1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
GTTCTAAGCATGAGCAGGCTGGGTGGTGCTGGTGCTGTGGCACAGCTGGTTGCTGATATCCCACTTTCAGTTAAGgtaagcctgtgatttgtgactactaactattgccctctggtaacttcacttttactgccacgagattatcagcataatttgcttgtgctccacaactgtg...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G004356_T01 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GTGCTGGTGCTGTGGCACAGCTGGTTGCTGATATCCCACTTTCAGTTAAG GGGGAAGCAAGTGATAGTGGGAGCAAACAGCAGATTTGGGAGAAGTGGTCAEST: gi|60349932|gb|DN216905.1|DN216905
genomic: GTGCTGGTGCTGTGGCACAGCTGGTTGCTGATATCCCACTTTCAGTTAAGgtaagcctgt ... gtttcgttagGGGGAAGCAAGTGATAGTGGGAGCAAACAGCAGATTTGGGAGAAGTGGTCA
EST: GTGCTGGTGCTGTGGCACAGCTGGTTGCTGATATCCCACTTTCAGTTAAG GGGGAAGCAAGTGATAGTGGGAGCAAACAGCAGATTTGGGAGAAGTGGTCAEST: gi|20802363|gb|BQ293413.1|BQ293413
genomic: GTGCTGGTGCTGTGGCACAGCTGGTTGCTGATATCCCACTTTCAGTTAAGgtaagcctgt ... gtttcgttagGGGGAAGCAAGTGATAGTGGGAGCAAACAGCAGATTTGGGAGAAGTGGTCA
EST: GTGCTGGTGCTGTGGCGCAGCTGGTTGCTGATATCCCACTTTCAGTTAAG GGGGAAGCAAGTGATAGTGGGAGCAAACAGCAGATTTGGGAGAAGTGGTCA
genomic: GTGCTGGTGCTGTGGCACAGCTGGTTGCTGATATCCCACTTTCAGTTAAGgtaagcctgt ... gtttcgttagGGGGAAGCAAGTGATAGTGGGAGCAAACAGCAGATTTGGGAGAAGTGGTCA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTTCTAAGCATGAGCAGGCTGGGTGGTGCTGGTGCTGTGGCACAGCTGGTTGCTGATATCCCACTTTCAGTTAAGgtaagcctgtgatttgtgactactaactattgccctctggtaacttcacttttactgccacgagattatcagcataatttgcttgtgctccacaactgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT