Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCTGGAACATAAGCGATTGGGAGAGAATTGGGTACAAAAGACTTCTGGGGAAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATTgtgagtggatgaaatacttctacttctggtagtggcaaagtactgcagttgtacgagccatttagcatttctaggaacatctacacctgccaattttggg...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G158489_T01
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G158489_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os07g09000.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
TCTGGAACATAAGCGATTGGGAGAGAATTGGGTACAAAAGACTTCTGGGGAAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATTgtgagtggatgaaatacttctacttctggtagtggcaaagtactgcagttgtacgagccatttagcatttctaggaacatctacacctgccaattttggg-------
||||||||||||| || |||    ||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||  ||  ||      ||||  || |  |  || | |    ||  | ||  |  |  || |||||||||||||||| ||||    | |||||   |       
TCTGGAACATAAGTGACTGGAGTCGAATTGGATACAAGAGACTTCTGGGAAAACCTATCTCCACACTTTCAGTTAGCATGGATGGGAAGTATCTGGCTTTgtaagtacatataaa-----tactgttgatcttatcatactga-acaagtatataactccatt-gcatttctaggaacatttacaatgccaaatttcaagactaaca
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149105792|gb|EE291382.2|EE291382
EST:     AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATT                         AGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
genomic: AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATTgtgagtggat ... tttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
EST: gi|211501284|gb|FL248092.1|FL248092
EST:     AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATT                         AGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
genomic: AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATTgtgagtggat ... tttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
EST: gi|32837118|gb|CD976796.1|CD976796
EST:     AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGAAAGTATCTGGCATT                         AGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
genomic: AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATTgtgagtggat ... tttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
EST: gi|76010774|gb|DT937944.1|DT937944
EST:     AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATT                         AGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
genomic: AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATTgtgagtggat ... tttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
EST: gi|32912764|gb|CF017576.1|CF017576
EST:     AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATT                         AGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAA
genomic: AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATTgtgagtggat ... tttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAA
EST: gi|89760375|gb|DY688809.1|DY688809
EST:     AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATT                         AGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
genomic: AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATTgtgagtggat ... tttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
EST: gi|211501285|gb|FL248093.1|FL248093
EST:     AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATT                         AGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
genomic: AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATTgtgagtggat ... tttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
EST: gi|78079988|gb|DV508400.1|DV508400
EST:     AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATT                         AGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
genomic: AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATTgtgagtggat ... tttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
EST: gi|6021240|gb|AW066168.1|AW066168
EST:     AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATT                         AGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
genomic: AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATTgtgagtggat ... tttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
EST: gi|93017687|gb|EB643207.1|EB643207
EST:     GGATGGGAAGTATCTGGCATT                         AGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAAGGGAAGT
genomic: GGATGGGAAGTATCTGGCATTgtgagtggat ... tttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
EST: gi|86474634|gb|DY241004.1|DY241004
EST:     AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATT                         AGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
genomic: AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATTgtgagtggat ... tttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
EST: gi|78115282|gb|DV533670.1|DV533670
EST:     AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATT                         AGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
genomic: AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATTgtgagtggat ... tttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
EST: gi|76287602|gb|DV027170.1|DV027170
EST:     AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATT                         AGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
genomic: AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATTgtgagtggat ... tttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
EST: gi|16921161|gb|BM075014.1|BM075014
EST:     GAAGTATCTGGCATT                         AGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
genomic: GAAGTATCTGGCATTgtgagtggat ... tttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
EST: gi|91053037|gb|EB163455.1|EB163455
EST:     AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATT                         AGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
genomic: AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATTgtgagtggat ... tttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
EST: gi|74237401|gb|DT645315.1|DT645315
EST:     AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATT                         AGGAAGCCACGATGGTGACTTTTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
genomic: AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATTgtgagtggat ... tttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
EST: gi|86470686|gb|DY237056.1|DY237056
EST:     AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATT                         AGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
genomic: AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATTgtgagtggat ... tttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
EST: gi|74236583|gb|DT644497.1|DT644497
EST:     AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATT                         AGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
genomic: AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATTgtgagtggat ... tttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
EST: gi|88748364|gb|DY532505.1|DY532505
EST:     AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATT                         AGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
genomic: AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATTgtgagtggat ... tttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
EST: gi|32938162|gb|CF042981.1|CF042981
EST:     AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATT                         AGGAAGCCACGATGGAGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
genomic: AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATTgtgagtggat ... tttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
EST: gi|6445478|gb|AW179396.1|AW179396
EST:     ATGGGAAGTATCTGGCATT                         AGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
genomic: ATGGGAAGTATCTGGCATTgtgagtggat ... tttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
EST: gi|76020754|gb|DT947924.1|DT947924
EST:     AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATTTGGCATT                         AGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
genomic: AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATTgtgagtggat ... tttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT