Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCAATCGATGAATGCCTTCTTCTCAAACTGCCTTTCACAACAATTTTTGAGTACCTTCAGgtattgcacccctgttttctactagcatatattgaaaaaattaatgtttgctcatagtgtcagtgccacatgtctaacattactgtccatattatatgtt...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G008209_T01
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78120328|gb|DV538712.1|DV538712
EST:     AATGCCTTCTTCTCAAACTGCCTTTCACAACAATTTTTGAGTACCTTCAG                         TTACTACAAATGGTGGCTACTTCTATGAATTGCTTGGGGCACCGTGGAATG
genomic: AATGCCTTCTTCTCAAACTGCCTTTCACAACAATTTTTGAGTACCTTCAGgtattgcacc ... ttgctgacagTTACTACAAATGGTGGCTACTTCTATGAATTGCTTGGGGCACCGTGGAATG
EST: gi|71437508|gb|DR818558.1|DR818558
EST:     AATGCCTTCTTCTCAAACTGCCTTTCACAACAATTTTTGAGTACCTTCAG                         TTACTACAAATGGTGGCTACTTCTATGAATTGCTTGGGGCACCGTGGAATG
genomic: AATGCCTTCTTCTCAAACTGCCTTTCACAACAATTTTTGAGTACCTTCAGgtattgcacc ... ttgctgacagTTACTACAAATGGTGGCTACTTCTATGAATTGCTTGGGGCACCGTGGAATG
EST: gi|71318841|gb|DR796181.1|DR796181
EST:     AATGCCTTCTTCTCAAACTGCCTTTCACAACAATTTTTGAGTACCTTCAG                         TTACTACAAATGGTGGCTACTTCTATGAATTGCTTGGGGCACCGTGGAATG
genomic: AATGCCTTCTTCTCAAACTGCCTTTCACAACAATTTTTGAGTACCTTCAGgtattgcacc ... ttgctgacagTTACTACAAATGGTGGCTACTTCTATGAATTGCTTGGGGCACCGTGGAATG
EST: gi|78110994|gb|DV529391.1|DV529391
EST:     AATGCCTTCTTCTCAAACTGCCTTTCACAACAATTTTTGAGTACCTTCAG                         TTACTACAAATGGTGGCTACTTCTATGAATTGCTTGGGGCACCGTGGAATG
genomic: AATGCCTTCTTCTCAAACTGCCTTTCACAACAATTTTTGAGTACCTTCAGgtattgcacc ... ttgctgacagTTACTACAAATGGTGGCTACTTCTATGAATTGCTTGGGGCACCGTGGAATG
EST: gi|76014964|gb|DT942134.1|DT942134
EST:     AATGCCTTCTTCTCAAACTGCCTTTCACAACAATTTTTGAGTACCTTCAG                         TTACTACAAATGGTGGCTACTTCTATGAATTGCTTGGGGCACCGTGGAATG
genomic: AATGCCTTCTTCTCAAACTGCCTTTCACAACAATTTTTGAGTACCTTCAGgtattgcacc ... ttgctgacagTTACTACAAATGGTGGCTACTTCTATGAATTGCTTGGGGCACCGTGGAATG
EST: gi|74246159|gb|DT654073.1|DT654073
EST:     AATGCCTTCTTCTCAAACTGCCTTTCACAACAATTTTTGAGTACCTTCAG                         TTACTACAAATGGTGGCTACTTCTATGAATTGCTTGGGGCACCGTGGAATG
genomic: AATGCCTTCTTCTCAAACTGCCTTTCACAACAATTTTTGAGTACCTTCAGgtattgcacc ... ttgctgacagTTACTACAAATGGTGGCTACTTCTATGAATTGCTTGGGGCACCGTGGAATG
EST: gi|89761605|gb|DY689549.1|DY689549
EST:     AATGCCTTCTTCTCAAACTGCCTTTCACAACAATTTTTGAGTACCTTCAG                         TTACTACAAATGGTGGCTACTTCTATGAATTGCTTGGGGCACCGTGGAATG
genomic: AATGCCTTCTTCTCAAACTGCCTTTCACAACAATTTTTGAGTACCTTCAGgtattgcacc ... ttgctgacagTTACTACAAATGGTGGCTACTTCTATGAATTGCTTGGGGCACCGTGGAATG
EST: gi|71318838|gb|DR796180.1|DR796180
EST:     TTTTTGAGTACCTTCAG                         TTACTACAAATGGTGGCTACTTCTATGAATTGCTTGGGGCACCGTGGAATG
genomic: TTTTTGAGTACCTTCAGgtattgcacc ... ttgctgacagTTACTACAAATGGTGGCTACTTCTATGAATTGCTTGGGGCACCGTGGAATG
EST: gi|86469977|gb|DY236347.1|DY236347
EST:     AATGCCTTCTTCTCAAACTGCCTTTCACAACAATTTTTGAGTACCTTCAG                         TTACTACAAATGGTGGCTACTTCTATGAATTGCTTGGGGCACCGTGGAATG
genomic: AATGCCTTCTTCTCAAACTGCCTTTCACAACAATTTTTGAGTACCTTCAGgtattgcacc ... ttgctgacagTTACTACAAATGGTGGCTACTTCTATGAATTGCTTGGGGCACCGTGGAATG
EST: gi|71307842|gb|DR790142.1|DR790142
EST:     AATGCCTTCTTCTCAAACTGCCTTTCACAACAATTTTTGAGTACCTTCAG                         TTACTACAAATGGTGGCTACTTCTATGAATTGCTTGGGGCACCGTGGAATG
genomic: AATGCCTTCTTCTCAAACTGCCTTTCACAACAATTTTTGAGTACCTTCAGgtattgcacc ... ttgctgacagTTACTACAAATGGTGGCTACTTCTATGAATTGCTTGGGGCACCGTGGAATG
EST: gi|71307844|gb|DR790143.1|DR790143
EST:     AATGCCTTCTTCTCAAACTGCCTTTCACAACAATTTTTGAGTACCTTCAG                         TTACTACAAATGGTGGCTACTTCTATGAATTGCTTGGGGCACCGTGGAATG
genomic: AATGCCTTCTTCTCAAACTGCCTTTCACAACAATTTTTGAGTACCTTCAGgtattgcacc ... ttgctgacagTTACTACAAATGGTGGCTACTTCTATGAATTGCTTGGGGCACCGTGGAATG
EST: gi|71756861|gb|DR954798.1|DR954798
EST:     AATGCCTTCTTTTCAAACTGCCTTTCACAACAATTTTGGAGTACCTTCAG                         TTACTACAAATGGTGGCTACTTCTATGAATTGCTTGGGGCACCGTGGAATG
genomic: AATGCCTTCTTCTCAAACTGCCTTTCACAACAATTTTTGAGTACCTTCAGgtattgcacc ... ttgctgacagTTACTACAAATGGTGGCTACTTCTATGAATTGCTTGGGGCACCGTGGAATG
EST: gi|89757275|gb|DY686946.1|DY686946
EST:     AATGCCTTCTTCTCAAACTGCCTTTCACAACAATTTTTGAGTACCTTCAG                         TTACTACAAATGGTGGCTACTTCTATGAATTGCTTGGGGCACCGTGGAATG
genomic: AATGCCTTCTTCTCAAACTGCCTTTCACAACAATTTTTGAGTACCTTCAGgtattgcacc ... ttgctgacagTTACTACAAATGGTGGCTACTTCTATGAATTGCTTGGGGCACCGTGGAATG
EST: gi|148936771|gb|EC880907.2|EC880907
EST:     AATGCCTTCTTCTCAAACTGCCTTTCACAACAATTTTTGAGTACCTTCAG                         TTACTACAAATGGTGGCTACTTCTATGAATTGCTTGGGGCACCGTGGAATG
genomic: AATGCCTTCTTCTCAAACTGCCTTTCACAACAATTTTTGAGTACCTTCAGgtattgcacc ... ttgctgacagTTACTACAAATGGTGGCTACTTCTATGAATTGCTTGGGGCACCGTGGAATG
EST: gi|78120327|gb|DV538711.1|DV538711
EST:     CAAACTGCCTTTCACAACAATTTTTGAGTACCTTCAG                         TTACTACAAATGGTGGCTACTTCTATGAATTGCTTGGGGCACCGTGGAATG
genomic: CAAACTGCCTTTCACAACAATTTTTGAGTACCTTCAGgtattgcacc ... ttgctgacagTTACTACAAATGGTGGCTACTTCTATGAATTGCTTGGGGCACCGTGGAATG
EST: gi|78118463|gb|DV536848.1|DV536848
EST:     AATGCCTTCTTCTCAAACTGCCTTTCACAACAATTTTTGAGTACCTTCAG                         TTACTACAAATGGTGGCTACTTCTATGAATTGCTTGGGGCACCGTGGAATG
genomic: AATGCCTTCTTCTCAAACTGCCTTTCACAACAATTTTTGAGTACCTTCAGgtattgcacc ... ttgctgacagTTACTACAAATGGTGGCTACTTCTATGAATTGCTTGGGGCACCGTGGAATG