1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
GGGTTGTTGCTATGGCGAATTCTGGACTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTGgtgagttgtgttgtacaccacgtctcaccaatgattgacttggaagctgcagctcctgaaatggtagctttgtag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G158237_T05 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CTTGATTTTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTG GTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATACEST: gi|87155387|gb|DY400176.1|DY400176
genomic: CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTGgtgagttgtg ... agctttgtagGTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
EST: CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTG GTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATACEST: gi|71434184|gb|DR815234.1|DR815234
genomic: CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTGgtgagttgtg ... agctttgtagGTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
EST: CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTG GTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATCCEST: gi|30704816|gb|CD058610.1|CD058610
genomic: CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTGgtgagttgtg ... agctttgtagGTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
EST: CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTG GTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATACEST: gi|213175357|gb|FM185315.1|FM185315
genomic: CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTGgtgagttgtg ... agctttgtagGTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
EST: CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTG GTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATACEST: gi|16926545|gb|BM079613.1|BM079613
genomic: CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTGgtgagttgtg ... agctttgtagGTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
EST: GTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTG GTTGAATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATACEST: gi|76922694|gb|DV169125.1|DV169125
genomic: GTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTGgtgagttgtg ... agctttgtagGTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
EST: CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTG GTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATACEST: gi|32825245|gb|CD964967.1|CD964967
genomic: CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTGgtgagttgtg ... agctttgtagGTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
EST: GATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTG GTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATACEST: gi|78024054|gb|DV492441.1|DV492441
genomic: GATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTGgtgagttgtg ... agctttgtagGTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
EST: CTTGATTTTAATGGATTTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTG GTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTTGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATACEST: gi|76926341|gb|DV170815.1|DV170815
genomic: CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTGgtgagttgtg ... agctttgtagGTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
EST: CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTG GTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATACEST: gi|61118773|gb|DN559734.1|DN559734
genomic: CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTGgtgagttgtg ... agctttgtagGTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
EST: CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTG GTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATACEST: gi|60346388|gb|DN213361.1|DN213361
genomic: CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTGgtgagttgtg ... agctttgtagGTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
EST: CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTG GTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATACEST: gi|211328997|gb|FL454093.1|FL454093
genomic: CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTGgtgagttgtg ... agctttgtagGTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
EST: CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTG GTAGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
genomic: CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTGgtgagttgtg ... agctttgtagGTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GGGTTGTTGCTATGGCGAATTCTGGACTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTGgtgagttgtgttgtacaccacgtctcaccaatgattgacttggaagctgcagctcctgaaatggtagctttgtag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG