttgattgccttg---

upper sequence: GRMZM2G031545_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: PP1S145_172V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 4
GTTTTACTTGATGTGAAGCCATGGGACGATGAGACTGACATGGCCAAGCTCGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCCAGATGGAAGGGCTGCTCTGGGGCGCATgtatgttacctcagttttccgcgcattaatttagtcattcatgaacttgtttttttaaccatttagtatggtttgtgacgtgaacatctactgccctttgcag------------------------------------
 || |  | || || ||||||||||||||||||||||||||||  ||| | |||||   |||| |   |||||| ||||| || ||||| ||||| || |||| || |  |      |   ||  | |  |  |   |      |  | |    |  |   | | ||| | ||| ||||   || || |   |    |  ||                                     
ATTGTCATGGACGTCAAGCCATGGGACGATGAGACTGACATGGTGAAGTTGGAGGAGTGTGTTCGATCTGTCCAAATGGAGGGTCTGCTTTGGGGTGCCTgtaagtgatttttacggtt-acgggtcacctgggctgtctgaagatatttccagtacagtgtatcgtacgcttt-tgactctaaaat-tgtagtttatgtcaatgagcatgcactcatgcatgattttgctcgatgcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32841716|gb|CD981397.1|CD981397
EST:     CGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCAAGATGGAAGGGCTGCTCTGGGGCGCAT                         CCAAGCTTGTCCCAGTTGGATATGGT
genomic: CGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCCAGATGGAAGGGCTGCTCTGGGGCGCATgtatgttacc ... ccctttgcagCCAAGCTTGTCCCAGTTGGATATGGT
EST: gi|78081433|gb|DV509845.1|DV509845
EST:     CGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCCAGATGGAAGGGCTGCTCTGGGGCGCAT                         CCAAGCTTGTCCCAGTTGGATATGGT
genomic: CGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCCAGATGGAAGGGCTGCTCTGGGGCGCATgtatgttacc ... ccctttgcagCCAAGCTTGTCCCAGTTGGATATGGT
EST: gi|6095423|gb|AW120090.1|AW120090
EST:     CGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCCAGATGGAAGGGTTGCTCTGGGGCGCAT                         CCAAGCTTGTCCCAGTTGGATATG
genomic: CGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCCAGATGGAAGGGCTGCTCTGGGGCGCATgtatgttacc ... ccctttgcagCCAAGCTTGTCCCAGTTGGATATG
EST: gi|5816306|gb|AI987222.1|AI987222
EST:     TGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCCAGATGGAAGGGCTGCTCTGGGGCGCAT                         CCAAGCTTGTCCCAGTCGGATAT
genomic: CGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCCAGATGGAAGGGCTGCTCTGGGGCGCATgtatgttacc ... ccctttgcagCCAAGCTTGTCCCAGTTGGATAT
EST: gi|32849675|gb|CD989356.1|CD989356
EST:     CGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCAAGATGGAAGGGCTGCTCTGNGGCGCAT                         CCAAGCTTGTCCCAGNTGGATATGGT
genomic: CGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCCAGATGGAAGGGCTGCTCTGGGGCGCATgtatgttacc ... ccctttgcagCCAAGCTTGTCCCAGTTGGATATGGT
EST: gi|31359036|gb|CD443393.1|CD443393
EST:     CGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCCAGATGGAAGGGCTGCTCTGGGGCGCAT                         CCAAGCTTGTCCCACTTGGATATGGT
genomic: CGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCCAGATGGAAGGGCTGCTCTGGGGCGCATgtatgttacc ... ccctttgcagCCAAGCTTGTCCCAGTTGGATATGGT
EST: gi|5928661|gb|AW056058.1|AW056058
EST:     TGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCCAGATGGAAGGGCTGCTCTGGGGCGCAT                         CCAAGCTTGTCCCAGTCGGATATGGT
genomic: CGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCCAGATGGAAGGGCTGCTCTGGGGCGCATgtatgttacc ... ccctttgcagCCAAGCTTGTCCCAGTTGGATATGGT
EST: gi|5398794|gb|AI812138.1|AI812138
EST:     TGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCCAGATGGAAGGGCTGCTCTGGGGCGCAT                         CCAAGCTTGTCCCAGTCGGATATGGT
genomic: CGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCCAGATGGAAGGGCTGCTCTGGGGCGCATgtatgttacc ... ccctttgcagCCAAGCTTGTCCCAGTTGGATATGGT
EST: gi|22546657|gb|BU098968.1|BU098968
EST:     TGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCCAGATGGAAGGGCTGCTCTGGGGCGCAT                         CCAAGCTTGTCCCAGTCGGATATGGT
genomic: CGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCCAGATGGAAGGGCTGCTCTGGGGCGCATgtatgttacc ... ccctttgcagCCAAGCTTGTCCCAGTTGGATATGGT
EST: gi|18165322|gb|BM335161.1|BM335161
EST:     CGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCCAGATGGAAGGGCTGCTCTGGGGCGCAT                         CCAAGCTTGTAACAGTTGGATATG
genomic: CGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCCAGATGGAAGGGCTGCTCTGGGGCGCATgtatgttacc ... ccctttgcagCCAAGCTTGTCCCAGTTGGATATG
EST: gi|32842245|gb|CD981926.1|CD981926
EST:     CGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCAAGATGGAAGGGCTGCTCTGGGGCGCAT                         CCAAGCTTGCCCCAGTTGGATATGGT
genomic: CGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCCAGATGGAAGGGCTGCTCTGGGGCGCATgtatgttacc ... ccctttgcagCCAAGCTTGTCCCAGTTGGATATGGT
EST: gi|32842264|gb|CD981945.1|CD981945
EST:     CGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCAAGATGGAAGGGCTGCTCTGGGGCGCAT                         CCAAGCTTGTCCCAGNTGGATATGGT
genomic: CGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCCAGATGGAAGGGCTGCTCTGGGGCGCATgtatgttacc ... ccctttgcagCCAAGCTTGTCCCAGTTGGATATGGT
EST: gi|211378977|gb|FL367984.1|FL367984
EST:     CGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCCAGATGGAAGGGCTGCTCTGGGGCGCAT                         CCAAGCTTGTCCCAGTTGGATATGGT
genomic: CGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCCAGATGGAAGGGCTGCTCTGGGGCGCATgtatgttacc ... ccctttgcagCCAAGCTTGTCCCAGTTGGATATGGT
EST: gi|32845969|gb|CD985650.1|CD985650
EST:     CGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCAAGATGGAAGGGCTGCTCTGGGGCGCAT                         CCAAGCTTGTCCCAGTTGGATATGGT
genomic: CGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCCAGATGGAAGGGCTGCTCTGGGGCGCATgtatgttacc ... ccctttgcagCCAAGCTTGTCCCAGTTGGATATGGT
EST: gi|23199733|gb|BU582298.1|BU582298
EST:     TGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCCAGATGGAAGGGCTGCTCTGGGGCGCAT                         CCAAGCTTGTCCCAGTCGGATATGGT
genomic: CGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCCAGATGGAAGGGCTGCTCTGGGGCGCATgtatgttacc ... ccctttgcagCCAAGCTTGTCCCAGTTGGATATGGT
EST: gi|32842483|gb|CD982164.1|CD982164
EST:     CGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCAAGATGGAAGGGCTGCTCTGGGGCGCAT                         CCAAGCTTGTCCCAGCTGGATATGGT
genomic: CGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCCAGATGGAAGGGCTGCTCTGGGGCGCATgtatgttacc ... ccctttgcagCCAAGCTTGTCCCAGTTGGATATGGT
EST: gi|19437283|gb|BM953693.1|BM953693
EST:     CGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCCAGATGGAAGGGTTGCTCTGGGGCGCAT                         CCAAGCTTGTCCCAGTTGGATATGGT
genomic: CGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCCAGATGGAAGGGCTGCTCTGGGGCGCATgtatgttacc ... ccctttgcagCCAAGCTTGTCCCAGTTGGATATGGT
EST: gi|19058347|gb|BM737014.1|BM737014
EST:     CGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCCAGATGGAAGGGTTGCTCTGGGGCGCAT                         CCAAGCTTGGCCCAGTTGGATATGG
genomic: CGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCCAGATGGAAGGGCTGCTCTGGGGCGCATgtatgttacc ... ccctttgcagCCAAGCTTGTCCCAGTTGGATATGG
EST: gi|211088341|gb|FL312034.1|FL312034
EST:     AGGAAGCTGTTAGGAGTGTCCAGATGTGA-GGGCTGCTCCTGGG-CGCAT                         CCAAGCTTGGTCC-AGTTGGATATGGT
genomic: AGGAAGCTGTTAGGAGTGTCCAGATG-GAAGGGCTGCTC-TGGGGCGCATgtatgttacc ... ccctttgcagCCAAGCTTG-TCCCAGTTGGATATGGT
EST: gi|32835972|gb|CD975650.1|CD975650
EST:     CGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCAAGATGGAAGGGCTGCTCTGGNGCGCAT                         CCAAGCTTGTCCCAGTTGGATATGGT
genomic: CGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCCAGATGGAAGGGCTGCTCTGGGGCGCATgtatgttacc ... ccctttgcagCCAAGCTTGTCCCAGTTGGATATGGT
EST: gi|32831496|gb|CD971174.1|CD971174
EST:     CGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCAAGATGGAAGGGCTGCTCTGGGGCGCAT                         CCAAGCTTGTCCCAGTTGGATATGGT
genomic: CGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCCAGATGGAAGGGCTGCTCTGGGGCGCATgtatgttacc ... ccctttgcagCCAAGCTTGTCCCAGTTGGATATGGT
EST: gi|20507562|gb|BQ279686.1|BQ279686
EST:     TGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCCAGATGGAAGGGCTGCTCTGGGGCGCAT                         CCAAGCTTGTCCCAGTCGGATATGGT
genomic: CGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCCAGATGGAAGGGCTGCTCTGGGGCGCATgtatgttacc ... ccctttgcagCCAAGCTTGTCCCAGTTGGATATGGT
EST: gi|211158669|gb|FL319011.1|FL319011
EST:     CGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCCAGATGGAAGGGCTGCTCTGGGGCGCAT                         CCAAGCTTGTCCCAGTTGGATATGGT
genomic: CGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCCAGATGGAAGGGCTGCTCTGGGGCGCATgtatgttacc ... ccctttgcagCCAAGCTTGTCCCAGTTGGATATGGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTTTACTTGATGTGAAGCCATGGGACGATGAGACTGACATGGCCAAGCTCGAGGAAGCTGTTAGGAGTGTCCAGATGGAAGGGCTGCTCTGGGGCGCATgtatgttacctcagttttccgcgcattaatttagtcattcatgaacttgtttttttaaccatttagtatggtttgtgacgtgaacatctactgccctttgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT