Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTAGATGTGCCCTTGGATGCTCTTGCTAGGCGCATTGCTAAAGTGGGAACCGCTTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCGTCCGGTGATCCATACACAATGgtagctacttattctttcatgctcgtgaaacggaattgtttcttcattctatttggacaaagaactgctcatagatccacttgagccttgaagccctatcctggattccagtcctttacttgtggtagcaaatgctcagacttcttatgctagttctaatatggatcactcactgggttccttatttgttatag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G161566_T03
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G161566_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os02g51410.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
GTTAGATGTGCCCTTGGATGCTCTTGCTAGGCGCATTGCTAAAGTGGGAACCGCTTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCGTCCGGTGATCCATACACAATGgtagctacttattctttcatgctcgtgaaacggaattgtttcttcattctatttggacaaagaactgctcatagatccacttgagccttgaagccctatcctggattccagtcctttacttgtggtagcaaatgctcagacttcttatgctagttctaatatggatcactcactgggttccttatttgttatag
||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || || || ||||||||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||  ||||||   |  | |   |  ||  | | |    | |    ||  |||||    |   |  |  | | |  |  | |    |  |  || |  || |   ||||                                                                                      
GTTGGATGTGCCCTTGGACGCTCTTGCTAGGCGTATTGCTAAAGTGGGGACTGCCTCCCGTCCTCTTCTAGATCAACCATCTGGTGATCCATACACAATGgtgactacttggcccatga-atttatgccatgcatgaatatg---atattatttcag-atgtatttttttaaatttttaatcagtcaatataggctcattc---attc--------------------------------------------------------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|13237004|gb|BG355018.1|BG355018
EST:     CCGCTTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCGTCCGGTGATCCATACACAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCAGAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CCGCTTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCGTCCGGTGATCCATACACAATGgtagctactt ... tttgttatagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCAGAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|5343250|gb|AI795555.1|AI795555
EST:     CCGCTTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCGTCCGGTGATCCATACACAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCAGAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CCGCTTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCGTCCGGTGATCCATACACAATGgtagctactt ... tttgttatagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCAGAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|211205927|gb|FL457759.1|FL457759
EST:     CCGCTTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCGTCCGGTGATCCATACACAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCAGAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CCGCTTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCGTCCGGTGATCCATACACAATGgtagctactt ... tttgttatagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCAGAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|24934599|gb|CA452817.1|CA452817
EST:     CCGCTTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCGTCCGGTGATCCATACACAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCAGAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CCGCTTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCGTCCGGTGATCCATACACAATGgtagctactt ... tttgttatagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCAGAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|37392587|gb|CF633545.1|CF633545
EST:     CCGCTTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCGTCCGGTGATCCATACACAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCAGAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CCGCTTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCGTCCGGTGATCCATACACAATGgtagctactt ... tttgttatagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCAGAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|30087805|gb|CB886011.1|CB886011
EST:     CCGCTTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCGTCCGGTGATCCATACACAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCAGAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CCGCTTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCGTCCGGTGATCCATACACAATGgtagctactt ... tttgttatagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCAGAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|32164833|gb|CD670151.1|CD670151
EST:     CCGCTTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCGTCCGGTGATCCATACACAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCAGAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CCGCTTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCGTCCGGTGATCCATACACAATGgtagctactt ... tttgttatagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCAGAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|32928190|gb|CF033002.1|CF033002
EST:     CCGCTTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCGTCCGGTGATCCATACACAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCAGAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CCGCTTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCGTCCGGTGATCCATACACAATGgtagctactt ... tttgttatagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCAGAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|60400163|gb|DN232970.1|DN232970
EST:     CCGCTTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCGTCCGGTGATCCATACACAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCAGAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CCGCTTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCGTCCGGTGATCCATACACAATGgtagctactt ... tttgttatagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCAGAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|56461974|gb|CK986272.1|CK986272
EST:     CCGCTTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCGTCCGGTGATCCATACACAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCAGAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CCGCTTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCGTCCGGTGATCCATACACAATGgtagctactt ... tttgttatagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCAGAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|211413645|gb|FL414540.1|FL414540
EST:     GGTGATCCATACACAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCAGAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: GGTGATCCATACACAATGgtagctactt ... tttgttatagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCAGAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|37398941|gb|CF636791.1|CF636791
EST:     CCGCTTCTCGTCCTCTTTTGGACCAACCGTCCGGTGATCCATACACAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCAGAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CCGCTTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCGTCCGGTGATCCATACACAATGgtagctactt ... tttgttatagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCAGAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|211307747|gb|FL198214.1|FL198214
EST:     CCGCTTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCGTCCGGTGATCCATACACAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCAGAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CCGCTTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCGTCCGGTGATCCATACACAATGgtagctactt ... tttgttatagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCAGAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|60342476|gb|DN209449.1|DN209449
EST:     CCGCTTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCGTCCGGTGATCCATACACAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCAGAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CCGCTTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCGTCCGGTGATCCATACACAATGgtagctactt ... tttgttatagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCAGAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|16378271|gb|BI992362.1|BI992362
EST:     CCGCTTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCGTCCGGTGATCCATACACAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCAGAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CCGCTTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCGTCCGGTGATCCATACACAATGgtagctactt ... tttgttatagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCAGAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|213191774|gb|FM182092.1|FM182092
EST:     CCGCTTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCGTCCGGTGATCCATACACAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCAGAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CCGCTTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCGTCCGGTGATCCATACACAATGgtagctactt ... tttgttatagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCAGAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|60395600|gb|DN228470.1|DN228470
EST:     CCGCTTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCGTCCGGTGATCCATACACAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCAGAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CCGCTTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCGTCCGGTGATCCATACACAATGgtagctactt ... tttgttatagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCAGAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|44900819|gb|CK827364.1|CK827364
EST:     CCGCTTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCGTCCGGTGATCCATACACAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCAGAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CCGCTTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCGTCCGGTGATCCATACACAATGgtagctactt ... tttgttatagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCAGAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|60394746|gb|DN227616.1|DN227616
EST:     CCGCTTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCGTCCGGTGATCCATACACAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCAGAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CCGCTTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCGTCCGGTGATCCATACACAATGgtagctactt ... tttgttatagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCAGAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|60355769|gb|DN222742.1|DN222742
EST:     CCGCTTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCGTCCGGTGATCCATACACAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCAGAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CCGCTTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCGTCCGGTGATCCATACACAATGgtagctactt ... tttgttatagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCAGAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA