Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTTAGGGTCTGTCATGTGCTTGGGTGTCACTGCTGGTGCCTATGTTCTCACCCTCTTTGCAgtaagtgtgaccatgagatgactaccttctcgatcgttcttccgttgagtgcttgctaagaatgttatgtacacgcaccatcacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G413857_T03
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G413857_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os01g09670.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
TTTAGGGTCTGTCATGTGCTTGGGTGTCACTGCTGGTGCCTATGTTCTCACCCTCTTTGCAgtaagtgtgaccatgagatgactacctt----ctcga-tcgttcttccgttgagtgcttgctaagaatgttatgtacacgcaccatcacag
 ||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||| | ||  ||||     ||  |     || |  | ||  || | ||   |  ||  ||||||||| ||||| ||  |   ||||||
ATTAGGATCTGTGATGTGTTTGGGTGTCACTGCCGGTGCCTACATTCTCACCCTCTTTGCAgtaagtattactctgag-cagttatttcaaagcttgccttgtcttttctttttctttttcttaagaatgt-atgtatac--attgtcacag

upper sequence: GRMZM2G413857_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA10G30270.2 (Glycine max), 5'ss of exon 5
TTTAGGGTCTGTCATGTGCTTGGGTGTCACTGCTGGTGCCTATGTTCTCACCCTCTTTGCAgtaagtgtgaccatgaga-tgactaccttctcgatcgttcttccgttgagtgcttgctaagaatgttatgtacacgcaccatcacag
  || ||   ||  ||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||||  |    || || | |  || |  || | | |    |  |  |||  | |  ||  ||      |   |  |   |  |||
GCTAAGGGAGGTTCTGTGCTTGGGTGTAACAGCTGGTGCTTATGTCCTCACTCTATTTGCTgtaagttggcatttgtgaattataacttaatccaccataa--caatctagta-tggtaaaccatcgagctttttcctaatttggcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|89761919|gb|DY689741.1|DY689741
EST:     TCATGTGCTTGGGTGTCACTGCTGGTGCCTATGTTCTCACCCTCTTTGCA                         ACTAAGTATCGGGAGAGGGTTCTTGGCCTCATGTTGGTTTCACCTGTATGC
genomic: TCATGTGCTTGGGTGTCACTGCTGGTGCCTATGTTCTCACCCTCTTTGCAgtaagtgtga ... accatcacagACTAAGTATCGGGAGAGGGTTCTTGGCCTCATGTTGGTTTCACCTGTATGC
EST: gi|71443344|gb|DR824394.1|DR824394
EST:     TCATGTGCTTGGGTGTCACTGCTGGTGCCTATGTTCTCACCCTCTTTGCA                         ACTAAGTATCGGGAGAGGGTTCTTGGCCTCATGTTGGTTTCACCTGTATGC
genomic: TCATGTGCTTGGGTGTCACTGCTGGTGCCTATGTTCTCACCCTCTTTGCAgtaagtgtga ... accatcacagACTAAGTATCGGGAGAGGGTTCTTGGCCTCATGTTGGTTTCACCTGTATGC
EST: gi|26457201|gb|CA828784.1|CA828784
EST:     TCATGTGCTTGGGTGTCACTGCTGGTGCCTATGTTCTCACCCTCTTTGCA                         ACTAAGTATCGGGAGAGGGTTCTTGGCCTCATGTTGGTTTCACCTGTATGC
genomic: TCATGTGCTTGGGTGTCACTGCTGGTGCCTATGTTCTCACCCTCTTTGCAgtaagtgtga ... accatcacagACTAAGTATCGGGAGAGGGTTCTTGGCCTCATGTTGGTTTCACCTGTATGC
EST: gi|211436829|gb|FL403332.1|FL403332
EST:     TCATGTGCTTGGGTGTCACTGCTGGTGCCTATGTTCTCACCCTCTTTGCA                         ACTAAGTATCGGGAGAGGGTTCTTGGCCTCATGTTGGTTTCACCTGTATGC
genomic: TCATGTGCTTGGGTGTCACTGCTGGTGCCTATGTTCTCACCCTCTTTGCAgtaagtgtga ... accatcacagACTAAGTATCGGGAGAGGGTTCTTGGCCTCATGTTGGTTTCACCTGTATGC
EST: gi|71443847|gb|DR824897.1|DR824897
EST:     TCATGTGCTTGGGTGTCACTGCTGGTGCCTATGTTCTCACCCTCTTTGCA                         ACTAAGTATCGGGAGAGGGTTCTTGGCCTCATGTTGGTTTCACCTGTATGC
genomic: TCATGTGCTTGGGTGTCACTGCTGGTGCCTATGTTCTCACCCTCTTTGCAgtaagtgtga ... accatcacagACTAAGTATCGGGAGAGGGTTCTTGGCCTCATGTTGGTTTCACCTGTATGC