Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CATTTTTGGGTTTCAATTTCAATGGTGTTTCTTATAGCTGCTACAACATTCACCCTTCTCAAGCTGTCTGgtaagttttgttggttgccttccaaatgttacttacaaaactgaatttatactttagacctctttattctatcttcttaatttataaaggggtgcagttc...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G024690_T02
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G024690_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os03g49900.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
CATTTTTGGGTTTCAATTTCAATGGTGTTTCTTATAGCTGCTACAACATTCACCCTTCTCAAGCTGTCTGgtaagttttgttggttgccttccaaatgtt---acttacaaaactgaatttatactttagacctctttattctatcttcttaatttataaaggggtgcagttc
|| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | ||||||||||||||  |||  ||| |  | |     | ||   || | ||  |  | || |    ||| |   | | | ||| | |    ||   | || ||      |||  
CACTTTTGGGTTGCAATTTCTATGGTGTTTCTTATAGCTGCTACAACCTTCACACTTTTGAAGCTGTCTGgtaaagtttcctggatctcctttttgttttttgaccttcattatggcatgtcctattt-gttatgtgttttcaagcactgtagactgtagagttaaaaagt--
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149070957|gb|EE159363.2|EE159363
EST:     AATGGTGTTTCTTATAGCTGCTACAACATTCACCCTTCTCAAGCTGTCTG                         GTGATGTTGGTGCTTTGGGATGGGGGGATTTGTTTATAAATTATGG
genomic: AATGGTGTTTCTTATAGCTGCTACAACATTCACCCTTCTCAAGCTGTCTGgtaagttttg ... cacatggcagGTGATGTTGGTGCTTTGGGATGGTGGGATTTGTTTATAAATTATGG
EST: gi|148931986|gb|EC875260.2|EC875260
EST:     AATGGTGTTTCTTATAGCTGCTACAACATTCACCCTTCTCAAGCTGTCTG                         GTGATGTTGGTGCTTTGGGA
genomic: AATGGTGTTTCTTATAGCTGCTACAACATTCACCCTTCTCAAGCTGTCTGgtaagttttg ... cacatggcagGTGATGTTGGTGCTTTGGGA
EST: gi|91870315|gb|EB400812.1|EB400812
EST:     AATGGTGTTTCTTATAGCTGCTACAACATTCACCCTTCTCAAGCTGTCTG                         GTGATGTTGGTGCTTTGGGATGGTGGGATTTGTTTATAAATTATGG
genomic: AATGGTGTTTCTTATAGCTGCTACAACATTCACCCTTCTCAAGCTGTCTGgtaagttttg ... cacatggcagGTGATGTTGGTGCTTTGGGATGGTGGGATTTGTTTATAAATTATGG
EST: gi|78117592|gb|DV535979.1|DV535979
EST:     AATGGTGTTTCTTATAGCTGCTACAACATTCACCCTTCTCAAGCTGTCTG                         GTGATGTTGGTGCTTTGGGATGGTGGGATTTGTTTATAAATTATGG
genomic: AATGGTGTTTCTTATAGCTGCTACAACATTCACCCTTCTCAAGCTGTCTGgtaagttttg ... cacatggcagGTGATGTTGGTGCTTTGGGATGGTGGGATTTGTTTATAAATTATGG
EST: gi|149104180|gb|EE289614.2|EE289614
EST:     AATGGTGTTTCTTATAGCTGCTACAACATTCACCCTTCTCAAGCTGTCTG                         GTGATGTTGGTGCTTTGGGATGGTGGGATTTGTTTATAAATTATGG
genomic: AATGGTGTTTCTTATAGCTGCTACAACATTCACCCTTCTCAAGCTGTCTGgtaagttttg ... cacatggcagGTGATGTTGGTGCTTTGGGATGGTGGGATTTGTTTATAAATTATGG
EST: gi|211453580|gb|FL021064.1|FL021064
EST:     ATGGGTGTTTCT-ATAGCTGCTACAACATTCACCCTTCTCAAGCTGTCTG                         GTGATGTTGGTGCTTTGGAATGGTGGGGATT-GTTTATAAATTATGG
genomic: ATGG-TGTTTCTTATAGCTGCTACAACATTCACCCTTCTCAAGCTGTCTGgtaagttttg ... cacatggcagGTGATGTTGGTGCTTTGGGATGGTGGG-ATTTGTTTATAAATTATGG
EST: gi|211453582|gb|FL021066.1|FL021066
EST:     TGTTTTCTTATAGCCTGCTACAACAATTCACCCTTTTCTCAAGCTGTCTG                         GGTGAATGTTGGGTGCATTTGGGGATGGGTGGG
genomic: TGTTT-CTTATAGC-TGCTACAACA-TTCACCCTT--CTCAAGCTGTCTGgtaagttttg ... cacatggcagG-TGA-TGTTGG-TGC-TTTGGG-ATGG-TGGG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 47 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 116

CATTTTTGGGTTTCAATTTCAATGGTGTTTCTTATAGCTGCTACAACATTCACCCTTCTCAAGCTGTCTGgtaagttttg ... cacatggcagGTGATGTTGGTGCTTTGGGATGGTGGGATTTGTTTATAAATTATGG


Block sizes: 47 (upstream exon), 41 (downstream exon)
Score: 167

CATTTTTGGGTTTCAATTTCAATGGTGTTTCTTATAGCTGCTACAACATTCACCCTTCTCAAGCTGTCTGgtaagttttg ... cacatggcagGTGATGTTGGTGCTTTGGGATGGTGGGATTTGTTTATAAATTATGG


Block sizes: 48 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 124

CATTTTTGGGTTTCAATTTCAATGGTGTTTCTTATAGCTGCTACAACATTCACCCTTCTCAAGCTGTCTGgtaagttttg ... cacatggcagGTGATGTTGGTGCTTTGGGATGGTGGGATTTGTTTATAAATTATGG


Block sizes: 47 (upstream exon), 40 (downstream exon)
Score: 134

CATTTTTGGGTTTCAATTTCAATGGTGTTTCTTATAGCTGCTACAACATTCACCCTTCTCAAGCTGTCTGgtaagttttg ... cacatggcagGTGATGTTGGTGCTTTGGGATGGTGGGATTTGTTTATAAATTATGG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CATTTTTGGGTTTCAATTTCAATGGTGTTTCTTATAGCTGCTACAACATTCACCCTTCTCAAGCTGTCTGgtaagttttgttggttgccttccaaatgttacttacaaaactgaatttatactttagacctctttattctatcttcttaatttataaaggggtgcagttc

- - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG