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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGAAACTGGAAGCATTGATCGCTGCTGTTAACAGCAGTGATAGCAGTCACATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggtgccatgttcctgcgttctaagttttcttatgctgcatatatgttaaccttatttttctttctttatccag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G147671_T02
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G147671_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os03g13970.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
AGAAACTGGAAGCATTGATCGCTGCTGTTAACAGCAGTGATAGCAGTCACATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggtgcca-tgttcctgcgttctaagtt-ttcttatgctgcatatatgttaaccttatt-tttctttctttatccag
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AGAAACTGGAAGCGCTAATCTCTGCTGTGAACAGTAGTGATAGCAGCCACATCGTTCATGTCCCTCCCGGTGAAAATGCCCTTTCCGATGTGCTTATAAGgtaataatgtatcaatttgttcgggctctaggttgttgttttaatgtatttctgctgacaaattaatatccctcttttcacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|9254597|gb|BE345080.1|BE345080
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
EST: gi|33094256|gb|CF054250.1|CF054250
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCTGC
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
EST: gi|31353854|gb|CD438211.1|CD438211
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
EST: gi|211069191|gb|FL190616.1|FL190616
EST:     TTGGTCATGTCCCTCCTGGTGAAA-TGCCTCTCTCTGATGTC-TCCTA-G                         C-CTCC-ATATT-ACTG
genomic: TTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGC-TCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTG
EST: gi|29947654|gb|CB816768.1|CB816768
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGGGGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTA
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTA
EST: gi|32849896|gb|CD989577.1|CD989577
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCTGC
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
EST: gi|67041049|gb|CO467304.1|CO467304
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
EST: gi|32942828|gb|CF047647.1|CF047647
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCTGC
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
EST: gi|47961624|gb|CN844333.1|CN844333
EST:     ACTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CATTCCTATATTTACTGGT
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGT
EST: gi|32849329|gb|CD989010.1|CD989010
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCTGC
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
EST: gi|18964426|gb|BM660999.1|BM660999
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGG-GAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
EST: gi|18659918|gb|BM500591.1|BM500591
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
EST: gi|32807603|gb|CD959837.1|CD959837
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCTGC
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
EST: gi|32807882|gb|CD960116.1|CD960116
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCTGC
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
EST: gi|31360558|gb|CD444915.1|CD444915
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTACTGGTGAAGA-GGTGGAAAGTGGTTTTGCTGCTTCCG
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAA-GTGGTTTTGCTGCTTCCG
EST: gi|9952492|gb|BE639075.1|BE639075
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC