Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGGATCCAAACACAGGGGTCGCCATGTATGAATCCGATGACATCATAAAATATCTAGCTGATACATATGgtgtgtattcaacacatctccttttcacttttgctcttaaaggttgatcctccctatttgtgggggaaaaggcttgtctcggtttaaccctgagacccca...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G022866_T02
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G022866_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os08g44400.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
GTGGATCCAAACACAGGGGTCGCCATGTATGAATCCGATGACATCATAAAATATCTAGCTGATACATATGgtgtgtattcaacacatctccttttcacttt--tgctcttaaaggttgatcctccctatttgtgggggaaaaggcttgtctcggtttaaccctgagacccca
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||| || || || | ||||||||  ||||  |    ||  || | ||  |   ||  | |   |  |  | ||  |    ||     |     |||| ||                      
GTGGATCCAAACACAGGGGTTGCCATGTATGAATCTGATGCCATCATAAAATACCTGGCCGACAAATATGgtgcctatttcatctctcatctgtacatctccctgtccctggggcctcctactaacctcctgcatttgcccttgcttttcag--------------------

upper sequence: GRMZM2G022866_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: Vv08s0007g03250.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
GTGGATCCAAACACAGGGGTCGCCATGTATGAATCCGATGACATCATAAAATATCTAGCTGATACATATGgtgtgt---attcaacacatctccttttcact--tttgctcttaaaggttgatc--ctccctatttgtgggggaaaaggcttgtctcggtttaaccctgagacccca
||||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||| || || ||| | | ||  | ||||||| |     |||  ||  ||||  |||       |||| |       ||||||    | |  ||  ||     |  |      |     | ||   | ||       
GTGGATCCAAACACAGGAGTTGCAATGTATGAATCGGATGACATAATTAAGTATTTGGTTGGGAAATATGgtatacctcattacaccaatctagtttcggtggatttgtttcaggcagttgattgttttctcatcagttaatcatcaataaattgcacatctatgacaga-------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78076799|gb|DV505233.1|DV505233
EST:     AGCTGATACATATG                         GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA
genomic: AGCTGATACATATGgtgtgtattc ... tttttcttagGCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA
EST: gi|149104343|gb|EE289789.2|EE289789
EST:     CGCCATGTATGAATCCGATGACATCATAAAATATCTAGCTGATACATATG                         GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA
genomic: CGCCATGTATGAATCCGATGACATCATAAAATATCTAGCTGATACATATGgtgtgtattc ... tttttcttagGCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA
EST: gi|18162906|gb|BM332745.1|BM332745
EST:     CGCCATGTATGAATCCGATGACATCATAAAATATCTAGCTGATACATATG                         GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA
genomic: CGCCATGTATGAATCCGATGACATCATAAAATATCTAGCTGATACATATGgtgtgtattc ... tttttcttagGCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA
EST: gi|32940976|gb|CF045795.1|CF045795
EST:     CGCCATGTATGAATCCGATGACATCATAAAATATCTAGCTGATACATATG                         GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA
genomic: CGCCATGTATGAATCCGATGACATCATAAAATATCTAGCTGATACATATGgtgtgtattc ... tttttcttagGCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA
EST: gi|60401026|gb|DN233833.1|DN233833
EST:     CGCCATGTATGAATCCGATGACATCATAAAATATCTAGCTGATACATATG                         GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA
genomic: CGCCATGTATGAATCCGATGACATCATAAAATATCTAGCTGATACATATGgtgtgtattc ... tttttcttagGCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA
EST: gi|149026606|gb|EE046030.2|EE046030
EST:     CGCCATGTATGAATCCGATGACATCATAAAATATCTAGCTGATACATATG                         GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA
genomic: CGCCATGTATGAATCCGATGACATCATAAAATATCTAGCTGATACATATGgtgtgtattc ... tttttcttagGCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA
EST: gi|76014575|gb|DT941745.1|DT941745
EST:     CGCCATGTATGAATCCGATGACATCATAAAATATCTAGCTGATACATATG                         GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA
genomic: CGCCATGTATGAATCCGATGACATCATAAAATATCTAGCTGATACATATGgtgtgtattc ... tttttcttagGCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA
EST: gi|18171021|gb|BM340861.1|BM340861
EST:     CGCCATGTATGAATCCGATGACATCATAAAATATCTAGCTGATACATATG                         GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA
genomic: CGCCATGTATGAATCCGATGACATCATAAAATATCTAGCTGATACATATGgtgtgtattc ... tttttcttagGCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA
EST: gi|78079812|gb|DV508224.1|DV508224
EST:     CGCCATGTATGAATCCGATGACATCATAAAATATCTAGCTGATACATATG                         GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA
genomic: CGCCATGTATGAATCCGATGACATCATAAAATATCTAGCTGATACATATGgtgtgtattc ... tttttcttagGCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA
EST: gi|211020780|gb|FL433468.1|FL433468
EST:     CGCCATGTATGAATCCGATGACATCATAAAATATCTAGCTGATACATATG                         GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA
genomic: CGCCATGTATGAATCCGATGACATCATAAAATATCTAGCTGATACATATGgtgtgtattc ... tttttcttagGCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA
EST: gi|56462040|gb|CK986338.1|CK986338
EST:     CGCCATGTATGAATCCGATGACATCATAAAATATCTAGCTGATACATATG                         GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA
genomic: CGCCATGTATGAATCCGATGACATCATAAAATATCTAGCTGATACATATGgtgtgtattc ... tttttcttagGCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA
EST: gi|45847020|gb|CN070963.1|CN070963
EST:     CGCCATGTATGAATCCGATGACATCATAAAATATCTAGCTGATACTTATG                         GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCCCTTGGTCTGTTGACA
genomic: CGCCATGTATGAATCCGATGACATCATAAAATATCTAGCTGATACATATGgtgtgtattc ... tttttcttagGCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA
EST: gi|71442261|gb|DR823311.1|DR823311
EST:     CGCCATGTATGAATCCGATGACATCATAAAATATCTAGCTGATACATATG                         GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA
genomic: CGCCATGTATGAATCCGATGACATCATAAAATATCTAGCTGATACATATGgtgtgtattc ... tttttcttagGCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA
EST: gi|50324828|gb|CO519954.1|CO519954
EST:     CGCCATGTATGAATCCGATGACATCATAAAATATCTAGCTGATACATATG                         GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA
genomic: CGCCATGTATGAATCCGATGACATCATAAAATATCTAGCTGATACATATGgtgtgtattc ... tttttcttagGCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA
EST: gi|134769080|gb|DY742751.1|DY742751
EST:     CGCCATGTATGAATCCGATGACATCATAAAATATCTAGCCGATACATATG                         GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA
genomic: CGCCATGTATGAATCCGATGACATCATAAAATATCTAGCTGATACATATGgtgtgtattc ... tttttcttagGCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA
EST: gi|24934373|gb|CA452591.1|CA452591
EST:     CGCCATGTATGAATCCGATGACATCATAAAATATCTAGCTGATACATATG                         GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA
genomic: CGCCATGTATGAATCCGATGACATCATAAAATATCTAGCTGATACATATGgtgtgtattc ... tttttcttagGCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA
EST: gi|71328184|gb|DR800730.1|DR800730
EST:     CGCCATGTATGAATCCGATGACATCATANAATATCTAGCTGATACATATG                         GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA
genomic: CGCCATGTATGAATCCGATGACATCATAAAATATCTAGCTGATACATATGgtgtgtattc ... tttttcttagGCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA
EST: gi|78079813|gb|DV508225.1|DV508225
EST:     CGCCATGTATGAATCCGATGACATCATAAAATATCTAGCTGATACATATG                         GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA
genomic: CGCCATGTATGAATCCGATGACATCATAAAATATCTAGCTGATACATATGgtgtgtattc ... tttttcttagGCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA
EST: gi|50338487|gb|CO533613.1|CO533613
EST:     CGCCATGTATGAATCCGATGACATCATAAAATATCTAGCTGATACATATG                         GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCT
genomic: CGCCATGTATGAATCCGATGACATCATAAAATATCTAGCTGATACATATGgtgtgtattc ... tttttcttagGCGATGGAACTGTTCCAATTATGCT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 44 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 61

GTGGATCCAAACACAGGGGTCGCCATGTATGAATCCGATGACATCATAAAATATCTAGCTGATACATATGgtgtgtattc ... tttttcttagGCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA


Block sizes: 44 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 141

GTGGATCCAAACACAGGGGTCGCCATGTATGAATCCGATGACATCATAAAATATCTAGCTGATACATATGgtgtgtattc ... tttttcttagGCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA


Block sizes: 44 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 81

GTGGATCCAAACACAGGGGTCGCCATGTATGAATCCGATGACATCATAAAATATCTAGCTGATACATATGgtgtgtattc ... tttttcttagGCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA


Block sizes: 44 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 78

GTGGATCCAAACACAGGGGTCGCCATGTATGAATCCGATGACATCATAAAATATCTAGCTGATACATATGgtgtgtattc ... tttttcttagGCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTGGATCCAAACACAGGGGTCGCCATGTATGAATCCGATGACATCATAAAATATCTAGCTGATACATATGgtgtgtattcaacacatctccttttcacttttgctcttaaaggttgatcctccctatttgtgggggaaaaggcttgtctcggtttaaccctgagacccca

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGAT