Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTGGCTTTTATCCTTTTATGATGCTGCAGTTGATTATTTGTCCACCACAAGGGTTATGCCAAGACTTGTAGAGGTTGTCAAGGGCTCTACTAAAGAGAAGgtaatgttctaaatttgcatgtcatattgtgccactgtaattacgtcagaaaaatgttaacattatgcacaaacttgaag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G019999_T01
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G019999_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os07g36470.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
CTGGCTTTTATCCTTTTATGATGCTGCAGTTGATTATTTGTCCACCACAAGGGTTATGCCAAGACTTGTAGAGGTTGTCAAGGGCTCTACTAAAGAGAAGgtaatgttctaaat-ttgc----atgtcatattgtgccactgtaattacgtcagaaaaat-gttaacattatgcacaaacttgaag---
|||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || || || || ||||||||||| | ||| || | ||| |||| | |||| || || ||||||| | || | || | | ||| | |
CTGGCTTTTATCCTTTTATGATGCAGCCGTTGATTATTTGTCCACTACAAGGGTTATGCCAAGACTTGTAGAGGTTGTGAAAGGTTCAACAAAAGAGAAGgtgaggtttgaagtattgttgttttgtcgtgttgtcacatctcctttgtatcagaaataccattcatgtttttcctaaaataattgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78080157|gb|DV508569.1|DV508569
EST:     GGTTATGCCAAGACTTGTAGAGGTTGTCAAGGGCTCTACTAAAGAGAAG                         GTGGTCAGAGTTGTTGTGTTGTCCTTCCGCAATTTGCTGGCAAAGGGTGCA
genomic: GGTTATGCCAAGACTTGTAGAGGTTGTCAAGGGCTCTACTAAAGAGAAGgtaatgttct ... aaacttgaagGTGGTCAGAGTTGTTGTGTTGTCCTTCCGCAATTTGCTGGCAAAGGGTGCA
EST: gi|5847348|gb|AW000427.1|AW000427
EST:     GGGTTATGCCAAGACTTGTAGAGGTTGTCAAGGGCTCTACTAAAGAGAAG                         GTGGTCAGAGTTGTTGTGTTGTCCTTCCGCAATTTGCTGGCAAAGGGTGCA
genomic: GGGTTATGCCAAGACTTGTAGAGGTTGTCAAGGGCTCTACTAAAGAGAAGgtaatgttct ... aaacttgaagGTGGTCAGAGTTGTTGTGTTGTCCTTCCGCAATTTGCTGGCAAAGGGTGCA
EST: gi|60401227|gb|DN234034.1|DN234034
EST:     GGGTTATGCCAAGACTTGTAGAGGTTGTCAAGGGCTCTACTAAAGAGAAG                         GTGGTCAGAGTTGTTGTGTTGTCCTTCCGCAATTTGCTGGCAAAGGGTGCA
genomic: GGGTTATGCCAAGACTTGTAGAGGTTGTCAAGGGCTCTACTAAAGAGAAGgtaatgttct ... aaacttgaagGTGGTCAGAGTTGTTGTGTTGTCCTTCCGCAATTTGCTGGCAAAGGGTGCA
EST: gi|6031414|gb|AW076316.1|AW076316
EST:     GGGTTATGCCAAGACTTGTAGAGGTTGTCAAGGGCTCTACTAAAGAGAAG                         GTGGTCAGAGTTGTTGTGTTGTCCTTCCGCAATTTGCTGGCAAAGGGTGCA
genomic: GGGTTATGCCAAGACTTGTAGAGGTTGTCAAGGGCTCTACTAAAGAGAAGgtaatgttct ... aaacttgaagGTGGTCAGAGTTGTTGTGTTGTCCTTCCGCAATTTGCTGGCAAAGGGTGCA
EST: gi|6020588|gb|AW065621.1|AW065621
EST:     GTCAAGGGCTCTACTAAAGAGAAG                         GTGGTCAGAGTTGTTGTGTTGTCCTTCCGCAATTTGCTGGCAAAGGGTGCA
genomic: GTCAAGGGCTCTACTAAAGAGAAGgtaatgttct ... aaacttgaagGTGGTCAGAGTTGTTGTGTTGTCCTTCCGCAATTTGCTGGCAAAGGGTGCA
EST: gi|18170707|gb|BM340547.1|BM340547
EST:     AGGGCTCTACTAAAGAGAAG                         GTGGTCAGAGTTGTTGTGTTGTCCTTCCGCAATTTGCTGGCAAAGGGTACA
genomic: AGGGCTCTACTAAAGAGAAGgtaatgttct ... aaacttgaagGTGGTCAGAGTTGTTGTGTTGTCCTTCCGCAATTTGCTGGCAAAGGGTGCA
EST: gi|61119705|gb|DN560666.1|DN560666
EST:     GGGTTATGCCAAGACTTGTAGAGGTTGTCAAGGGCTCTACTAAAGAGAAG                         GTGGTCAGAGTTGTTGTGTTGTCCTTCCGCAATTTGCTGGCAAAGGGTGCA
genomic: GGGTTATGCCAAGACTTGTAGAGGTTGTCAAGGGCTCTACTAAAGAGAAGgtaatgttct ... aaacttgaagGTGGTCAGAGTTGTTGTGTTGTCCTTCCGCAATTTGCTGGCAAAGGGTGCA
EST: gi|6194754|gb|AW146858.1|AW146858
EST:     GGGTTATGCCAAGACTTGTAGAGGTTGTCAAGGGCTCTACTAAAGAGAAG                         GTGGTCAGAGTTGTTGTGTTGTCCTTCCGCAATTTGCTGGCAAAGGGTGCA
genomic: GGGTTATGCCAAGACTTGTAGAGGTTGTCAAGGGCTCTACTAAAGAGAAGgtaatgttct ... aaacttgaagGTGGTCAGAGTTGTTGTGTTGTCCTTCCGCAATTTGCTGGCAAAGGGTGCA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 244

CTGGCTTTTATCCTTTTATGATGCTGCAGTTGATTATTTGTCCACCACAAGGGTTATGCCAAGACTTGTAGAGGTTGTCAAGGGCTCTACTAAAGAGAAGgtaatgttct ... aaacttgaagGTGGTCAGAGTTGTTGTGTTGTCCTTCCGCAATTTGCTGGCAAAGGGTGCATTTGCTGCCCAGATGATCGATCTTGGATTGCCACAAATGGTACAAAACT


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 267

CTGGCTTTTATCCTTTTATGATGCTGCAGTTGATTATTTGTCCACCACAAGGGTTATGCCAAGACTTGTAGAGGTTGTCAAGGGCTCTACTAAAGAGAAGgtaatgttct ... aaacttgaagGTGGTCAGAGTTGTTGTGTTGTCCTTCCGCAATTTGCTGGCAAAGGGTGCATTTGCTGCCCAGATGATCGATCTTGGATTGCCACAAATGGTACAAAACT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 284

CTGGCTTTTATCCTTTTATGATGCTGCAGTTGATTATTTGTCCACCACAAGGGTTATGCCAAGACTTGTAGAGGTTGTCAAGGGCTCTACTAAAGAGAAGgtaatgttct ... aaacttgaagGTGGTCAGAGTTGTTGTGTTGTCCTTCCGCAATTTGCTGGCAAAGGGTGCATTTGCTGCCCAGATGATCGATCTTGGATTGCCACAAATGGTACAAAACT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 290

CTGGCTTTTATCCTTTTATGATGCTGCAGTTGATTATTTGTCCACCACAAGGGTTATGCCAAGACTTGTAGAGGTTGTCAAGGGCTCTACTAAAGAGAAGgtaatgttct ... aaacttgaagGTGGTCAGAGTTGTTGTGTTGTCCTTCCGCAATTTGCTGGCAAAGGGTGCATTTGCTGCCCAGATGATCGATCTTGGATTGCCACAAATGGTACAAAACT


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTGGCTTTTATCCTTTTATGATGCTGCAGTTGATTATTTGTCCACCACAAGGGTTATGCCAAGACTTGTAGAGGTTGTCAAGGGCTCTACTAAAGAGAAGgtaatgttctaaatttgcatgtcatattgtgccactgtaattacgtcagaaaaatgttaacattatgcacaaacttgaag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA