Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTTCTGTTGGGTATTTCATCACTGACCTTGCTATGATATTATGGGCTTATCCTTCTCTTGGTGGAATGGAGTATgtaagtgaatatatcagatcactaacatattttctttcatatatttccttgctcccagtttctacctcttttatatataaatacatgctgatttaacatg...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G825226_T03
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G825226_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os01g56230.5 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
GTTTCTGTTGGGTATTTCATCACTGACCTTGCTATGATATTATGGGCTTATCCTTCTCTTGGTGGAATGGAGTATgtaagtgaatatatcagatcactaacat--attttctttcatatatttccttgctccc--agtttctacctct---tttatatataaatacatgctgatttaacatg----------------------------------
|||||| | ||||| |||||| |||||||||||||| |||  |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  |||   ||||| || |||  ||||| |||||   ||||  || ||  |   ||| || |   |   | | |||  || |||    || | |    |                                   
GTTTCTCTGGGGTACTTCATCGCTGACCTTGCTATGTTATCCTGGGCTTATCCTTCCCTTGGCGGAATGGAGTATgtaagtgagcatagttgatcattaccatttattttatttcac-catttgtttactttctaggttactgctattcagtgtttattcaattactgtgtgctctgctgttcatattattcatcacttgggttgaccattgtcag

upper sequence: GRMZM5G825226_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA14G03520.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
GTTTCTGTTGGGTATTTCATCACTGACCTTGCTATGATATTATGGGCTTATCCTTCTCTTGGTGGAATGGAGTATgtaagtgaatatatcagatcactaacatattttctttcatatatttccttgctcccagtttctacctcttttatatataaatacatgctgatttaacatg-----------------------------------------------------------------------------------
|| ||||| || || |||||| |||||||||  |||||||| |||  || ||||||||||||||||   ||||||||||| ||  |||||   | |||  |||| |||    || || |  ||||| ||       ||  ||  || | || | || | || |   || |  |||                                                                                   
GTGTCTGTCGGTTACTTCATCGCTGACCTTGGGATGATATTTTGGTTTTTTCCTTCTCTTGGTGGATATGAGTATgtaag-gatcatatcttttgacttgcatagtttaaacca-atctaaccttgatcatctgaactctcttattca-attttaagatattccacttgattatggcaagagtttggtttccttcctttttcaccctatttggttgtaaatatgaatttaacatgacttcatattaacattgattcag

upper sequence: GRMZM5G825226_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA02G45240.3 (Glycine max), 5'ss of exon 5
GTTTCTGTTGGGTATTTCATCACTGACCTTGCTATGATATTATGGGCTTATCCTTCTCTTGGTGGAATGGAGTATgtaagtgaatatatcagatcactaacatattttctttcatatatttccttgctcccagtttctacctcttttatatataaatacatg--ctgatt-taacatg------------------------------------------------------------------------------
|| ||||| || || |||||| |||||||||  |||||||| |||  || ||||||||||||||||   ||||||||||| ||  |||||   | |||  |||| |||    || |  |  ||||| ||    | |  ||   ||  || | || |||       ||||| |  || |                                                                              
GTGTCTGTCGGTTACTTCATCGCTGACCTTGGGATGATATTTTGGTTTTTTCCTTCTCTTGGTGGATATGAGTATgtaag-gatcatatcttttgacttgcatagtttaaacca-acctaaccttgttc---atctgaactcattcaatttttagatattccacttgattatggcaagagtttgatttccttccttgttcactctatttggttgtaaatatggatttaacatgacttcataataacattgatttag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71771874|gb|DR969811.1|DR969811
EST:     GAATGGAGTAT                         GTCCTTCACCATATGCTGTCGCTTATTTCTATAGTCTATGCTATGTATTCT
genomic: GAATGGAGTATgtaagtgaat ... acatttccagGTCCTTCACCATATGCTGTCGCTTATTTCTATAGTCTATGCTATGTATTCT
EST: gi|148934690|gb|EC878738.2|EC878738
EST:     ACCTTGCTATGATATTATGGGCTTATCCTTCTCTTGGTGGAATGGAGTAT                         GTCCTTCACCATATGCTGTCGCTTATTTCTATAGTCTATGCTATGTATTCT
genomic: ACCTTGCTATGATATTATGGGCTTATCCTTCTCTTGGTGGAATGGAGTATgtaagtgaat ... acatttccagGTCCTTCACCATATGCTGTCGCTTATTTCTATAGTCTATGCTATGTATTCT
EST: gi|71771875|gb|DR969812.1|DR969812
EST:     ACCTTGCTATGATATTATGGGCTTATCCTTCTCTTGGTGGAATGGAGTAT                         GTCCTTCACCATATGCTGTCGCTTATTTCTATAGTCTATGCTATGTATTCT
genomic: ACCTTGCTATGATATTATGGGCTTATCCTTCTCTTGGTGGAATGGAGTATgtaagtgaat ... acatttccagGTCCTTCACCATATGCTGTCGCTTATTTCTATAGTCTATGCTATGTATTCT
EST: gi|76925225|gb|DV170328.1|DV170328
EST:     ACCTTGCTATGATATTATGGGCTTATCCTTCTCTTGGTGGAATGGAGTAT                         GTCCTTCACCATATGCTGTCGCTTATTTCTATAGTCTATGCTATGTATTCT
genomic: ACCTTGCTATGATATTATGGGCTTATCCTTCTCTTGGTGGAATGGAGTATgtaagtgaat ... acatttccagGTCCTTCACCATATGCTGTCGCTTATTTCTATAGTCTATGCTATGTATTCT
EST: gi|78112273|gb|DV530667.1|DV530667
EST:     ACCTTGCTATGATATTATGGGCTTATCCTTCTCTTGGTGGAATGGAGTAT                         GTCCTTCACCATATGCT
genomic: ACCTTGCTATGATATTATGGGCTTATCCTTCTCTTGGTGGAATGGAGTATgtaagtgaat ... acatttccagGTCCTTCACCATATGCT
EST: gi|74237536|gb|DT645450.1|DT645450
EST:     ACCTTGCTATGATATTATGGGCTTATCCTTCTCTTGGTGGAATGGAGTAT                         GTCCTTCACCATATGCTGTCGCTTATTTCTATAGTCTATGCTATGTATTCT
genomic: ACCTTGCTATGATATTATGGGCTTATCCTTCTCTTGGTGGAATGGAGTATgtaagtgaat ... acatttccagGTCCTTCACCATATGCTGTCGCTTATTTCTATAGTCTATGCTATGTATTCT
EST: gi|74237535|gb|DT645449.1|DT645449
EST:     GGTGGAATGGAGTAT                         GTCCTTCCCCATATGCTGTCGCTTATTTCTATAGTCTATGCTATGTATTCT
genomic: GGTGGAATGGAGTATgtaagtgaat ... acatttccagGTCCTTCACCATATGCTGTCGCTTATTTCTATAGTCTATGCTATGTATTCT
EST: gi|149078049|gb|EE166790.2|EE166790
EST:     ACCTTGCTATGATATTATGGGCTTATCCTTCTCTTGGTGGAATGGAGTAT                         GTCCTTCACCATATGCTGTCGCTTATTTCTATAGTCTATGCTATGTATTCT
genomic: ACCTTGCTATGATATTATGGGCTTATCCTTCTCTTGGTGGAATGGAGTATgtaagtgaat ... acatttccagGTCCTTCACCATATGCTGTCGCTTATTTCTATAGTCTATGCTATGTATTCT
EST: gi|76918369|gb|DV167265.1|DV167265
EST:     ACCTTGCTATGATATTATGGGCTTATCCTTCTCTTGGTGGAATGGAGTAT                         GTCCTTCACCATATGCTGTCGCTTATTTCTATAGTCTATGCTATGTATTCT
genomic: ACCTTGCTATGATATTATGGGCTTATCCTTCTCTTGGTGGAATGGAGTATgtaagtgaat ... acatttccagGTCCTTCACCATATGCTGTCGCTTATTTCTATAGTCTATGCTATGTATTCT
EST: gi|87154553|gb|DY399342.1|DY399342
EST:     ACCTTGCTATGATATTATGGGCTTATCCTTCTCTTGGTGGAATGGAGTAT                         GTCCTTCACCATATGCTGTCGCTTATTTCTATAGTCTATGCTATGTATTCT
genomic: ACCTTGCTATGATATTATGGGCTTATCCTTCTCTTGGTGGAATGGAGTATgtaagtgaat ... acatttccagGTCCTTCACCATATGCTGTCGCTTATTTCTATAGTCTATGCTATGTATTCT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTTCTGTTGGGTATTTCATCACTGACCTTGCTATGATATTATGGGCTTATCCTTCTCTTGGTGGAATGGAGTATgtaagtgaatatatcagatcactaacatattttctttcatatatttccttgctcccagtttctacctcttttatatataaatacatgctgatttaacatg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA