1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
GCTCAGGTTCCAGTTATCTTTATGCACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgccaagttcttcttagggcatgtttggaccccatatgctaaactttaccagggtgctaaagtttagcacaccttaaggagctaaactgctatt...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G374881_T01 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCEST: gi|29544379|gb|CB604759.1|CB604759
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCEST: gi|211481573|gb|FL031237.1|FL031237
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: GAAGAGGCAGAG AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCEST: gi|71320622|gb|DR797046.1|DR797046
genomic: GAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCEST: gi|16919306|gb|BM074128.1|BM074128
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCEST: gi|37384781|gb|CF629491.1|CF629491
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCEST: gi|78543575|gb|DV621073.1|DV621073
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCEST: gi|7135787|gb|AW498266.1|AW498266
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCEST: gi|18180510|gb|BM381720.1|BM381720
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCEST: gi|7216231|gb|AW562353.1|AW562353
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCEST: gi|37380555|gb|CF627096.1|CF627096
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCEST: gi|32848451|gb|CD988132.1|CD988132
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCEST: gi|88749443|gb|DY533584.1|DY533584
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCEST: gi|37378375|gb|CF625874.1|CF625874
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCEST: gi|211050109|gb|FL461719.1|FL461719
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCEST: gi|37387307|gb|CF630846.1|CF630846
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCEST: gi|78109398|gb|DV527814.1|DV527814
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCEST: gi|7216230|gb|AW562352.1|AW562352
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCTCAGGTTCCAGTTATCTTTATGCACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgccaagttcttcttagggcatgtttggaccccatatgctaaactttaccagggtgctaaagtttagcacaccttaaggagctaaactgctatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG