Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCAATGTTTGTTGATAGAGGGGTTGGCTCACCAAATTTTGCAAGACCAACAATGGAAACCTTTTCGATGAGCAACTTTAAGTTGGATTCTGAATCAAAGgttgtacattattcactccggtcactagatttagtaaaacttgatactcgtgggtttatagtgaaaacaatggaattgcatgggaattgatagattaatt...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G824405_T01
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G824405_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os03g18310.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
GGCAATGTTTGTTGATAGAGGGGTTGGCTCACCAAATTTTGCAAGACCAACAATGGAAACCTTTTCGATGAGCAACTTTAAGTTGGATTCTGAATCAAAGgttgtacatta--ttcactccggtcactagatttagtaaaacttgatactcgtgggtttatagtgaaaacaatggaattgcatgggaattgatagattaatt
||| || |||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||| ||||  |||||  |||| ||||||||| | ||||| ||||||||| | ||||||||||  ||  ||  | || | ||  |  |||  ||  |      | | |||  |   || |            || ||| | | ||   ||||  | ||
GGCGATCTTTGTTGATAGAGGTGTTGGCTCACCAGAATTTGCAAGACCCACAAATGAAACAATTTCAATGAGCAACATCAAGTTTGATTCTGAAGCGAAGgttgtaccataacttagcaccaggcatcattttttatactataattaaattgtgaatccttaatagctctgggcttatggcaagtgcatgcttaga--agtt