Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCACGTGCAGTGTCGACTGATGGGCTCCGGCCAGCTTTCTACACAATCAATGGAATGATATATGTCATTCAGgtaatttacgtatttggatttctcactgatgagcttataagagcatgtactagccaaagaacaggccttttttcaccatgtcaatggttcttaaaaggtt...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G171469_T02
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G171469_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os03g02850.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
GCACGTGCAGTGTCGACTGATGGGCTCCGGCCAGCTTTCTACACAATCAATGGAATGATATATGTCATTCAGgtaatttacgtatttggatttctcactgatgagcttataagagcatgtactagccaaa--gaacaggccttttttcaccatgtcaatggttcttaaaaggtt---
||||| ||| |||| |||||||||||| | |||||||| || |||||||||||| || | ||||  || ||||| | ||    ||    |||||| |||| |||   |||||  || | |     | ||     ||| |    |  | | |||| |||| |     ||   |||   
GCACGGGCAATGTCTACTGATGGGCTCAGACCAGCTTTTTATACAATCAATGGAGTGGTCTATGCAATCCAGgtgactttgccatccacatttcttactgttga---tataattgcttctctctacaaactcatacatgaaactcattatcatgacaattggaa--aacttgttact
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78108686|gb|DV527104.1|DV527104
EST:     GGCTCCGGCCAGCTTTCTACACAATCAATGGAATGATATATGTCATTCAG                         ATACTACTGTGGCTGCTCATGTGGTGGAAACCAGTTCAAGCCGTGGTAATT
genomic: GGCTCCGGCCAGCTTTCTACACAATCAATGGAATGATATATGTCATTCAGgtaatttacg ... aaaactccagATACTACTGTGGCTGCTCATGTGGTGGAAACCAGTTCAAGCCGTGGTAATT
EST: gi|149017006|gb|EE045660.2|EE045660
EST:     GGCTCCGGCCAGCTTTCTACACAATCAATGGAATGATATATGTCATTCAG                         ATACTACTGTGGCTGCTCATGTGGTGGAAACCAGTTCAAGCCGTGGTAATT
genomic: GGCTCCGGCCAGCTTTCTACACAATCAATGGAATGATATATGTCATTCAGgtaatttacg ... aaaactccagATACTACTGTGGCTGCTCATGTGGTGGAAACCAGTTCAAGCCGTGGTAATT
EST: gi|91873273|gb|EB403230.1|EB403230
EST:     GGCTCCGGCCAGCTTTCTACACAATCAATGGAATGATATATGTCATTCAG                         ATACTACTGTGGCTGCTCATGTGGTGGAAACCAGTTCAAGCCGTGGTAATT
genomic: GGCTCCGGCCAGCTTTCTACACAATCAATGGAATGATATATGTCATTCAGgtaatttacg ... aaaactccagATACTACTGTGGCTGCTCATGTGGTGGAAACCAGTTCAAGCCGTGGTAATT
EST: gi|78108178|gb|DV526596.1|DV526596
EST:     GGCTCCGGCCAGCTTTCTACACAATCAATGGAATGATATATGTCATTCAG                         ATACTACTGTGGCTGCTCATGTGGTGGAAACCAGTTCAAGCCGTGGTAATT
genomic: GGCTCCGGCCAGCTTTCTACACAATCAATGGAATGATATATGTCATTCAGgtaatttacg ... aaaactccagATACTACTGTGGCTGCTCATGTGGTGGAAACCAGTTCAAGCCGTGGTAATT
EST: gi|71322323|gb|DR797838.1|DR797838
EST:     GGCTCCGGCCAGCTTTCTACACAATCAATGGAATGATATATGTCATTCAG                         ATACTACTGTGGCTGCTCATGTGGTGGAAACCAGTTCAAGCCGTGGTAATT
genomic: GGCTCCGGCCAGCTTTCTACACAATCAATGGAATGATATATGTCATTCAGgtaatttacg ... aaaactccagATACTACTGTGGCTGCTCATGTGGTGGAAACCAGTTCAAGCCGTGGTAATT
EST: gi|74237785|gb|DT645699.1|DT645699
EST:     GGCTCCGGCCAGCTTTCTACACAATCAATGGAATGATATATGTCATTCAG                         ATACTACTGTGGCTGCTCATGTGGTGGAAACCAGTTCAAGCCGTGGTAATT
genomic: GGCTCCGGCCAGCTTTCTACACAATCAATGGAATGATATATGTCATTCAGgtaatttacg ... aaaactccagATACTACTGTGGCTGCTCATGTGGTGGAAACCAGTTCAAGCCGTGGTAATT
EST: gi|76018861|gb|DT946031.1|DT946031
EST:     GGCTCCGGCCAGCTTTCTACACAATCAATGGAATGATATATGTCATTCAG                         ATACTACTGTGGCTGCTCATGTGGTGGAAACCAGTTCAAGCCGTGGTAATT
genomic: GGCTCCGGCCAGCTTTCTACACAATCAATGGAATGATATATGTCATTCAGgtaatttacg ... aaaactccagATACTACTGTGGCTGCTCATGTGGTGGAAACCAGTTCAAGCCGTGGTAATT
EST: gi|5895618|gb|AW036864.1|AW036864
EST:     GGCTCCGGCCAGCTTTCTATACAATCAATGGAATGATCTATGTCATTCAG                         ATACTACTGTGGCTGCTCATGTGGTGGAAACCAGTTCAAGCCGNGGTAATT
genomic: GGCTCCGGCCAGCTTTCTACACAATCAATGGAATGATATATGTCATTCAGgtaatttacg ... aaaactccagATACTACTGTGGCTGCTCATGTGGTGGAAACCAGTTCAAGCCGTGGTAATT
EST: gi|50333507|gb|CO528633.1|CO528633
EST:     GGCTCCGGCCAGCTTTCTACACAATCAATGGAATGATATATGTCATTCAG                         ATACTACTGTGGCTGCTCATGTGGTGGAAACCAGTTCAAGCCGTGGTAATT
genomic: GGCTCCGGCCAGCTTTCTACACAATCAATGGAATGATATATGTCATTCAGgtaatttacg ... aaaactccagATACTACTGTGGCTGCTCATGTGGTGGAAACCAGTTCAAGCCGTGGTAATT
EST: gi|71770532|gb|DR968469.1|DR968469
EST:     GGCTCCGGCCAGCTTTCTACACAATCAATGGAATGATATATGTCATTCAG                         ATACTACTGTGGCTGCTCATGTGGTGGAAACCAGTTCAAGCCGTGGTAATT
genomic: GGCTCCGGCCAGCTTTCTACACAATCAATGGAATGATATATGTCATTCAGgtaatttacg ... aaaactccagATACTACTGTGGCTGCTCATGTGGTGGAAACCAGTTCAAGCCGTGGTAATT
EST: gi|149075806|gb|EE164341.2|EE164341
EST:     GGCTCCGGCCAGCTTTCTACACAATCAATGGAATGATATATGTCATTCAG                         ATACTACTGTGGCTGCTCATGTGGTGGAAACCAGTTCAAGCCGTGGTAATT
genomic: GGCTCCGGCCAGCTTTCTACACAATCAATGGAATGATATATGTCATTCAGgtaatttacg ... aaaactccagATACTACTGTGGCTGCTCATGTGGTGGAAACCAGTTCAAGCCGTGGTAATT