Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GACCCTAGAGAATGATCTTTTGGAGCTTAGAGCGAAGGGTGTTGATGCACAAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAGgtgaacactttttcccgttcaagcatcagtgttcactgtctggcaccttggcttacagttttattttgtttaatatcttccag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G833389_T02
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G833389_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os01g60190.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
GACCCTAGAGAATGATCTTTTGGAGCTTAGAGCGAAGGGTGTTGATGCACAAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAGgtgaacactttttccc---------gttcaagcatcagtgttcactgtctggcaccttggcttac-agttttattttgtttaatatc----ttccag-----------------------------------------------------
||| ||||||| ||||||||   ||||| | |  |||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||  |||  |            ||| || |||||   || | | | |  |      | |  | | |||||  |||||| || ||    || | |                                                     
GACACTAGAGAGTGATCTTTCTCAGCTTCGTGACAAGGGTATTGATGCACGGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAGgtaaaatcttcatttagttatacgagttaaaccatcaacttttaatatttaactgtgcagatcgctatttttaagttgtttgatttcattatttctgaatttaataacatgttatatccatgctgaagtttaagtcttaaaaatgcacag

upper sequence: GRMZM5G833389_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: AT3G08590.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
GACCCTAGAGAATGATCTTTTGGAGCTTAGAGCGAAGGGTGTTGATGCACAAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAGgtgaacactttttccc-gttcaagcatcagtgtt---cactgtctggc--accttggcttacagttttattttg--tttaatatcttccag
 || || ||   ||| ||    |   |  | ||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||| ||  | |||||||| || |||||||||||||||||   || |  ||    | ||  | || | |||    |  ||||| |   |  || |     | |   |||||   |||  |  ||| |||
AACTCTTGAAGCTGACCTAGCTGCTTTACGTGCGAAAGGTGTTGATGCTCAGGTTGCATCTGGTGGAGGTCGAATGTATGTCACAATGGACCGTTATGAGgtaggcaatgcttgtgagatcttgtatgaatgtcatgccttgtctagtctagtttagaaatgaatccaatttttgctttccttccttgcag

upper sequence: GRMZM5G833389_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv08s0056g00200.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
GACCCTAGAGAATGATCTTTTGGAGCTTAGAGCGAAGGGTGTTGATGCACAAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAGgtgaacactttttcccgttca-agcatcagtgttcactgtctggcacctt---ggcttacagttttattttgtttaatatcttccag-------------
 || || ||||||||||||    |  |  | | ||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||  | |||||||| |||||||| |||||||||||      ||        | | |    ||  |  ||| |    | |  ||   ||     |   | ||| |||| |  ||      |             
AACTCTTGAGAATGATCTTGCAAAATTACGGGAGAAAGGTGTTGATGCACAGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAGgtatgattttgacataactgataattccatggaccacagataagaaattttcaggaggctatgatgattgtgttcagcataacatgggtatgtgctttga

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71330938|gb|DR802276.1|DR802276
EST:     AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCTCAAGTGCTTGGAGAA
genomic: AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAGgtgaacactt ... tatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
EST: gi|33102738|gb|CF062698.1|CF062698
EST:     AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
genomic: AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAGgtgaacactt ... tatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
EST: gi|32838945|gb|CD978626.1|CD978626
EST:     AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
genomic: AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAGgtgaacactt ... tatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
EST: gi|33102662|gb|CF062622.1|CF062622
EST:     AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
genomic: AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAGgtgaacactt ... tatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
EST: gi|33101245|gb|CF061205.1|CF061205
EST:     AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
genomic: AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAGgtgaacactt ... tatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
EST: gi|211146005|gb|FL283895.1|FL283895
EST:     AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
genomic: AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAGgtgaacactt ... tatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
EST: gi|6564080|gb|AW231702.1|AW231702
EST:     ACATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
genomic: AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAGgtgaacactt ... tatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
EST: gi|20301448|gb|BQ164391.1|BQ164391
EST:     TTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAG                         AATGACTGTGATGTGGCTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
genomic: TTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAGgtgaacactt ... tatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
EST: gi|26457193|gb|CA828776.1|CA828776
EST:     AGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGCTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
genomic: AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAGgtgaacactt ... tatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
EST: gi|61236681|gb|DN586426.1|DN586426
EST:     AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
genomic: AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAGgtgaacactt ... tatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
EST: gi|26456432|gb|CA828015.1|CA828015
EST:     GGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
genomic: GGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAGgtgaacactt ... tatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
EST: gi|33102595|gb|CF062555.1|CF062555
EST:     AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
genomic: AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAGgtgaacactt ... tatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
EST: gi|211146004|gb|FL283894.1|FL283894
EST:     AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
genomic: AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAGgtgaacactt ... tatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GACCCTAGAGAATGATCTTTTGGAGCTTAGAGCGAAGGGTGTTGATGCACAAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAGgtgaacactttttcccgttcaagcatcagtgttcactgtctggcaccttggcttacagttttattttgtttaatatcttccag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA