Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATCCTGCTCTACCAGCAGACCTCAGGGGTGAACATTTTCATGCATTGCTTGGGACAAACAATAGgtacaatgcatacaccttgcattatatggcatgtgctatacaatatagtccagatgtttttcctgatggatgttaatctttttacctttccag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G149802_T01
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G149802_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os01g64820.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
GATCCTGCTCTACCAGCAGACCTCAGGGGTGAACATTTTCATGCATTGCTTGGGACAAACAATAGgta-caatgcat---acaccttgcattatatggcatgtgctatacaatatagtccagatgtttttcc-------------tgatggatgttaatctttttacctttccag
||||| || |||||  |||||||  | ||| ||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||   || |||   | || | |  | ||     |     || ||||   |||  | ||| | || |             | || ||| |||| | |  |||||||||||
GATCCGGCGCTACCTACAGACCTTCGAGGTCAACATTTCCATGCATTACTTGGGACGAACAATAGgtaatgatccatcaaatacatggggtcatgctatacagcatacacaaaccagtgtatatgctgtttcatgctcagtatcttcattgatattaaccatcgtacctttccag