Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGAGATATTAAGCCACAAAACCTTCTGgtatgctggaaaatctgctattttgctactgtatctttttgtaaagaaatgatttgtactttgaaattgatgttcaaacttcactacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G024151_T02
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G024151_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os01g14860.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
ATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGAGATATTAAGCCACAAAACCTTCTGgtatgctggaaaatctgctattttgctactgtatctttttgtaaagaaatgatttgtactttgaaattgatgttcaaacttcactacag
|| ||||||||||| |||||||| |||   |  || || || |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||| |||  | || ||       |    |  |           | |  | |  |||||  ||||||||||  ||||||    |||
ATTTGTAGGGCATTAGCTTACATCCATAATAGCATCGGAGTTTGCCACAGAGATATCAAGCCACAGAATCTTCTGgtatgcttgaatgt-tgttacccattcatctcaaataccaccctcttatttctgta-actttataattgatgtttgaacttctaatcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211165156|gb|FL324133.1|FL324133
EST:     ATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGAGATATTAAGCCACAAAACCTTCTG                         GTGAACCCACACACCCACCAGCTTAAACTATGTGACTTTGGCAGTGCAAAA
genomic: ATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGAGATATTAAGCCACAAAACCTTCTGgtatgctgga ... ttcactacagGTGAACCCACACACCCACCAGCTTAAACTATGTGACTTTGGCAGTGCAAAA
EST: gi|61117965|gb|DN558926.1|DN558926
EST:     ATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGAGATATTAAGCCACAAAACCTTCTG                         GTGAACCCACACACCCACCAGCTTAAACTATGTGACTTTGGCAGTGCAAAA
genomic: ATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGAGATATTAAGCCACAAAACCTTCTGgtatgctgga ... ttcactacagGTGAACCCACACACCCACCAGCTTAAACTATGTGACTTTGGCAGTGCAAAA
EST: gi|32849187|gb|CD988868.1|CD988868
EST:     ATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGAGATATTAAGCCACAAAACCTTCTG                         GTGAACCCACACACCCACCAGCTTAAACTATGTGACTTTGGCAGTGCAAAA
genomic: ATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGAGATATTAAGCCACAAAACCTTCTGgtatgctgga ... ttcactacagGTGAACCCACACACCCACCAGCTTAAACTATGTGACTTTGGCAGTGCAAAA
EST: gi|61117964|gb|DN558925.1|DN558925
EST:     ATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGAGATATTAAGCCACAAAACCTTCTG                         GTGAACCCACACACCCACCAGCTTAAACTATGTGACTTTGGCAGTGCAAAA
genomic: ATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGAGATATTAAGCCACAAAACCTTCTGgtatgctgga ... ttcactacagGTGAACCCACACACCCACCAGCTTAAACTATGTGACTTTGGCAGTGCAAAA
EST: gi|32849241|gb|CD988922.1|CD988922
EST:     ATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGAGATATTAAGCCACANAACCTTCTG                         GTGAACCCACACACCCACCAGCTTAAACTA
genomic: ATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGAGATATTAAGCCACAAAACCTTCTGgtatgctgga ... ttcactacagGTGAACCCACACACCCACCAGCTTAAACTA
EST: gi|116824535|gb|EC868155.1|EC868155
EST:     ATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGAGATATTAAGCCACAAAACCTTCTG                         GTGAACCCACACACCCACCAGCTTAAACTATGTGACTTTGGCAGTGCAAAA
genomic: ATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGAGATATTAAGCCACAAAACCTTCTGgtatgctgga ... ttcactacagGTGAACCCACACACCCACCAGCTTAAACTATGTGACTTTGGCAGTGCAAAA
EST: gi|61117966|gb|DN558927.1|DN558927
EST:     ATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGAGATATTAAGCCACAAAACCTTCTG                         GTGAACCCACACACCCACCAGCTTAAACTATGTGACTTTGGCAGTGCAAAA
genomic: ATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGAGATATTAAGCCACAAAACCTTCTGgtatgctgga ... ttcactacagGTGAACCCACACACCCACCAGCTTAAACTATGTGACTTTGGCAGTGCAAAA
EST: gi|5928717|gb|AW055934.1|AW055934
EST:     ATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGAGATATTAAGCCACAAAACCTTCTG                         GTGAACCCACACACCCACCAGCTTAAACTATGTGACTTTGGCAGTGCAAAA
genomic: ATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGAGATATTAAGCCACAAAACCTTCTGgtatgctgga ... ttcactacagGTGAACCCACACACCCACCAGCTTAAACTATGTGACTTTGGCAGTGCAAAA
EST: gi|33097248|gb|CF057208.1|CF057208
EST:     ACTATCGGTGTCTGCCACAGAGATATTAAGCCACAAAATCTTCTG                         GTGAACCCACACACCCACCAGCTTAAAATATGTGACTTTGGTAGTGCAAAA
genomic: ACTATTGGTGTCTGCCACAGAGATATTAAGCCACAAAACCTTCTGgtatgctgga ... ttcactacagGTGAACCCACACACCCACCAGCTTAAACTATGTGACTTTGGCAGTGCAAAA
EST: gi|60349962|gb|DN216935.1|DN216935
EST:     ATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGAGATATTAAGCCACAAAACCTTCTG                         GTGAACCCACACACCCACCAGCTTAAACTATGTGACTTTGGCAGTGCAAAA
genomic: ATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGAGATATTAAGCCACAAAACCTTCTGgtatgctgga ... ttcactacagGTGAACCCACACACCCACCAGCTTAAACTATGTGACTTTGGCAGTGCAAAA
EST: gi|32863940|gb|CF003622.1|CF003622
EST:     ATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGAGATATTAAGCCACAAAACCTTCTG                         GTGAACCCACACACCCACCAGCTTAAACTATGTGACTTTGGCAGTGCAAAA
genomic: ATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGAGATATTAAGCCACAAAACCTTCTGgtatgctgga ... ttcactacagGTGAACCCACACACCCACCAGCTTAAACTATGTGACTTTGGCAGTGCAAAA