Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATGgtatgcaaatgaccttggtactatttatcagtttgtgagataaagattgttctgtaaatttggcatatgttttcacatttcatgccccgagctgattgca...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G158261_T02
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G158261_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os03g17920.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
GGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATGgtatgcaaa-tgaccttggtactatttatcagtttgtgagataaagattgttctgtaaatttggcatatgttttcacatttca-tgccccgagctgatt-gca
||| || |||||||||||||||||||| || || ||||||||||| || || ||  |||| || || ||||| || |||||||||||||||||||| ||| |||   |  ||   ||  | ||| |||| |  |||   | ||  |  | ||      || |||   | ||| |     || |||||||| || 
GGAGGGTTCTAAGTTGGTATATCATCGCTTACCATGGCAGGAGCCCTTCGCACCACATTTACTTGATGTGCTTTATGAGGATGATGACATGgtatgtaaaatgaaaataatatccttgctaagtatgtgtggcaaa--cttttaggacatttctttccatctttcggcgttttaacaatcctagctgattcgc-
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211188055|gb|FK976790.1|FK976790
EST:     AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATG                         GTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTGCCTAAAGGACTGTTT
genomic: AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATGgtatgcaaat ... gttttgtcagGTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTGCCTAAAGGACTGTTT
EST: gi|33942227|gb|CF348827.1|CF348827
EST:     AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATG                         GTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTGCCTAAAGGACTGTTT
genomic: AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATGgtatgcaaat ... gttttgtcagGTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTGCCTAAAGGACTGTTT
EST: gi|211188058|gb|FK976793.1|FK976793
EST:     AGCCATTTGCGCCTTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATG                         GTTGCCCTTAATAAGCC
genomic: AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATGgtatgcaaat ... gttttgtcagGTTGCCCTTAATAAGCC
EST: gi|211185662|gb|FK976786.1|FK976786
EST:     AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATG                         GTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTGCCTAAAGGACTGTTT
genomic: AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATGgtatgcaaat ... gttttgtcagGTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTGCCTAAAGGACTGTTT
EST: gi|211185663|gb|FK976787.1|FK976787
EST:     AGC-ATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATG                         GTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTGCCTAAAGGACTGTTT
genomic: AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATGgtatgcaaat ... gttttgtcagGTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTGCCTAAAGGACTGTTT
EST: gi|50333301|gb|CO528427.1|CO528427
EST:     AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATG                         GTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTGCCTAAAGGACTGTTT
genomic: AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATGgtatgcaaat ... gttttgtcagGTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTGCCTAAAGGACTGTTT
EST: gi|211185661|gb|FK976785.1|FK976785
EST:     AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATG                         GTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTGCCTAA
genomic: AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATGgtatgcaaat ... gttttgtcagGTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTGCCTAA
EST: gi|5268759|gb|AI770723.1|AI770723
EST:     AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATG                         GTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTGCCTAAAGGACTGTTT
genomic: AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATGgtatgcaaat ... gttttgtcagGTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTGCCTAAAGGACTGTTT
EST: gi|211185658|gb|FK976782.1|FK976782
EST:     AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATG                         GTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTGCCTAAAGGACTGTTT
genomic: AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATGgtatgcaaat ... gttttgtcagGTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTGCCTAAAGGACTGTTT
EST: gi|211185656|gb|FK976780.1|FK976780
EST:     AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATG                         GTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTGCCTAAAGGACTGTTT
genomic: AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATGgtatgcaaat ... gttttgtcagGTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTGCCTAAAGGACTGTTT
EST: gi|211185660|gb|FK976784.1|FK976784
EST:     AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATG                         GTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTGCCTAAAGGACTGTTT
genomic: AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATGgtatgcaaat ... gttttgtcagGTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTGCCTAAAGGACTGTTT
EST: gi|211185657|gb|FK976781.1|FK976781
EST:     AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATG                         GTTGCCCTTAATAAGCCTTCTG
genomic: AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATGgtatgcaaat ... gttttgtcagGTTGCCCTTAATAAGCCTTCTG
EST: gi|211183259|gb|FK976773.1|FK976773
EST:     AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATG                         GTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTGCCTAAAGGACTGTTT
genomic: AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATGgtatgcaaat ... gttttgtcagGTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTGCCTAAAGGACTGTTT
EST: gi|211188059|gb|FK976794.1|FK976794
EST:     AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATG                         GTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTGCCTAAAGGACTGTTT
genomic: AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATGgtatgcaaat ... gttttgtcagGTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTGCCTAAAGGACTGTTT
EST: gi|211185650|gb|FK976774.1|FK976774
EST:     AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATG                         GTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTGCCTAAAAGGACTGTT
genomic: AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATGgtatgcaaat ... gttttgtcagGTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTGCCTAAA-GGACTGTT
EST: gi|211185652|gb|FK976776.1|FK976776
EST:     AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATG                         GTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTGCCTAAAGGACTGTTT
genomic: AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATGgtatgcaaat ... gttttgtcagGTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTGCCTAAAGGACTGTTT
EST: gi|211185651|gb|FK976775.1|FK976775
EST:     AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATG                         GTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGG
genomic: AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATGgtatgcaaat ... gttttgtcagGTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGG
EST: gi|211185654|gb|FK976778.1|FK976778
EST:     AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGAYGACATG                         GTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTGCCTAAAGGACTGTTT
genomic: AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATGgtatgcaaat ... gttttgtcagGTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTGCCTAAAGGACTGTTT
EST: gi|76293168|gb|DV032736.1|DV032736
EST:     AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATG                         GTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTGCCTAAAGGACTGTTT
genomic: AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATGgtatgcaaat ... gttttgtcagGTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTGCCTAAAGGACTGTTT
EST: gi|76017214|gb|DT944384.1|DT944384
EST:     AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATG                         GTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTGCCTAAAGGACTGTTT
genomic: AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATGgtatgcaaat ... gttttgtcagGTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTGCCTAAAGGACTGTTT
EST: gi|211188057|gb|FK976792.1|FK976792
EST:     AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATG                         GTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGT
genomic: AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATGgtatgcaaat ... gttttgtcagGTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGT
EST: gi|32909407|gb|CF014219.1|CF014219
EST:     AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATG                         GTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTGCCTAAAGGACTGTTT
genomic: AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATGgtatgcaaat ... gttttgtcagGTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTGCCTAAAGGACTGTTT
EST: gi|58029903|gb|CX725330.1|CX725330
EST:     AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATG                         GTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTGCCTAAAGGACTGTTT
genomic: AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATGgtatgcaaat ... gttttgtcagGTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTGCCTAAAGGACTGTTT
EST: gi|211185655|gb|FK976779.1|FK976779
EST:     AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATG                         GTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTGCCTAAAGGACTGTTT
genomic: AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATGgtatgcaaat ... gttttgtcagGTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTGCCTAAAGGACTGTTT
EST: gi|211188054|gb|FK976789.1|FK976789
EST:     AGCCATTTGCGCCGTATTTRCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATG                         GTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTNCAAGTTCTGCCTAAAGGACTGTTT
genomic: AGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATGgtatgcaaat ... gttttgtcagGTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTGCCTAAAGGACTGTTT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 391

GGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATGgtatgcaaat ... gttttgtcagGTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTGCCTAAAGGACTGTTTCAGCAGCGAACTGTTTTAGCACAGCTTCAATTGAAAGACTGGAAGATGG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 247

GGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATGgtatgcaaat ... gttttgtcagGTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTGCCTAAAGGACTGTTTCAGCAGCGAACTGTTTTAGCACAGCTTCAATTGAAAGACTGGAAGATGG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 278

GGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATGgtatgcaaat ... gttttgtcagGTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTGCCTAAAGGACTGTTTCAGCAGCGAACTGTTTTAGCACAGCTTCAATTGAAAGACTGGAAGATGG


Block sizes: 47 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 218

GGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATGgtatgcaaat ... gttttgtcagGTTGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTGCCTAAAGGACTGTTTCAGCAGCGAACTGTTTTAGCACAGCTTCAATTGAAAGACTGGAAGATGG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGATGGGTCTAAGTTGGTATATCATCGTTTTCCTTGGCAGGAGCCATTTGCGCCGTATTTGCTGGAAGTGCTCTACGAGGATGATGACATGgtatgcaaatgaccttggtactatttatcagtttgtgagataaagattgttctgtaaatttggcatatgttttcacatttcatgccccgagctgattgca

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gagataaa