Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   
10  
 5'  3'   
11  
 5'  3'   
12  
 5'  3'   
13  
 5'  3'   
14  
 5'  3'   
15  
 5'  3'   
16  
 5'  3'   
17  
 5'  3'   
18  
 5'  3'   
19  
 5'  3'   
20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CACTTGTGGAGGATTGTGCCCTGGACTTAATACTGTGATTAGGGAAATTGTATGTGGCTTATCTGACATGTATGGTGTCACCAAGATACTTGGGATTCAGgtaaagtacattacatcatgtcatgaagtccacacaaagtatgcaatcaatcagtctcagtccacataaagtatgcaatcaatcattctcccacagtagttcttgaagaactcacttgatgtcctcatctttttttttctaacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G443985_T02
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G443985_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os06g05860.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
CACTTGTGGAGGATTGTGCCCTGGACTTAATACTGTGATTAGGGAAATTGTATGTGGCTTATCTGACATGTATGGTGTCACCAAGATACTTGGGATTCAGgtaaagtacattacatcatgtcatgaagtccacacaaagtatgcaatcaatcagtctcagtccacataaagtatgcaatcaatcattctcccacagtagttcttgaagaactcacttgatgtcctcatctttttttttctaacag
||| ||||||||| ||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | | ||||||| ||||||| || |||| || ||| ||||||| | | |||||||| | |||| | | | | | || || | | ||| |||| |
CACATGTGGAGGACTGTGCCCTGGACTGAACACTGTCATTAGGGAAATTGTATGTGGCTTATATGACATGTATGGTGTCAGTAGGGTACTTGGAATTCAGgcaagt--cattgcactgcatcacaaagtccatatacagtatgcaggcgatca----tatttccttctagttctgaaaattactttattcctgaagtatcattcat---------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211132978|gb|FL170883.1|FL170883
EST:     TATGTGGCTTATCTGACATGTATGGTGTCACCAAGATACTTGGGATTCAG                         GGTGGGTACAGAGGCTTCTATGCTCGCAACACCATCACCTTGACTCCAAAG
genomic: TATGTGGCTTATCTGACATGTATGGTGTCACCAAGATACTTGGGATTCAGgtaaagtaca ... tttctaacagGGTGGGTACAGAGGCTTCTATGCTCGCAATACCATCACCTTGACTCCAAAG
EST: gi|148972520|gb|EE023481.2|EE023481
EST:     TATGTGGCTTATCTGACATGTATGGTGTCACCAAGATACTTGGGATTCAG                         GGTGGGTACAGAGGCTTCTATGCTCGCAATACCATCACCTTGACTCCAAAG
genomic: TATGTGGCTTATCTGACATGTATGGTGTCACCAAGATACTTGGGATTCAGgtaaagtaca ... tttctaacagGGTGGGTACAGAGGCTTCTATGCTCGCAATACCATCACCTTGACTCCAAAG
EST: gi|13557855|gb|BG549211.1|BG549211
EST:     TATGTGGCTTATCTGACATGTATGGTGTCACCAAGATACTTTTTATTCAG                         GGTGGGTACAGAGGCTTCTATGCTCGCAATACCATCACCTTGACTCCAAAG
genomic: TATGTGGCTTATCTGACATGTATGGTGTCACCAAGATACTTGGGATTCAGgtaaagtaca ... tttctaacagGGTGGGTACAGAGGCTTCTATGCTCGCAATACCATCACCTTGACTCCAAAG
EST: gi|76921243|gb|DV168509.1|DV168509
EST:     CACCAAGATACTTGGGATTCAG                         GGTGGGTACAGAGGCTTCTATGCTCGCAATACCATCACCTTGACTCCAAAG
genomic: CACCAAGATACTTGGGATTCAGgtaaagtaca ... tttctaacagGGTGGGTACAGAGGCTTCTATGCTCGCAATACCATCACCTTGACTCCAAAG
EST: gi|211132969|gb|FL170874.1|FL170874
EST:     TATGTGGCTTATCTGACATGTATGGTGTCACCAAGATACTTGGGATTCAG                         GGTGGGTACAGAGGCTTCTATGCTCGCAACACCATCACCTTGACTCCAAAG
genomic: TATGTGGCTTATCTGACATGTATGGTGTCACCAAGATACTTGGGATTCAGgtaaagtaca ... tttctaacagGGTGGGTACAGAGGCTTCTATGCTCGCAATACCATCACCTTGACTCCAAAG