1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
CGCCTTCTGGAGACTGTGAGCTATCATGAAGTTACGACAAGAGATCTCTCAGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgctatctgtttgactttgtattgattttttttttcatttcatttttatagatttcaacttgtcatgtcattatgcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G139462_T04 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCA TTGTCGTGTTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCGEST: gi|86466838|gb|DY233208.1|DY233208
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagTTGTCGTGTTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCG
EST: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCA TTGTCGTGTTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCGEST: gi|15214516|gb|BI431029.1|BI431029
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagTTGTCGTGTTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCG
EST: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCA TTGTCGTGTTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCGEST: gi|76013764|gb|DT940934.1|DT940934
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagTTGTCGTGTTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCG
EST: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCA TTGTCGTGTTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCGEST: gi|16377611|gb|BI992021.1|BI992021
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagTTGTCGTGTTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCG
EST: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCA TTGTCGTGTTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCGEST: gi|32791919|gb|CD944155.1|CD944155
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagTTGTCGTGTTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCG
EST: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCA TTGTCGTATTTAEST: gi|76285329|gb|DV024897.1|DV024897
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagTTGTCGTGTTTA
EST: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCA TTGTCGTGTTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCGEST: gi|86468320|gb|DY234690.1|DY234690
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagTTGTCGTGTTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCG
EST: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCA TTGTCGTGTTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCGEST: gi|60395240|gb|DN228109.1|DN228109
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagTTGTCGTGTTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCG
EST: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCA TTGTCGTGTTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCGEST: gi|74235298|gb|DT643212.1|DT643212
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagTTGTCGTGTTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCG
EST: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCA TTGTCGTGTTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCGEST: gi|16926403|gb|BM079471.1|BM079471
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagTTGTCGTGTTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCG
EST: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCA TTGTCGTGTTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCGEST: gi|60343359|gb|DN210332.1|DN210332
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagTTGTCGTGTTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCG
EST: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCA TTGTCGTGTTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCGEST: gi|148960320|gb|EE153576.2|EE153576
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagTTGTCGTGTTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCG
EST: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCA TTGTCGTGTTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCGEST: gi|71758718|gb|DR956655.1|DR956655
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagTTGTCGTGTTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCG
EST: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCA TTGTCGTGTTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCGEST: gi|6918328|gb|AW399858.1|AW399858
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagTTGTCGTGTTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCG
EST: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCA TTGTCGTGNTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCGEST: gi|91878695|gb|EB408652.1|EB408652
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagTTGTCGTGTTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCG
EST: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCA TTGTCGTGTTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCGEST: gi|211243939|gb|FL442196.1|FL442196
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagTTGTCGTGTTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCG
EST: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATTCCAAGAAAACAACATTCCCA TTGTCGTGTTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCGEST: gi|93282238|gb|EB674502.1|EB674502
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagTTGTCGTGTTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCG
EST: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCA TTGTCGTGTTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCGEST: gi|78119796|gb|DV538180.1|DV538180
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagTTGTCGTGTTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCG
EST: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCA TTGTCGTGTTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCGEST: gi|78106045|gb|DV524463.1|DV524463
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagTTGTCGTGTTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCG
EST: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCA TTGTCGTGTTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCGEST: gi|32791710|gb|CD943946.1|CD943946
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagTTGTCGTGTTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCG
EST: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCA TTGTCGTGTTTAEST: gi|50335607|gb|CO530733.1|CO530733
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagTTGTCGTGTTTA
EST: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCA TTGTCGTGTTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCGEST: gi|50326141|gb|CO521267.1|CO521267
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagTTGTCGTGTTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCG
EST: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCA TTGTCGTGTTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCG
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagTTGTCGTGTTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CGCCTTCTGGAGACTGTGAGCTATCATGAAGTTACGACAAGAGATCTCTCAGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgctatctgtttgactttgtattgattttttttttcatttcatttttatagatttcaacttgtcatgtcattatgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA