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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGAAACTGGAAGCATTGATCGCTGCTGTTAACAGCAGTGATAGCAGTCACATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggtgccatgttcctgcgttctaagttttcttatgctgcatatatgttaaccttatttttctttctttatccag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G147671_T01
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G147671_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os03g13970.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
AGAAACTGGAAGCATTGATCGCTGCTGTTAACAGCAGTGATAGCAGTCACATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggtgcca-tgttcctgcgttctaagtt-ttcttatgctgcatatatgttaaccttatt-tttctttctttatccag
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AGAAACTGGAAGCGCTAATCTCTGCTGTGAACAGTAGTGATAGCAGCCACATCGTTCATGTCCCTCCCGGTGAAAATGCCCTTTCCGATGTGCTTATAAGgtaataatgtatcaatttgttcgggctctaggttgttgttttaatgtatttctgctgacaaattaatatccctcttttcacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|9254597|gb|BE345080.1|BE345080
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
EST: gi|33094256|gb|CF054250.1|CF054250
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCTGC
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
EST: gi|31353854|gb|CD438211.1|CD438211
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
EST: gi|60350002|gb|DN216975.1|DN216975
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
EST: gi|211069191|gb|FL190616.1|FL190616
EST:     TTGGTCATGTCCCTCCTGGTGAAA-TGCCTCTCTCTGATGTC-TCCTA-G                         C-CTCC-ATATT-ACTG
genomic: TTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGC-TCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTG
EST: gi|18964426|gb|BM660999.1|BM660999
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGG-GAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
EST: gi|29947654|gb|CB816768.1|CB816768
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGGGGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTA
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTA
EST: gi|32849896|gb|CD989577.1|CD989577
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCTGC
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
EST: gi|67041049|gb|CO467304.1|CO467304
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
EST: gi|32942828|gb|CF047647.1|CF047647
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCTGC
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
EST: gi|47961624|gb|CN844333.1|CN844333
EST:     ACTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CATTCCTATATTTACTGGT
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGT
EST: gi|32849329|gb|CD989010.1|CD989010
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCTGC
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
EST: gi|60352483|gb|DN219456.1|DN219456
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
EST: gi|18659918|gb|BM500591.1|BM500591
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
EST: gi|32807603|gb|CD959837.1|CD959837
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCTGC
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
EST: gi|67030433|gb|CO459182.1|CO459182
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
EST: gi|32807882|gb|CD960116.1|CD960116
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCTGC
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
EST: gi|87152942|gb|DY397731.1|DY397731
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
EST: gi|31360558|gb|CD444915.1|CD444915
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTACTGGTGAAGA-GGTGGAAAGTGGTTTTGCTGCTTCCG
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAA-GTGGTTTTGCTGCTTCCG
EST: gi|9952492|gb|BE639075.1|BE639075
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 329

AGAAACTGGAAGCATTGATCGCTGCTGTTAACAGCAGTGATAGCAGTCACATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGCAGCAGCTGCCGTAGCTACTGGAGCATCTGGATTTGAATTTGGTGTGGAC


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 323

AGAAACTGGAAGCATTGATCGCTGCTGTTAACAGCAGTGATAGCAGTCACATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGCAGCAGCTGCCGTAGCTACTGGAGCATCTGGATTTGAATTTGGTGTGGAC


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 272

AGAAACTGGAAGCATTGATCGCTGCTGTTAACAGCAGTGATAGCAGTCACATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGCAGCAGCTGCCGTAGCTACTGGAGCATCTGGATTTGAATTTGGTGTGGAC


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 276

AGAAACTGGAAGCATTGATCGCTGCTGTTAACAGCAGTGATAGCAGTCACATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGCAGCAGCTGCCGTAGCTACTGGAGCATCTGGATTTGAATTTGGTGTGGAC