1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
CTGCCATTCCTTCAAGCGTCGTGGTTCTGACTTCAGAGACCTTTGACTCAATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatcatgttcaacttatgtccacctaaattatttccatctcgctactttactgaaattgaactgcattgttgacccttctgtttacag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G159369_T01 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|32847846|gb|CD987527.1|CD987527
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|32837026|gb|CD976704.1|CD976704
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|148929737|gb|EC876638.2|EC876638
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|32849063|gb|CD988744.1|CD988744
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|24934298|gb|CA452516.1|CA452516
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|20507142|gb|BQ279504.1|BQ279504
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|74239675|gb|DT647589.1|DT647589
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|28575999|gb|CB281891.1|CB281891
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|32858375|gb|CD998056.1|CD998056
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|9254368|gb|BE344836.1|BE344836
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|88755206|gb|DY539347.1|DY539347
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|5922104|gb|AW055498.1|AW055498
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|32848046|gb|CD987727.1|CD987727
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|111145784|gb|EE258169.1|EE258169
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTTGCTCCGEST: gi|71445959|gb|DR827009.1|DR827009
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTT-GCTCCG
EST: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCGAGCATCTTGCTCCGEST: gi|31355506|gb|CD439863.1|CD439863
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: TTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|148961930|gb|EE012722.2|EE012722
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|31360143|gb|CD444500.1|CD444500
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|211334955|gb|FK966344.1|FK966344
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: ATTGTCCTTGATGAAAC-AAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|6994161|gb|AW453375.1|AW453375
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|71326461|gb|DR799910.1|DR799910
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|32933996|gb|CF038808.1|CF038808
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|26457090|gb|CA828673.1|CA828673
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|32846747|gb|CD986428.1|CD986428
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|148929195|gb|EC874742.2|EC874742
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|33285626|gb|CF075421.1|CF075421
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|211001445|gb|FL439450.1|FL439450
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|24763723|gb|CA398894.1|CA398894
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|211497907|gb|FK991939.1|FK991939
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: GAGTTTTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|149096330|gb|EE182049.2|EE182049
genomic: GAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|149044453|gb|EE047574.2|EE047574
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|32849041|gb|CD988722.1|CD988722
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|32864543|gb|CF004225.1|CF004225
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|78084675|gb|DV513068.1|DV513068
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|32846337|gb|CD986018.1|CD986018
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|40336546|gb|CK370616.1|CK370616
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|33101223|gb|CF061183.1|CF061183
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|22935460|gb|BU571735.1|BU571735
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|37393543|gb|CF634037.1|CF634037
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: TGAGTTTTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|21891538|gb|BQ744751.1|BQ744751
genomic: TGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|148955860|gb|EC901555.2|EC901555
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|213192265|gb|FM195988.1|FM195988
genomic: ATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: GTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCACG GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: GTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatc ... ctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CTGCCATTCCTTCAAGCGTCGTGGTTCTGACTTCAGAGACCTTTGACTCAATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatcatgttcaacttatgtccacctaaattatttccatctcgctactttactgaaattgaactgcattgttgacccttctgtttacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG