1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
CTCAAGACAATTAGGCGCTGTAGAAGGGTGGTATTTATTGGTTGTGGAACAAGTTACAATGCTGCCTTAGCTGCAAGACCTTTTGTGGAAGAACTGACTGgtaagaccaatcaattaattactccagctgtattgcctataccaagaaaagtttggaatttgtcgaagcaatcagaccttagttaatgatcctttaggtttaacctttctccttgctttatttggatgacag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G005849_T01 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AAGTTACAATGCTGCCTTAGCTGCAAGAMCTTTTGTGGAAGAACTGACTG GTATTCCTGTGACTATGGAGGTTGCAAGTGACTTGCTGGACAGACAAGGTCEST: gi|211509470|gb|FK960935.1|FK960935
genomic: AAGTTACAATGCTGCCTTAGCTGCAAGACCTTTTGTGGAAGAACTGACTGgtaagaccaa ... tggatgacagGTATTCCTGTGACTATGGAGGTTGCAAGTGACTTGCTGGACAGACAAGGTC
EST: AAGTTACAATGCTGCCTTAGCTGCAAGACCTTTTGTGGAAGAACTGACTG GTATTCCTGTGACTATGGAGGTTGCAAGTGACTTGCTGGACAGACAAGGTCEST: gi|71771454|gb|DR969391.1|DR969391
genomic: AAGTTACAATGCTGCCTTAGCTGCAAGACCTTTTGTGGAAGAACTGACTGgtaagaccaa ... tggatgacagGTATTCCTGTGACTATGGAGGTTGCAAGTGACTTGCTGGACAGACAAGGTC
EST: AAGTTACAATGCTGCCTTAGCTGCAAGACCTTTTGTGGAAGAACTGACTG GTATTCCTGTGACTATGGAGGTTGCAAGTGACTTGCTGGACAGACAAGGTCEST: gi|211507117|gb|FK960931.1|FK960931
genomic: AAGTTACAATGCTGCCTTAGCTGCAAGACCTTTTGTGGAAGAACTGACTGgtaagaccaa ... tggatgacagGTATTCCTGTGACTATGGAGGTTGCAAGTGACTTGCTGGACAGACAAGGTC
EST: AAGTTACAATGCTGCCTTAGCTGCAAGACCTTTTGTGGAAGAACTGACTG GTATTCCTGTGACTATGGAGGTTGCAAGTGACTTGCTGGACAGACAAGGTCEST: gi|211507113|gb|FK960927.1|FK960927
genomic: AAGTTACAATGCTGCCTTAGCTGCAAGACCTTTTGTGGAAGAACTGACTGgtaagaccaa ... tggatgacagGTATTCCTGTGACTATGGAGGTTGCAAGTGACTTGCTGGACAGACAAGGTC
EST: AAGTTACAATGCTGCCTTAGCTGCAAGACCTTTTGTGGAAGAACTGACTG GTATTCCTGTGACTATGGAGGTTGCAAGTKACTTGCTGGACAGACAAGGTCEST: gi|211509469|gb|FK960934.1|FK960934
genomic: AAGTTACAATGCTGCCTTAGCTGCAAGACCTTTTGTGGAAGAACTGACTGgtaagaccaa ... tggatgacagGTATTCCTGTGACTATGGAGGTTGCAAGTGACTTGCTGGACAGACAAGGTC
EST: AAGTTACAATGCTGCCTTAGCTGCAAGACCTTTTGTGGAAGAACTGACTG GTATTCCTGTGACTATGGAGGTTGCAAGTGACTTGCTGGACAGACAAGGTCEST: gi|211507106|gb|FK960920.1|FK960920
genomic: AAGTTACAATGCTGCCTTAGCTGCAAGACCTTTTGTGGAAGAACTGACTGgtaagaccaa ... tggatgacagGTATTCCTGTGACTATGGAGGTTGCAAGTGACTTGCTGGACAGACAAGGTC
EST: AAGTTACAATGCTGCCTTAGCTGCAAGACCTTTTGTGGAAGAACTGACTG GTATTCCTGTGACTATGGAGGTTGCAAGTGACTTGCTGGACAGACAAGGTCEST: gi|211509467|gb|FK960932.1|FK960932
genomic: AAGTTACAATGCTGCCTTAGCTGCAAGACCTTTTGTGGAAGAACTGACTGgtaagaccaa ... tggatgacagGTATTCCTGTGACTATGGAGGTTGCAAGTGACTTGCTGGACAGACAAGGTC
EST: AAGTTACAATGCTGCCTTAGCTGCAAGACCTTTTGTGGAAGAACTGACTG GTATTCCTGTGACTATGGAGGTTGCAAGTGACTTGCTGGACAGACAAGGTCEST: gi|463302|gb|T18269.1|T18269
genomic: AAGTTACAATGCTGCCTTAGCTGCAAGACCTTTTGTGGAAGAACTGACTGgtaagaccaa ... tggatgacagGTATTCCTGTGACTATGGAGGTTGCAAGTGACTTGCTGGACAGACAAGGTC
EST: GCTGCCTTAGCTGCAAGACCTTTTGTGGAAGAACTGACTG GTATTCCTGTGACTATGGAGGTTGCAAGTNACTTGCTGGACAGACAAGGTC
genomic: GCTGCCTTAGCTGCAAGACCTTTTGTGGAAGAACTGACTGgtaagaccaa ... tggatgacagGTATTCCTGTGACTATGGAGGTTGCAAGTGACTTGCTGGACAGACAAGGTC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CTCAAGACAATTAGGCGCTGTAGAAGGGTGGTATTTATTGGTTGTGGAACAAGTTACAATGCTGCCTTAGCTGCAAGACCTTTTGTGGAAGAACTGACTGgtaagaccaatcaattaattactccagctgtattgcctataccaagaaaagtttggaatttgtcgaagcaatcagaccttagttaatgatcctttaggtttaacctttctccttgctttatttggatgacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC