1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
GTAACTGTTGGCGCATCTTTTTTATCACAAACATTGGCATTGGAGGATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAGgtaatttggtgctgagatcagtacttattttggatacctaattgggatactttgccgcacgtacccacaggatttctgatagtattctttgcacatttgatccatctttctttgcaagcacaacagcacatgcatgtttttgcctgaatcaagagtcatgagaattgagagcttgtcaatttcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G362088_T02 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAG GTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGTEST: gi|211329193|gb|FL235162.1|FL235162
genomic: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAGgtaatttggt ... tcaatttcagGTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGT
EST: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAG GTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGTEST: gi|211392787|gb|FL282754.1|FL282754
genomic: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAGgtaatttggt ... tcaatttcagGTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGT
EST: TTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAG GTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGTEST: gi|211331350|gb|FL235175.1|FL235175
genomic: TTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAGgtaatttggt ... tcaatttcagGTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGT
EST: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAG GTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAAEST: gi|211329203|gb|FL235172.1|FL235172
genomic: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAGgtaatttggt ... tcaatttcagGTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAA
EST: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAG GTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGTEST: gi|60358607|gb|DN225580.1|DN225580
genomic: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAGgtaatttggt ... tcaatttcagGTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGT
EST: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAG GTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGTEST: gi|60341032|gb|DN208005.1|DN208005
genomic: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAGgtaatttggt ... tcaatttcagGTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGT
EST: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAG GTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGTEST: gi|37401257|gb|CF637991.1|CF637991
genomic: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAGgtaatttggt ... tcaatttcagGTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGT
EST: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAG GTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGTEST: gi|211331353|gb|FL235178.1|FL235178
genomic: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAGgtaatttggt ... tcaatttcagGTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGT
EST: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAG GTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGTEST: gi|211329194|gb|FL235163.1|FL235163
genomic: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAGgtaatttggt ... tcaatttcagGTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGT
EST: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGANATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAKAG GTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCEST: gi|60347047|gb|DN214020.1|DN214020
genomic: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAGgtaatttggt ... tcaatttcagGTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGC
EST: ATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAG GTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGTEST: gi|32854499|gb|CD994180.1|CD994180
genomic: ATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAGgtaatttggt ... tcaatttcagGTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGT
EST: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAG GTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGTEST: gi|50330000|gb|CO525126.1|CO525126
genomic: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAGgtaatttggt ... tcaatttcagGTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGT
EST: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAG GTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGTEST: gi|74243754|gb|DT651668.1|DT651668
genomic: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAGgtaatttggt ... tcaatttcagGTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGT
EST: GAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAG GTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGTEST: gi|211331363|gb|FL235188.1|FL235188
genomic: GAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAGgtaatttggt ... tcaatttcagGTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGT
EST: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAG GTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTEST: gi|12968444|gb|BG265390.1|BG265390
genomic: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAGgtaatttggt ... tcaatttcagGTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATT
EST: TAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAG GTATGCTGCCTTGGCGCCACTCTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGTEST: gi|149074254|gb|EE162627.2|EE162627
genomic: TAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAGgtaatttggt ... tcaatttcagGTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGT
EST: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAG GTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGTEST: gi|149078434|gb|EE167210.2|EE167210
genomic: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAGgtaatttggt ... tcaatttcagGTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGT
EST: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAG GTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGTEST: gi|148970442|gb|EE021292.2|EE021292
genomic: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAGgtaatttggt ... tcaatttcagGTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGT
EST: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAG GTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGTEST: gi|148958503|gb|EC904742.2|EC904742
genomic: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAGgtaatttggt ... tcaatttcagGTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGT
EST: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAG GTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGTEST: gi|78091625|gb|DV519999.1|DV519999
genomic: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAGgtaatttggt ... tcaatttcagGTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGT
EST: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAG GTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGTEST: gi|211329196|gb|FL235165.1|FL235165
genomic: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAGgtaatttggt ... tcaatttcagGTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGT
EST: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAG GTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGTEST: gi|78084796|gb|DV513189.1|DV513189
genomic: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAGgtaatttggt ... tcaatttcagGTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGT
EST: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAG GTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGTEST: gi|40336982|gb|CK371052.1|CK371052
genomic: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAGgtaatttggt ... tcaatttcagGTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGT
EST: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAG GTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGTEST: gi|149094892|gb|EE180470.2|EE180470
genomic: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAGgtaatttggt ... tcaatttcagGTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGT
EST: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAG GTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGTEST: gi|5525847|gb|AI861740.1|AI861740
genomic: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAGgtaatttggt ... tcaatttcagGTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGT
EST: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAG GTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCATTTGTEST: gi|211331355|gb|FL235180.1|FL235180
genomic: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAGgtaatttggt ... tcaatttcagGTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGT
EST: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAG GTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAEST: gi|60336834|gb|DN203807.1|DN203807
genomic: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAGgtaatttggt ... tcaatttcagGTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCA
EST: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAG GTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGTEST: gi|211331359|gb|FL235184.1|FL235184
genomic: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAGgtaatttggt ... tcaatttcagGTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGT
EST: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAG GTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGEST: gi|211331360|gb|FL235185.1|FL235185
genomic: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAGgtaatttggt ... tcaatttcagGTATGCTGCCTTGGCGCCACTTT-ACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTG
EST: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAG GTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGTEST: gi|211329201|gb|FL235170.1|FL235170
genomic: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAGgtaatttggt ... tcaatttcagGTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGT
EST: GATTCAACAATAGTGAAGTYTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAG GTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGTEST: gi|67021249|gb|CO449998.1|CO449998
genomic: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAGgtaatttggt ... tcaatttcagGTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGT
EST: CAACATTATTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAG GTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGTEST: gi|211331364|gb|FL235189.1|FL235189
genomic: CAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAGgtaatttggt ... tcaatttcagGTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGT
EST: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGADATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAG GTATGCTGCCTTGEST: gi|78021899|gb|DV490286.1|DV490286
genomic: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAGgtaatttggt ... tcaatttcagGTATGCTGCCTTG
EST: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAG GTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGTEST: gi|110201225|gb|EC883122.1|EC883122
genomic: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAGgtaatttggt ... tcaatttcagGTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGT
EST: AATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAG GTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGTEST: gi|211329204|gb|FL235173.1|FL235173
genomic: AATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAGgtaatttggt ... tcaatttcagGTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGT
EST: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAG GTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGTEST: gi|211331358|gb|FL235183.1|FL235183
genomic: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAGgtaatttggt ... tcaatttcagGTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGT
EST: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAG GTATGCTGCCTTGGGCGCCACTTTACTACAEST: gi|211329197|gb|FL235166.1|FL235166
genomic: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAGgtaatttggt ... tcaatttcagGTATGCTGCCTTGG-CGCCACTTTACTACA
EST: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAG GTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGTEST: gi|60400505|gb|DN233312.1|DN233312
genomic: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAGgtaatttggt ... tcaatttcagGTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGT
EST: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAG GTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGTEST: gi|149014736|gb|EE044417.2|EE044417
genomic: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAGgtaatttggt ... tcaatttcagGTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGT
EST: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAG GTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGTEST: gi|211329200|gb|FL235169.1|FL235169
genomic: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAGgtaatttggt ... tcaatttcagGTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGT
EST: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAG GTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGTEST: gi|13381875|gb|BG458550.1|BG458550
genomic: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAGgtaatttggt ... tcaatttcagGTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACAGAGGAGCTGCTGCTGCAATTGT
EST: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAG GTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACANNNNNNNNNGCTGCTGCAATTG
genomic: GATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAGgtaatttggt ... tcaatttcagGTATGCTGCCTTGGCGCCACTTTACTACA-GAGGAGCTGCTGCTGCAATTG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTAACTGTTGGCGCATCTTTTTTATCACAAACATTGGCATTGGAGGATTCAACAATAGTGAAGTTTGAAATTTGGGATACTGCTGGGCAAGAGAGgtaatttggtgctgagatcagtacttattttggatacctaattgggatactttgccgcacgtacccacaggatttctgatagtattctttgcacatttgatccatctttctttgcaagcacaacagcacatgcatgtttttgcctgaatcaagagtcatgagaattgagagcttgtcaatttcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA