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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TAAAAAGGAAACTGGCTATGTTGGTCTTAAAAATCAGGGTGCTACCTGCTATATGAATTCTCTTCTTCAGACACTCTACCACATTCCGTATTTCAGAAAGgtagaaacgagaaatcacatgccactgcccatgtgctcaacctgttctgatag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G864266_T01
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G864266_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os07g06950.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
--------------------------------------------------------------TAAAAAGGAAACTGGCTATGTTGGTCTTAAAAATCAGGGTGCTACCTGCTATATGAATTCTCTTCTTCAGACACTCTACCACATTCCGTATTTCAGAAAGgta-gaaacgagaaatcacatgccac-tgcccatgtgctcaacctgttctgatag---------
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ACTTGTATAGTGGAGGCCGAAGTTGCTGTATGTAAGGTGGTTGATTATTGGAGCTATGACTCTAAAAAGGAAACTGGTTATGTTGGTCTGAAAAATCAAGgtgctacttgctatatgaattctcttcttcagactctgtaccatattccatatttcagaaaggtacaaaatgtagttttactggttatataattttgtacttaatatatttgtatggtgctaacag

upper sequence: GRMZM5G864266_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: EFJ13603 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 5
TAAAAAGGAAACTGGCTATGTTGGTCTTAAAAATCAGGGTGCTACCTGCTATATGAATTCTCTTCTTCAGACACTCTACCACATTCCGTATTTCAGAAAGgtagaaacgagaaatcacatgcc-actgcccatgtgctcaacct-gttctgatag-----
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GAAGAAGGAGACTGGTTTCGTTGGGTTGAAGAATCAGGGTGCGACCTGCTACATGAACTCACTACTTCAGACGCTTTACCACATTCCTTACTTCCGTAAGgtaactattatctcttatcccttgactgttcggtctcacagttaagttcttgtaattcag

upper sequence: GRMZM5G864266_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: EFJ19227 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 5
TAAAAAGGAAACTGGCTATGTTGGTCTTAAAAATCAGGGTGCTACCTGCTATATGAATTCTCTTCTTCAGACACTCTACCACATTCCGTATTTCAGAAAGgtagaaacgagaaatcacatgcc-actgcccatgtgctcaacct-gttctgatag-----
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GAAGAAGGAGACTGGTTTTGTTGGGTTGAAGAATCAGGGTGCGACCTGCTACATGAACTCACTGCTTCAGACGCTTTACCACATTCCTTACTTCCGTAAGgtaactattatctcttatcccttgactgttcggtctcacagttaagttcttgtgattcag