Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTGCCATTCCTTCAAGCGTCGTGGTTCTGACTTCAGAGACCTTTGACTCAATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatcatgttcaacttatgtccacctaaattatttccatctcgctactttactgaaattgaactgcattgttgacccttctgtttacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G159369_T02
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G159369_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os05g06430.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
CTGCCATTCCTTCAAGCGTCGTGGTTCTGACTTCAGAGACCTTTGACTCAATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatcatgttcaacttat-gtccacctaaattatttccatctcgctactttactgaaattgaactgcattgttgacccttctgtttacag
||||  ||||||| || ||||||||||| ||  |||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||  | ||| ||| ||| | | | || || | ||  | |||  |||  |||   | | |||| || |  |   | | ||   |||   ||| |||
CTGCAGTTCCTTCTAGTGTCGTGGTTCTTACCCCAGAGACCTTCGACTCTGTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctattatgatcagcctgttgttcatcaaaccttttt--atcatgctgtatcaatgaatttaattttgttggatgctgctttgttttgcag

upper sequence: GRMZM2G159369_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA06G24520.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
CTGCCATTCCTTCAAGCGTCGTGGTTCTGACTTCAGAGACCTTTGACTCAATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgt--tggtta-tcatgttcaacttatgtccacctaaattatttccatctcgctactttactgaaattgaactgcattgttgacccttctgtttacag----------------------------------------------------------------
|| |   |||||| |  || ||||| || || || || |  ||| |     ||||| | |||||||||||||||||| | |||||||||||||| || ||||  ||  || | || |||   || | || |  |   || | | ||  ||      |   |   | | || |   ||| | |  |||   ||||||                                                                 
CTACAGCTCCTTCCAATGTAGTGGTGCTTACATCTGAAAATTTTAATGAGGTTGTCTTAGATGAAACCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCCTGgtactgactaataattttcgtattgtttctattt---ttgtcttcaattcatgttgtggtttggactaaaat---ttggtaaaacttagttttacattacacactaaatattgtgaaaacactcatactgctagatctaataaattttgtgattctgttag

upper sequence: GRMZM2G159369_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA01G25050.1 (Glycine max), 5'ss of exon 12
CTGCCATTCCTTCAAGCGTCGTGGTTCTGACTTCAGAGACCTTTGACTCAATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgt--tggtta-tcatgttcaacttatgtccacctaaattatttccatctcgctactttactgaaattgaactgcattgttgacccttctgtttacag----------------------------------------------------------------
|| |   |||||| |  || ||||| || || || || |  ||| |     ||||| | |||||||||||||||||| | |||||||||||||| || ||||  ||  || | || |||   || | || |  |   || | | ||  ||      |   |   | | || |   ||| | |  |||   ||||||                                                                 
CTACAGCTCCTTCCAATGTAGTGGTGCTTACATCTGAAAATTTTAATGAGGTTGTCTTAGATGAAACCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCCTGgtactgactaataattttcgtattgtttctattt---ttgtcttcaattcatgttgtggtttggactaaaat---ttggtaaaacttagttttacattacacactgaatattgtgaaaacactcatactgctagatctaataaattttgtgattttgctag

upper sequence: GRMZM2G159369_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA02G01750.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
CTGCCATTCCTTCAAGCGTCGTGGTTCTGACTTCAGAGACCTTTGACTCAATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgt--tggtta-tcatgttcaacttatgtccacctaaattatttccatctcgctactttactgaaattgaactgcattgttgacccttctgtttacag----------------------------------------------------------------
|| |   |||||| |  || ||||| || || || || |  ||| |     ||||| | |||||||||||||||||| | |||||||||||||| || ||||  ||  || | || |||   || | || |  |   || | | ||  ||      |   |   | | || |   ||| | |  |||   ||||||                                                                 
CTACAGCTCCTTCCAATGTAGTGGTGCTTACATCTGAAAATTTTAATGAGGTTGTCTTAGATGAAACCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCCTGgtactgactaataattttcgtattgtttctattt---ttgtcttcaattcatgttgtggtttggactaaaat---ttggtaaaacttagttttacattacacactgagtattgtgaaaacactcatactgctagatctaataaattttgtgattctgctag

upper sequence: GRMZM2G159369_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA10G01820.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
CTGCCATTCCTTCAAGCGTCGTGGTTCTGACTTCAGAGACCTTTGACTCAATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgt--tggtta-tcatgttcaacttatgtccacctaaat---tatttccatctcgct---actttactgaaattgaact-gcattgttgacccttctgtttacag-----------------------------------------
|| |  ||||||| |  || ||||| || ||  | || |  ||| |     ||||| | |||||| ||||||||||| | |||||||||||||| |||||||  ||   | | || ||    || | || |  |  ||   |||||   | | |     | |||  | ||| | |  |  |||||   ||  |  |||  | |                                          
CTACAGTTCCTTCCAATGTAGTGGTGCTAACACCTGAAAATTTTAATGAGGTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATGgtactgaccaataatttttgtattgtttctatttttatctttattttgttttggactaaaatttggtaaaacttagtttacattgcacactgtattgtgaaaacactcataccgctagatctaataaattttgggattctgctag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22819386|gb|BU499476.1|BU499476
EST:     ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG                         GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: gi|148935523|gb|EC879564.2|EC879564
EST:     ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG                         GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: gi|24763723|gb|CA398894.1|CA398894
EST:     ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG                         GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: gi|32837026|gb|CD976704.1|CD976704
EST:     ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG                         GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: gi|21891538|gb|BQ744751.1|BQ744751
EST:     ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG                         GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: gi|32858375|gb|CD998056.1|CD998056
EST:     ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG                         GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: gi|9254368|gb|BE344836.1|BE344836
EST:     ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG                         GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: gi|88755206|gb|DY539347.1|DY539347
EST:     ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG                         GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: gi|111145784|gb|EE258169.1|EE258169
EST:     ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG                         GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTTGCTCCG
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTT-GCTCCG
EST: gi|33285626|gb|CF075421.1|CF075421
EST:     ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG                         GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: gi|211334955|gb|FK966344.1|FK966344
EST:     ATTGTCCTTGATGAAAC-AAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG                         GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: gi|31360143|gb|CD444500.1|CD444500
EST:     ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG                         GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: gi|20507142|gb|BQ279504.1|BQ279504
EST:     ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG                         GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: gi|26457090|gb|CA828673.1|CA828673
EST:     ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG                         GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: gi|6994161|gb|AW453375.1|AW453375
EST:     ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG                         GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: gi|32864543|gb|CF004225.1|CF004225
EST:     ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG                         GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: gi|22935460|gb|BU571735.1|BU571735
EST:     ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG                         GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: gi|211001445|gb|FL439450.1|FL439450
EST:     ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG                         GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTGCCATTCCTTCAAGCGTCGTGGTTCTGACTTCAGAGACCTTTGACTCAATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatcatgttcaacttatgtccacctaaattatttccatctcgctactttactgaaattgaactgcattgttgacccttctgtttacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGATG