1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
TGGTGGCCTGGTGGCTTGGGGAAAGCTTCCACTCATGCAGTGGTGTATGCTCGGCTGATAACTGAAGGAAAGGACTATGGTATACATGgtaagagtgttttgtgtttaggtgatatttaagtgttctcctagtctcctttgtttcttatgcacgtccttgtcccag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM5G864319_T01 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AGTGGTGTATGCTCGGCTGATAACTGAAGGAAAGGACTATGGTATACATG GTTTCATTGTGCAACTGCGAAGCTTAGAGGATCACTCCCCTCTTCCTGGTAEST: gi|78092061|gb|DV520435.1|DV520435
genomic: AGTGGTGTATGCTCGGCTGATAACTGAAGGAAAGGACTATGGTATACATGgtaagagtgt ... cttgtcccagGTTTCATTGTGCAACTGCGAAGCTTAGAGGATCACTCCCCTCTTCCTGGTA
EST: AGTGGTGTATGCTCGGCTGATAACTGAAGGAAAGGACTATGGTATACATG GTTTCATTGTGCAACTGCGAAGCTTAGAGGATCACTCCCCTCTTCCTGGTAEST: gi|78118216|gb|DV536603.1|DV536603
genomic: AGTGGTGTATGCTCGGCTGATAACTGAAGGAAAGGACTATGGTATACATGgtaagagtgt ... cttgtcccagGTTTCATTGTGCAACTGCGAAGCTTAGAGGATCACTCCCCTCTTCCTGGTA
EST: AGTGGTGTATGCTCGGCTGATAACTGAAGGAAAGGACTATGGTATACATG GTTTCATTGTGTCA-CTGCGAAGCTTAGAGGATCACTCTCCTCTTCCTGGTEST: gi|149044450|gb|EE047571.2|EE047571
genomic: AGTGGTGTATGCTCGGCTGATAACTGAAGGAAAGGACTATGGTATACATGgtaagagtgt ... cttgtcccagGTTTCATTGTG-CAACTGCGAAGCTTAGAGGATCACTCCCCTCTTCCTGGT
EST: AGTGGTGTATGCTCGGCTGATAACTGAAGGAAAGGACTATGGTATACATG GTTTCATTGTGCAACTGCGAAGCTTAGAGGATCACTCCCCTCTTCCTGGTAEST: gi|148952746|gb|EC898728.2|EC898728
genomic: AGTGGTGTATGCTCGGCTGATAACTGAAGGAAAGGACTATGGTATACATGgtaagagtgt ... cttgtcccagGTTTCATTGTGCAACTGCGAAGCTTAGAGGATCACTCCCCTCTTCCTGGTA
EST: AGTGGTGTATGCTCGGCTGATAACTGAAGGAAAGGACTATGGTATACATG GTTTCATTGTGCAACTGCGAAGCTTAGAGGATCACTCCCCTCTTCCTGATAEST: gi|149089538|gb|EE178785.2|EE178785
genomic: AGTGGTGTATGCTCGGCTGATAACTGAAGGAAAGGACTATGGTATACATGgtaagagtgt ... cttgtcccagGTTTCATTGTGCAACTGCGAAGCTTAGAGGATCACTCCCCTCTTCCTGGTA
EST: AGTGGTGTATGCTCGGCTGATAACTGAAGGAAAGGACTATGGTATACATG GTTTCATTGTGCAACTGCGAAGCTTAGAGGATCACTCCCCTCTTCCTGGTAEST: gi|32934681|gb|CF039493.1|CF039493
genomic: AGTGGTGTATGCTCGGCTGATAACTGAAGGAAAGGACTATGGTATACATGgtaagagtgt ... cttgtcccagGTTTCATTGTGCAACTGCGAAGCTTAGAGGATCACTCCCCTCTTCCTGGTA
EST: AGTGGTGTATGCTCGGCTGATAACTGAAGGAAAGGACTATGGTATACATG GTTTCATTGTGCAACTGCGAAACTTAGAGGATCACTCCCCTCTTCCTGGTAEST: gi|213184355|gb|FM193741.1|FM193741
genomic: AGTGGTGTATGCTCGGCTGATAACTGAAGGAAAGGACTATGGTATACATGgtaagagtgt ... cttgtcccagGTTTCATTGTGCAACTGCGAAGCTTAGAGGATCACTCCCCTCTTCCTGGTA
EST: AGTGGTGTATGCTCGGCTGATAACTGAAGGAAAGGACTATGGTATACATG GTTTCATTGTGCAACTGCGAAGCTTAGAGGATCACTCCCCTCTTCCTGGTAEST: gi|149096635|gb|EE182400.2|EE182400
genomic: AGTGGTGTATGCTCGGCTGATAACTGAAGGAAAGGACTATGGTATACATGgtaagagtgt ... cttgtcccagGTTTCATTGTGCAACTGCGAAGCTTAGAGGATCACTCCCCTCTTCCTGGTA
EST: AGTGGTGTATGCTCGGCTGATAACTGAAGGAAAGGACTATGGTATACATG GTTTCATTGTGCAACTGCGAAGCTTAGAGGATCACTCCCCTCTTCCTGGTAEST: gi|78089952|gb|DV518326.1|DV518326
genomic: AGTGGTGTATGCTCGGCTGATAACTGAAGGAAAGGACTATGGTATACATGgtaagagtgt ... cttgtcccagGTTTCATTGTGCAACTGCGAAGCTTAGAGGATCACTCCCCTCTTCCTGGTA
EST: AGTGGTGTATGCTCGGCTGATAACTGAAGGAAAGGACTATGGTATACATG GTTTCATTGTGCAACTGCGAAGCTTAGAGGATCACTCCCCTCTTCCTGGTAEST: gi|211132734|gb|FL016682.1|FL016682
genomic: AGTGGTGTATGCTCGGCTGATAACTGAAGGAAAGGACTATGGTATACATGgtaagagtgt ... cttgtcccagGTTTCATTGTGCAACTGCGAAGCTTAGAGGATCACTCCCCTCTTCCTGGTA
EST: GATAACTGAAGGAAAGGACTATGGTATACATG GTTTCATTGTGCAACTGCGAAGCTTAGAGGATCACTCCCCTCTTCCTGGTGEST: gi|211132737|gb|FL016685.1|FL016685
genomic: GATAACTGAAGGAAAGGACTATGGTATACATGgtaagagtgt ... cttgtcccagGTTTCATTGTGCAACTGCGAAGCTTAGAGGATCACTCCCCTCTTCCTGGTA
EST: GATAACTGAAGGAAAGGACTATGGTATACATG GTTTCATTGTGCAACTGCGAAGCTTANAGGATCACTCCCCTCTTCCTGGTGEST: gi|149106570|gb|EE188463.2|EE188463
genomic: GATAACTGAAGGAAAGGACTATGGTATACATGgtaagagtgt ... cttgtcccagGTTTCATTGTGCAACTGCGAAGCTTAGAGGATCACTCCCCTCTTCCTGGTA
EST: AGTGGTGTATGCTCGGCTGATAACTGAAGGAAAGGACTATGGTATACATG GTTTCATTGTGNCA-CTGCGAAGCTTAGAGGATCACTCCCCTCTTCCTGGT
genomic: AGTGGTGTATGCTCGGCTGATAACTGAAGGAAAGGACTATGGTATACATGgtaagagtgt ... cttgtcccagGTTTCATTGTG-CAACTGCGAAGCTTAGAGGATCACTCCCCTCTTCCTGGT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGGTGGCCTGGTGGCTTGGGGAAAGCTTCCACTCATGCAGTGGTGTATGCTCGGCTGATAACTGAAGGAAAGGACTATGGTATACATGgtaagagtgttttgtgtttaggtgatatttaagtgttctcctagtctcctttgtttcttatgcacgtccttgtcccag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA