Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAGgtatttacacttaatttcccctactcttctgttactcatttttctttagcttttcagaggtcattttcatgtccctgatgcaatttatcgtataccag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G160569_T02
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G160569_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os07g44070.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
GCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAGgtatttacacttaatttcccctactcttctgttactcatttttctttagcttttcagaggtcattttcatgtccctgatgcaatttatcgtataccag
 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||| | |||||||| |||||| | |  |||     || |  ||  ||   |  || ||   |||| |  |||  ||  | ||||   | ||| ||   ||| | |   | ||||||
TCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGTATTTGGCAGGCTGCTATGGATGATCTGATGGCCCAAGGAATGAGATATGCTAACCAGgtactgatcctt-----ccacagctaatcatgttttctttagccttttggattttggaaataatttatgtttccttgccacaactcaat-tctaccag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|76020752|gb|DT947922.1|DT947922
EST:     AGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAG                         GCCCTTCTTTCTGGATGCTCTGCCGGTGGTGTTTCTACCATAC
genomic: AGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAGgtatttacac ... cgtataccagGCCCTTCTTTCTGGATGCTCTGCCGGTGGTGTTTCTACCATAC
EST: gi|67013089|gb|CO441838.1|CO441838
EST:     AAGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAG                         GCCCTTCTTTCTGGATGCTCTGCCGGTGGTGTTTCTACCATACTTCACTGT
genomic: AGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAGgtatttacac ... cgtataccagGCCCTTCTTTCTGGATGCTCTGCCGGTGGTGTTTCTACCATACTTCACTGT
EST: gi|149110301|gb|EE190341.2|EE190341
EST:     AGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAG                         GCCCTTCTTTCTGGATGCTCTGCCGGTGGTGTTTCTACCATACTTCACTGT
genomic: AGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAGgtatttacac ... cgtataccagGCCCTTCTTTCTGGATGCTCTGCCGGTGGTGTTTCTACCATACTTCACTGT
EST: gi|67018103|gb|CO446852.1|CO446852
EST:     AGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAG                         GCCCTTCTTTCTGGATGCTCTGCCGGTGGTGTTTCTACCATACTTCACTGT
genomic: AGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAGgtatttacac ... cgtataccagGCCCTTCTTTCTGGATGCTCTGCCGGTGGTGTTTCTACCATACTTCACTGT
EST: gi|76932741|gb|DV173142.1|DV173142
EST:     AGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAG                         GCCCTTCTTTCTGGATGCTCTGCCGGTGGTGTTTCTACCATACTTCACTGT
genomic: AGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAGgtatttacac ... cgtataccagGCCCTTCTTTCTGGATGCTCTGCCGGTGGTGTTTCTACCATACTTCACTGT
EST: gi|149014463|gb|EE044079.2|EE044079
EST:     AGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAG                         GCCCTTCTTTCTGGATGCTCTGCCGGTGGTGTTTCTACCGTACTTCACTGT
genomic: AGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAGgtatttacac ... cgtataccagGCCCTTCTTTCTGGATGCTCTGCCGGTGGTGTTTCTACCATACTTCACTGT
EST: gi|148980469|gb|EE027156.2|EE027156
EST:     AGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAG                         GCCCTTCTTTCTGGATGCTCTGCCGGTGGTGTTTCTACCATACTTCACTGT
genomic: AGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAGgtatttacac ... cgtataccagGCCCTTCTTTCTGGATGCTCTGCCGGTGGTGTTTCTACCATACTTCACTGT
EST: gi|31356050|gb|CD440407.1|CD440407
EST:     AGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAG                         GCCCTTCTTTCTGGATGCTCTGCCGGTGGTGTTTCTACCATACTTCACTGT
genomic: AGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAGgtatttacac ... cgtataccagGCCCTTCTTTCTGGATGCTCTGCCGGTGGTGTTTCTACCATACTTCACTGT
EST: gi|93016717|gb|EB642237.1|EB642237
EST:     AGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAG                         GCCCTTCTTTCTGGATGCTCTGCCGGTGGTGTTTCTACCATACTTCACTGT
genomic: AGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAGgtatttacac ... cgtataccagGCCCTTCTTTCTGGATGCTCTGCCGGTGGTGTTTCTACCATACTTCACTGT
EST: gi|50332178|gb|CO527304.1|CO527304
EST:     AGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAG                         GCCCTTCTTTCTGGATGCTCTGCCGGTGGTGTTTCTACCATACTTCACTGT
genomic: AGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAGgtatttacac ... cgtataccagGCCCTTCTTTCTGGATGCTCTGCCGGTGGTGTTTCTACCATACTTCACTGT
EST: gi|149066716|gb|EE286857.2|EE286857
EST:     AGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAG                         GCCCTTCTTTCTGGATGCTCTGCCGGTGGTGTTTCTACCATACTTCACTGT
genomic: AGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAGgtatttacac ... cgtataccagGCCCTTCTTTCTGGATGCTCTGCCGGTGGTGTTTCTACCATACTTCACTGT
EST: gi|149085225|gb|EE174733.2|EE174733
EST:     AGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAG                         GCCCTTCTTTCTGGATGCTCTGCCGGTGGTGTTTCTACCATACTTCACTGT
genomic: AGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAGgtatttacac ... cgtataccagGCCCTTCTTTCTGGATGCTCTGCCGGTGGTGTTTCTACCATACTTCACTGT
EST: gi|148953388|gb|EE152882.2|EE152882
EST:     AGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAG                         GCCCTTCTTTCTGGATGCTCTGCCGGTGGTGTTTCTACCATACTTCACTGT
genomic: AGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAGgtatttacac ... cgtataccagGCCCTTCTTTCTGGATGCTCTGCCGGTGGTGTTTCTACCATACTTCACTGT
EST: gi|149028342|gb|EE286117.2|EE286117
EST:     AGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAG                         GCCCTTCTTTCTGGATGCTCTGCCGGTGGTGTTTCTACCATACTTCACTGT
genomic: AGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAGgtatttacac ... cgtataccagGCCCTTCTTTCTGGATGCTCTGCCGGTGGTGTTTCTACCATACTTCACTGT
EST: gi|149101142|gb|EE187250.2|EE187250
EST:     AGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAG                         GCCCTTCTTTCTGGATGCTCTGCCGGTGGTGTTTCTACCATACTTCACTGT
genomic: AGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAGgtatttacac ... cgtataccagGCCCTTCTTTCTGGATGCTCTGCCGGTGGTGTTTCTACCATACTTCACTGT
EST: gi|78075695|gb|DV504129.1|DV504129
EST:     AGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAG                         GCCCTTCTTTCTGGATGCTCTGCCGGTGGTGTTTCTACCATACTTCACTGT
genomic: AGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAGgtatttacac ... cgtataccagGCCCTTCTTTCTGGATGCTCTGCCGGTGGTGTTTCTACCATACTTCACTGT
EST: gi|32837541|gb|CD977219.1|CD977219
EST:     AGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAG                         GCCCTTCTTTCTGGATGCTCTGCCGGTGGTGTTTCTACCATACTTCACTGT
genomic: AGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAGgtatttacac ... cgtataccagGCCCTTCTTTCTGGATGCTCTGCCGGTGGTGTTTCTACCATACTTCACTGT
EST: gi|149009227|gb|EE041332.2|EE041332
EST:     AGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAG                         GCCCTTCTTTCTGGATGCTCTGCCGGTGGTGTTTCTACCATACTTCACTGT
genomic: AGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAGgtatttacac ... cgtataccagGCCCTTCTTTCTGGATGCTCTGCCGGTGGTGTTTCTACCATACTTCACTGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 87

GCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAGgtatttacac ... cgtataccagGCCCTTCTTTCTGGATGCTCTGCCGGTGGTGTTTCTACCATACTTCACTGTGATGAATTCCATGGATTGTTTCCCTCGAATACCAGAGTCAAATGCCTAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 149

GCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAGgtatttacac ... cgtataccagGCCCTTCTTTCTGGATGCTCTGCCGGTGGTGTTTCTACCATACTTCACTGTGATGAATTCCATGGATTGTTTCCCTCGAATACCAGAGTCAAATGCCTAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 95

GCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAGgtatttacac ... cgtataccagGCCCTTCTTTCTGGATGCTCTGCCGGTGGTGTTTCTACCATACTTCACTGTGATGAATTCCATGGATTGTTTCCCTCGAATACCAGAGTCAAATGCCTAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 205

GCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAGgtatttacac ... cgtataccagGCCCTTCTTTCTGGATGCTCTGCCGGTGGTGTTTCTACCATACTTCACTGTGATGAATTCCATGGATTGTTTCCCTCGAATACCAGAGTCAAATGCCTAG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCTGCAGGCCTTTATTTCCGAGGTCAGCGCATTTGGCAGGCCGCTATGGATGACCTAATGGCCCAAGGAATGCGTTATGCTAATCAGgtatttacacttaatttcccctactcttctgttactcatttttctttagcttttcagaggtcattttcatgtccctgatgcaatttatcgtataccag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA