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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATGTCTTTAATCTCCTTCCAAATCTGAACGTAAATGAGCTAATTAAAGCCTTTGCAGgtaatcttgcatctttttttctgatttaacataattgacctgatcttttcatattctcgggagccttatgttgtctttcttttgtacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G368908_T03
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G368908_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os04g56646.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
GATGTCTTTAATCTCCTTCCAAATCTGAACGTAAATGAGCTAATTAAAGCCTTTGCAGgtaatcttgcatctttttttctgatttaacataattgacctgatcttttcatat----------tctcggga--gccttatgttgtctttcttttgtacag
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GATGTGTTTAATCTGCTCCCCAATCTCAATGTAAACGAGCTTATTAAAGCCTTTGCAGgtaataacacatgttctcacc-aatttactataattgagctgaacctgtcgtctgggtttcttatcttaaaatggttcgatgctaatgttctttcctgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|16745925|gb|BM032355.1|BM032355
EST:     TAATCTCCTTCCAAATCTGAACGTAAATGAGCTAATTAAAGCCTTTGCAG                         TGAAAACAAACGACATGATGTTGGTAATATATCTGTCTTCTCTGATCCGGA
genomic: TAATCTCCTTCCAAATCTGAACGTAAATGAGCTAATTAAAGCCTTTGCAGgtaatcttgc ... ttttgtacagTGAAAACAAACGACATGATGTTGGTAATATATCTGTCTTCTCTGATCCGGA
EST: gi|18384637|gb|BM417836.1|BM417836
EST:     TAATCTCCTTCCAAATCTGAACGTAAATGAGCTAATTAAAGCCTTTGCAG                         TGAAAACAAACGACATGATGTTGGTAATATATCTGTCTTCTCTGATCCGGA
genomic: TAATCTCCTTCCAAATCTGAACGTAAATGAGCTAATTAAAGCCTTTGCAGgtaatcttgc ... ttttgtacagTGAAAACAAACGACATGATGTTGGTAATATATCTGTCTTCTCTGATCCGGA
EST: gi|18384913|gb|BM418112.1|BM418112
EST:     TAATCTCCTTCCAAATCTGAACGTAAATGAGCTAATTAAAGCCTTTGCAG                         TGAAAACAAACGACATGATGTTGGTAATATATCTGTCTTCTCTGATCCGGA
genomic: TAATCTCCTTCCAAATCTGAACGTAAATGAGCTAATTAAAGCCTTTGCAGgtaatcttgc ... ttttgtacagTGAAAACAAACGACATGATGTTGGTAATATATCTGTCTTCTCTGATCCGGA
EST: gi|60340869|gb|DN207842.1|DN207842
EST:     TAATCTCCTTCCAAATCTGAACGTAAATGAGCTAATTAAAGCCTTTGCAG                         TGAAAACAAACGACATGATGTTGGTAATATATCTGTCTTCTCTGATCCGGA
genomic: TAATCTCCTTCCAAATCTGAACGTAAATGAGCTAATTAAAGCCTTTGCAGgtaatcttgc ... ttttgtacagTGAAAACAAACGACATGATGTTGGTAATATATCTGTCTTCTCTGATCCGGA
EST: gi|60355241|gb|DN222214.1|DN222214
EST:     TAATCTCCTTCCAAATCTGAACGTAAATGAGCTAATTAAAGCCTTTGCAG                         TGAAAACAAACGACATGATGTTGGTAATATATCTGTCTTCTCTGATCCGGA
genomic: TAATCTCCTTCCAAATCTGAACGTAAATGAGCTAATTAAAGCCTTTGCAGgtaatcttgc ... ttttgtacagTGAAAACAAACGACATGATGTTGGTAATATATCTGTCTTCTCTGATCCGGA
EST: gi|60399723|gb|DN232533.1|DN232533
EST:     TAATCTCCTTCCAAATCTGAACGTAAATGAGCTAATTAAAGCCTTTGCAG                         TGAAAACAAACGACATGATGTTGGTAATATATCTGTCTTCTCTGATCCGGA
genomic: TAATCTCCTTCCAAATCTGAACGTAAATGAGCTAATTAAAGCCTTTGCAGgtaatcttgc ... ttttgtacagTGAAAACAAACGACATGATGTTGGTAATATATCTGTCTTCTCTGATCCGGA
EST: gi|16746047|gb|BM032477.1|BM032477
EST:     TAATCTCCTTCCAAATCTGAACGTAAATGAGCTAATTAAAGCCTTTGCAG                         TGAAAACAAACGACATGATGTTGGTAATATATCTGTCTTCTCTGATCCGGA
genomic: TAATCTCCTTCCAAATCTGAACGTAAATGAGCTAATTAAAGCCTTTGCAGgtaatcttgc ... ttttgtacagTGAAAACAAACGACATGATGTTGGTAATATATCTGTCTTCTCTGATCCGGA
EST: gi|88755237|gb|DY539378.1|DY539378
EST:     TAATTAAAGCCTTTGCAG                         TGAAAACAAACGACATGATGTTGGTAATATATCTGTTTTTTCTGATCCGGA
genomic: TAATTAAAGCCTTTGCAGgtaatcttgc ... ttttgtacagTGAAAACAAACGACATGATGTTGGTAATATATCTGTCTTCTCTGATCCGGA
EST: gi|211028541|gb|FL445307.1|FL445307
EST:     TAATCTCCTTCCAAATCTGAACGTAAATGAGCTAATTAAAGCCTTTGCAG                         TGAAAACAAACGACATGATGTTGGTAATATATCTGTCTTCTCTGATCCGGA
genomic: TAATCTCCTTCCAAATCTGAACGTAAATGAGCTAATTAAAGCCTTTGCAGgtaatcttgc ... ttttgtacagTGAAAACAAACGACATGATGTTGGTAATATATCTGTCTTCTCTGATCCGGA
EST: gi|18383928|gb|BM417128.1|BM417128
EST:     TAATCTCCTTCCAAATCTGAACGTAAATGAGCTAATTAAAGCCTTTGCAG                         TGAAAACAAACGACATGATGTTGGTAATATATCTGTCTTCTCTGATCCGGA
genomic: TAATCTCCTTCCAAATCTGAACGTAAATGAGCTAATTAAAGCCTTTGCAGgtaatcttgc ... ttttgtacagTGAAAACAAACGACATGATGTTGGTAATATATCTGTCTTCTCTGATCCGGA
EST: gi|108824177|gb|EC278185.1|EC278185
EST:     TAATCTCCTTCCAAATCTGAACGTAAATGAGCTAATTAAAGCCTTTGCAG                         TGAAAACAAACGACATGATGTTGGTAATATATCTGTCTTCTCTGATCCGGA
genomic: TAATCTCCTTCCAAATCTGAACGTAAATGAGCTAATTAAAGCCTTTGCAGgtaatcttgc ... ttttgtacagTGAAAACAAACGACATGATGTTGGTAATATATCTGTCTTCTCTGATCCGGA
EST: gi|18384504|gb|BM417703.1|BM417703
EST:     TAATCTCCTTCCAAATCTGAACGTAAATGAGCTAATTAAAGCCTTTGCAG                         TGAAAACAAACGACATGATGTTGGTAATATATCTGTCTTCTCTGATCCGGA
genomic: TAATCTCCTTCCAAATCTGAACGTAAATGAGCTAATTAAAGCCTTTGCAGgtaatcttgc ... ttttgtacagTGAAAACAAACGACATGATGTTGGTAATATATCTGTCTTCTCTGATCCGGA
EST: gi|32857775|gb|CD997456.1|CD997456
EST:     TAATCTCCTTCCAAATCTGAACGTAAATGAGCTAATTAAAGCCTTTGCAG                         TGAAAACAAACGACATGATGTTGGTAATATATCTGTCTTCTCTGATCCGGA
genomic: TAATCTCCTTCCAAATCTGAACGTAAATGAGCTAATTAAAGCCTTTGCAGgtaatcttgc ... ttttgtacagTGAAAACAAACGACATGATGTTGGTAATATATCTGTCTTCTCTGATCCGGA
EST: gi|211046828|gb|FL451687.1|FL451687
EST:     TAATCTCCTTCCAAATCTGAACGTAAATGAGCTAATTAAAGCCTTTGCAG                         TGAAAACAAACGACATGATGTTGGTAATATATCTGTCTTCTCTGATCCGGA
genomic: TAATCTCCTTCCAAATCTGAACGTAAATGAGCTAATTAAAGCCTTTGCAGgtaatcttgc ... ttttgtacagTGAAAACAAACGACATGATGTTGGTAATATATCTGTCTTCTCTGATCCGGA
EST: gi|32938917|gb|CF043736.1|CF043736
EST:     CTCCTTCCAAATCTGAACGTAAATGAGCTAATTAAAGCCTTTGCAG                         TGAAAACAAACGACATGATGTTGGTAATATATCTGTCTTCTCTGATCCGGA
genomic: CTCCTTCCAAATCTGAACGTAAATGAGCTAATTAAAGCCTTTGCAGgtaatcttgc ... ttttgtacagTGAAAACAAACGACATGATGTTGGTAATATATCTGTCTTCTCTGATCCGGA
EST: gi|87153027|gb|DY397816.1|DY397816
EST:     TAATCTCCTTCCAAATCTGAACGTAAATGAGCTAATTAAAGCCTTTGCAG                         TGAAAACAAACGACATGATGTTGGTAATATATCTGTCTTCTCTGATCCGGA
genomic: TAATCTCCTTCCAAATCTGAACGTAAATGAGCTAATTAAAGCCTTTGCAGgtaatcttgc ... ttttgtacagTGAAAACAAACGACATGATGTTGGTAATATATCTGTCTTCTCTGATCCGGA
EST: gi|32934297|gb|CF039109.1|CF039109
EST:     TAATCTCCTTCCAAATCTGAACGTAAATGAGCTAATTAAAGCCTTTGCAG                         TGAAAACAAACGACATGATGTTGGTAATATATCTGTCTTCTCTGATCCGGA
genomic: TAATCTCCTTCCAAATCTGAACGTAAATGAGCTAATTAAAGCCTTTGCAGgtaatcttgc ... ttttgtacagTGAAAACAAACGACATGATGTTGGTAATATATCTGTCTTCTCTGATCCGGA
EST: gi|18384506|gb|BM417705.1|BM417705
EST:     TAATCTCCTTCCAAATCTGAACGTAAATGAGCTAATTAAAGCCTTTGCAG                         TGAAAACAAACGACATGATGTTGGTAATATATCTGTCTTCTCTGATCCGGA
genomic: TAATCTCCTTCCAAATCTGAACGTAAATGAGCTAATTAAAGCCTTTGCAGgtaatcttgc ... ttttgtacagTGAAAACAAACGACATGATGTTGGTAATATATCTGTCTTCTCTGATCCGGA
EST: gi|16925720|gb|BM078788.1|BM078788
EST:     TAATCTCCTTCCAAATCTGAACGTAAATGAGCTAATTAAAGCCTTTGCAG                         TGAAAACAAACGACATGATGTTGGTAATATATCTGTCTTCTCTGATCCGGA
genomic: TAATCTCCTTCCAAATCTGAACGTAAATGAGCTAATTAAAGCCTTTGCAGgtaatcttgc ... ttttgtacagTGAAAACAAACGACATGATGTTGGTAATATATCTGTCTTCTCTGATCCGGA
EST: gi|110520623|gb|EE024807.1|EE024807
EST:     TAATCTCCTTCCAAATCTGAACGTAAATGAGCTAATTAAAGCCTTTGCAG                         TGAAAACAAACGACATGATGTTGGTAATATATCTGTCTTCTCTGATCCGGA
genomic: TAATCTCCTTCCAAATCTGAACGTAAATGAGCTAATTAAAGCCTTTGCAGgtaatcttgc ... ttttgtacagTGAAAACAAACGACATGATGTTGGTAATATATCTGTCTTCTCTGATCCGGA