Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACTTATGCACTGACAACTCTGGCGGAACCGCGCGACTTTTGGACACTACGATACACTAGTGGTCTTGACGATGGCAGTCTTGTGgtatgccttaattacatgattgacctaatgcatattgttgtttcgactgtcatgttccagccaagtttagtcttgttgtcgaacttccctgctgtcaatt...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G003509_T02
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G003509_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os12g41860.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
ACTTATGCACTGACAACTCTGGCGGAACCGCGCGACTTTTGGACACTACGATACACTAGTGGTCTTGACGATGGCAGTCTTGTGgtatg--------ccttaattacatg--attgacctaatgcata---ttgttgtttcgactgtcatgttccagccaagtttagtcttgttgtcgaacttccctgctgtcaatt--------------------------------------------------------------------------------
|| ||||||| ||||||| |||||| ||| |||||||||||||| || || ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||         | |||||| ||||   |   |  | |  | |   |  ||  ||  | | || |||     | |    |  | || |  ||| ||||      | |  ||                                                                                 
ACATATGCACCGACAACTTTGGCGGCACCACGCGACTTTTGGACTCTCCGCTACACAAGTGGACTTGAAGATGGGAGTCTTGTGgtattactttgatctttaattgcatgctgtcagctcattaaacaaaatgcttcctttcattttcttgtatggtctattcgtcatgttatgatcggacttgttctgtttggatcataccacatcatcatggttttcaactgaagtgtagtttctgttgtattaaatattgtttgacaccattcctgttctgtag