1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
AAAATGCGAGATGGTTGGGGTCTGGCGACTGATGGAAAAGTTCTTTTTGGCAGTGATGGCACCTCAATGCTGTATAAGCTGGATTCAAAGTCACTTGAAGgttactattctttctgcttgatattctattagggtttaaatttctttttcttttatgctgaccaatttttttcatgcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G011893_T01 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CAGTGATGGCACCTCAATGCTGTATAAGCTGGATTCAAAGTCACTTGAAG TCATGAAAGTGGTGACTGTCAAGTATCACGGTAATCAAGTCCCCTATCTTAEST: gi|60352045|gb|DN219018.1|DN219018
genomic: CAGTGATGGCACCTCAATGCTGTATAAGCTGGATTCAAAGTCACTTGAAGgttactattc ... tttcatgcagTCATGAAAGTGGTGACTGTCAAGTATCACGGTAATCAAGTCCCCTATCTTA
EST: CAGTGATGGCACCTCAATGCTGTATAAGCTGGATTCAAAGTCACTTGAAG TCATGAAAGTGGTGACTGTCAAGTATCACGGTAATCAAGTCCCCTATCTTAEST: gi|78179760|gb|DV550133.1|DV550133
genomic: CAGTGATGGCACCTCAATGCTGTATAAGCTGGATTCAAAGTCACTTGAAGgttactattc ... tttcatgcagTCATGAAAGTGGTGACTGTCAAGTATCACGGTAATCAAGTCCCCTATCTTA
EST: CAGTGATGGCACCTCAATGCTGTATAAGCTGGATTCAAAGTCACTTGAAG TCATGAAAGTGGTGACTGTCAAGTATCACGGTAATCAAGTCCCCTATCTTAEST: gi|60393994|gb|DN226864.1|DN226864
genomic: CAGTGATGGCACCTCAATGCTGTATAAGCTGGATTCAAAGTCACTTGAAGgttactattc ... tttcatgcagTCATGAAAGTGGTGACTGTCAAGTATCACGGTAATCAAGTCCCCTATCTTA
EST: CAGTGATGGCACCTCAATGCTGTATAAGCTGGATTCAAAGTCACTTGAAG TCATGAAAGTGGTGACTGTCAAGTATCACGGTAATCAAGTCCCCTATCTTAEST: gi|211290372|gb|FL395524.1|FL395524
genomic: CAGTGATGGCACCTCAATGCTGTATAAGCTGGATTCAAAGTCACTTGAAGgttactattc ... tttcatgcagTCATGAAAGTGGTGACTGTCAAGTATCACGGTAATCAAGTCCCCTATCTTA
EST: AATGCTGTATAAGCTGGATTCAAAGTCACTTGAAG TCATGAAAGTGGTGACTGTCAAGTATCACGGTAATCAAGTCCCCTATCTTAEST: gi|60348982|gb|DN215955.1|DN215955
genomic: AATGCTGTATAAGCTGGATTCAAAGTCACTTGAAGgttactattc ... tttcatgcagTCATGAAAGTGGTGACTGTCAAGTATCACGGTAATCAAGTCCCCTATCTTA
EST: CAGTGATGGCACCTCAATGCTGTATAAGCTGGATTCAAAGTCACTTGAAG TCATGAAAGTGGTGACTGTCAAGTATCACGGTAATCAAGTCCCCTATCTTAEST: gi|8577165|gb|BE129802.1|BE129802
genomic: CAGTGATGGCACCTCAATGCTGTATAAGCTGGATTCAAAGTCACTTGAAGgttactattc ... tttcatgcagTCATGAAAGTGGTGACTGTCAAGTATCACGGTAATCAAGTCCCCTATCTTA
EST: GCTGGATTCAAAGTCACTTGAAG TCATGAAAGTGGTGACTGTCAAGTATCACGGTAATCAAGTCCCCTATCTTAEST: gi|78122303|gb|DV540687.1|DV540687
genomic: GCTGGATTCAAAGTCACTTGAAGgttactattc ... tttcatgcagTCATGAAAGTGGTGACTGTCAAGTATCACGGTAATCAAGTCCCCTATCTTA
EST: CAGTGATGGCACCTCAATGCTGTATAAGCTGGATTCAAAGTCACTTGAAG TCATGAAAGTGGTGACTGTCAAGTATCACGGTAATCAAGTCCCCTATCTTAEST: gi|60352117|gb|DN219090.1|DN219090
genomic: CAGTGATGGCACCTCAATGCTGTATAAGCTGGATTCAAAGTCACTTGAAGgttactattc ... tttcatgcagTCATGAAAGTGGTGACTGTCAAGTATCACGGTAATCAAGTCCCCTATCTTA
EST: CAGTGATGGCACCTCAATGCTGTATAAGCTGGATTCAAAGTCACTTGAAG TCATGAAAGTGGTGACTGTCAAGTATCACGGTAATCAAGTCCCCTATCTTAEST: gi|71428221|gb|DR809271.1|DR809271
genomic: CAGTGATGGCACCTCAATGCTGTATAAGCTGGATTCAAAGTCACTTGAAGgttactattc ... tttcatgcagTCATGAAAGTGGTGACTGTCAAGTATCACGGTAATCAAGTCCCCTATCTTA
EST: CAGTGATGGCACCTCAATGCTGTATAAGCTGGATTCAAAGTCACTTGAAG TCATGAAAGTGGTGACTGTCAAGTATCACGGTAATCAAGTCCCCTATCTTAEST: gi|60350066|gb|DN217039.1|DN217039
genomic: CAGTGATGGCACCTCAATGCTGTATAAGCTGGATTCAAAGTCACTTGAAGgttactattc ... tttcatgcagTCATGAAAGTGGTGACTGTCAAGTATCACGGTAATCAAGTCCCCTATCTTA
EST: CAGTGATGGCACCTCAATGCTGTATAAGCTGGATTCAAAGTCACTTGAAG TCATGAAAGTGGTGACTGTCAAGTATCACGGTAATCAAGTCCCCTATCTTAEST: gi|211236233|gb|FL280786.1|FL280786
genomic: CAGTGATGGCACCTCAATGCTGTATAAGCTGGATTCAAAGTCACTTGAAGgttactattc ... tttcatgcagTCATGAAAGTGGTGACTGTCAAGTATCACGGTAATCAAGTCCCCTATCTTA
EST: CAGTGATGGCACCTCAATGCTGTATAAGCTGGATTCAAAGTCACTTGAAG TCATGAAAGTGGTGACTGTCAAGTATCACGGTAATCAAGTCCCCTATCTTAEST: gi|211236235|gb|FL280788.1|FL280788
genomic: CAGTGATGGCACCTCAATGCTGTATAAGCTGGATTCAAAGTCACTTGAAGgttactattc ... tttcatgcagTCATGAAAGTGGTGACTGTCAAGTATCACGGTAATCAAGTCCCCTATCTTA
EST: CAGTGATGGCACCTCAATGCTGTATAAGCTGGATTCAAAGTCACTTGAAG TCATGAAAGTGGTGACTGTCAAGTATCACGGTAATCAAGTCCCCTATCTTAEST: gi|60357511|gb|DN224484.1|DN224484
genomic: CAGTGATGGCACCTCAATGCTGTATAAGCTGGATTCAAAGTCACTTGAAGgttactattc ... tttcatgcagTCATGAAAGTGGTGACTGTCAAGTATCACGGTAATCAAGTCCCCTATCTTA
EST: CAGTGATGGCACCTCAATGCTGTATAAGCTGGATTCAAAGTCACTTGAAG TCATGAAAGTGGTGACTGTCAAGTATCACGGTAATCAAGTCCCCTATCTTA
genomic: CAGTGATGGCACCTCAATGCTGTATAAGCTGGATTCAAAGTCACTTGAAGgttactattc ... tttcatgcagTCATGAAAGTGGTGACTGTCAAGTATCACGGTAATCAAGTCCCCTATCTTA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AAAATGCGAGATGGTTGGGGTCTGGCGACTGATGGAAAAGTTCTTTTTGGCAGTGATGGCACCTCAATGCTGTATAAGCTGGATTCAAAGTCACTTGAAGgttactattctttctgcttgatattctattagggtttaaatttctttttcttttatgctgaccaatttttttcatgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG