1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
GATAAATCATGGCGTGTTCGTTATATGGTTGCCAATCAATTATATGAGCTCTGTGAGGCTGTTGGCCCTGAGCCTACAAGgtattatttgtcctagctgaattcaacctattattgcagggaaaccatgtgtctgaattcttgagtatcatgtaaacccatagccttttcaaatggattaactgtaaatctctgcttttgggattag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G164352_T04 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GCCAATCAATTATATGAGCTCTGTGAGGCTGTTGGCCCTGAGCCTACAAG AGCTGATTTGGTGCCTGCCTATGTTCGCCTCCTTCGTGATAATGAGGCTGAEST: gi|33091965|gb|CF051959.1|CF051959
genomic: GCCAATCAATTATATGAGCTCTGTGAGGCTGTTGGCCCTGAGCCTACAAGgtattatttg ... ttgggattagAGCTGATTTGGTGCCTGCCTATGTTCGCCTCCTTCGTGATAATGAGGCTGA
EST: GCCAATCAATTATATGAGCTCTGTGAGGCTGTTGGCCCTGAGCCTACAAG AGCTGATTTGGTGCCTGCCTATGTTCGCCTCCTTCGTGATAATGAGGCTGAEST: gi|32940030|gb|CF044849.1|CF044849
genomic: GCCAATCAATTATATGAGCTCTGTGAGGCTGTTGGCCCTGAGCCTACAAGgtattatttg ... ttgggattagAGCTGATTTGGTGCCTGCCTATGTTCGCCTCCTTCGTGATAATGAGGCTGA
EST: GCCAATCAATTATATGAGCTCTGTGAGGCTGTTGGCCCTGAGCCTACAAG AGCTGATTTGGTGCCTGCCTATGTTCGCCTCCTTCGTGATAATGAGGCTGAEST: gi|211403483|gb|FL417168.1|FL417168
genomic: GCCAATCAATTATATGAGCTCTGTGAGGCTGTTGGCCCTGAGCCTACAAGgtattatttg ... ttgggattagAGCTGATTTGGTGCCTGCCTATGTTCGCCTCCTTCGTGATAATGAGGCTGA
EST: GCCAATCAATTATATGAGCTCTGTGAGGCTGTTGGCCCTGAGCCTACAAG AGCTGATTTGGTGCCTGCCTATGTTCGCCTCCTTCGTGATAATGAGGCTGAEST: gi|32938569|gb|CF043388.1|CF043388
genomic: GCCAATCAATTATATGAGCTCTGTGAGGCTGTTGGCCCTGAGCCTACAAGgtattatttg ... ttgggattagAGCTGATTTGGTGCCTGCCTATGTTCGCCTCCTTCGTGATAATGAGGCTGA
EST: GCCAATCAATTATATGAGCTCTGTGAGGCTGTTGGCCCTGAGCCTACAAG AGCTGATTTGGTGCCTGCCTATGTTCGCCTCCTTCGTGATAATGAGGCTGAEST: gi|22935744|gb|BU572019.1|BU572019
genomic: GCCAATCAATTATATGAGCTCTGTGAGGCTGTTGGCCCTGAGCCTACAAGgtattatttg ... ttgggattagAGCTGATTTGGTGCCTGCCTATGTTCGCCTCCTTCGTGATAATGAGGCTGA
EST: GCCAATCAATTATATGAGCTCTGTGAGGCTGTTGGCCCTGAGCCTACAAG AGCTGATTTGGTGCCTGCCTATGTTCGCCTCCTTCGTGATAATGAGGCTGAEST: gi|31349427|gb|CD433784.1|CD433784
genomic: GCCAATCAATTATATGAGCTCTGTGAGGCTGTTGGCCCTGAGCCTACAAGgtattatttg ... ttgggattagAGCTGATTTGGTGCCTGCCTATGTTCGCCTCCTTCGTGATAATGAGGCTGA
EST: GCCAATCAATTATATGAGCTCTGTGAGGCTGTTGGCCCTGAGCCTACAAG AGCTGATTTGGTGCCTGCCTATGTTCGCCTCCTTCGTGATAATGAGGCTGAEST: gi|32847343|gb|CD987024.1|CD987024
genomic: GCCAATCAATTATATGAGCTCTGTGAGGCTGTTGGCCCTGAGCCTACAAGgtattatttg ... ttgggattagAGCTGATTTGGTGCCTGCCTATGTTCGCCTCCTTCGTGATAATGAGGCTGA
EST: GCCAATCAATTATATGAGCTCTGTGAGGCTGTTGGCCCTGAGCCTACAAG AGCTGATTTGGTGCCTGCCTATGTTCGCCTCCTTCGTGATAATGAGGCTGAEST: gi|31356642|gb|CD440999.1|CD440999
genomic: GCCAATCAATTATATGAGCTCTGTGAGGCTGTTGGCCCTGAGCCTACAAGgtattatttg ... ttgggattagAGCTGATTTGGTGCCTGCCTATGTTCGCCTCCTTCGTGATAATGAGGCTGA
EST: GCCAATCAATTATATGAGCTCTGTGAGGCTGTTGGCCCTGAGCCTACAAG AGCTGATTTGGTGCCTGCCTATGTTCGCCTCCTTCGTGATAATGAGGCTGAEST: gi|32829962|gb|CD969640.1|CD969640
genomic: GCCAATCAATTATATGAGCTCTGTGAGGCTGTTGGCCCTGAGCCTACAAGgtattatttg ... ttgggattagAGCTGATTTGGTGCCTGCCTATGTTCGCCTCCTTCGTGATAATGAGGCTGA
EST: GCCAATCAATTATATGAGCTCTGTGAGGCTGTTGGCCCTGAGCCTACAAG AGCTGATTTGGTGCCTGCCTATGTTCGCCTCCTTCGTGATAATGAGGCTGAEST: gi|211315613|gb|FL415838.1|FL415838
genomic: GCCAATCAATTATATGAGCTCTGTGAGGCTGTTGGCCCTGAGCCTACAAGgtattatttg ... ttgggattagAGCTGATTTGGTGCCTGCCTATGTTCGCCTCCTTCGTGATAATGAGGCTGA
EST: GCCAATCAATTATATGAGCTCTGTGAGGCTGTTGGCCCTGAGCCTACAAG AGCTGATTTGGTGCCTGCCTATGTTCGCCTCCTTCGTGATAATGAGGCTGAEST: gi|32851452|gb|CD991133.1|CD991133
genomic: GCCAATCAATTATATGAGCTCTGTGAGGCTGTTGGCCCTGAGCCTACAAGgtattatttg ... ttgggattagAGCTGATTTGGTGCCTGCCTATGTTCGCCTCCTTCGTGATAATGAGGCTGA
EST: GCCAATCAATTATATGAGCTCTGTGAGGCTGTTGGCCCTGAGCCTACAAG AGCTGATTTGGTGCCTGCCTATGTTCGCCTCCTTCGTGATAATGAGGCTGAEST: gi|31355734|gb|CD440091.1|CD440091
genomic: GCCAATCAATTATATGAGCTCTGTGAGGCTGTTGGCCCTGAGCCTACAAGgtattatttg ... ttgggattagAGCTGATTTGGTGCCTGCCTATGTTCGCCTCCTTCGTGATAATGAGGCTGA
EST: GCCAATCAATTATATGAGCTCTGTGAGGCTGTTGGCCCTGAGCCTACAAG AGCTGATTTGGTGCCTGCCTATGTTCGCCTCCTTCGTGATAATGAGGCTGA
genomic: GCCAATCAATTATATGAGCTCTGTGAGGCTGTTGGCCCTGAGCCTACAAGgtattatttg ... ttgggattagAGCTGATTTGGTGCCTGCCTATGTTCGCCTCCTTCGTGATAATGAGGCTGA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GATAAATCATGGCGTGTTCGTTATATGGTTGCCAATCAATTATATGAGCTCTGTGAGGCTGTTGGCCCTGAGCCTACAAGgtattatttgtcctagctgaattcaacctattattgcagggaaaccatgtgtctgaattcttgagtatcatgtaaacccatagccttttcaaatggattaactgtaaatctctgcttttgggattag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT