1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
ACTTCCTTGTTAACCTTCTTGGGAAGTGGAAGGAGTCTGAATACTCTGGCCATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagctagttccttcattggggactggggaggccttctcgccatgatcatttttgttgtttttgttattcaataattaggtattcttttgactaacaatagcacattggaaaccacgcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G130987_T02 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTTEST: gi|101398399|gb|EB821072.1|EB821072
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: GTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTTEST: gi|31352161|gb|CD436518.1|CD436518
genomic: GTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTTEST: gi|58029874|gb|CX725301.1|CX725301
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTTEST: gi|31352309|gb|CD436666.1|CD436666
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTTEST: gi|83279053|gb|DV943061.1|DV943061
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: GTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTTEST: gi|14244588|gb|BG840619.2|BG840619
genomic: GTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: CTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTTEST: gi|213167499|gb|FM192311.1|FM192311
genomic: CTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTTEST: gi|24768334|gb|CA403463.1|CA403463
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: CTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTTEST: gi|33095855|gb|CF055849.1|CF055849
genomic: CTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGTCCCATCAAG TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTTEST: gi|14206751|gb|BG840429.1|BG840429
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTTEST: gi|67012434|gb|CO441183.1|CO441183
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTTEST: gi|60350904|gb|DN217877.1|DN217877
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTTEST: gi|13150076|gb|BG320398.1|BG320398
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTTEST: gi|13150010|gb|BG320332.1|BG320332
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTTEST: gi|67031913|gb|CO460662.1|CO460662
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTTEST: gi|60352516|gb|DN219489.1|DN219489
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTTEST: gi|6526954|gb|AW216197.1|AW216197
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG TTTGGCTGATGTEST: gi|5895581|gb|AW036827.1|AW036827
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGT
EST: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTTEST: gi|61118440|gb|DN559401.1|DN559401
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTTEST: gi|211338835|gb|FL045912.1|FL045912
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTTEST: gi|32847495|gb|CD987176.1|CD987176
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTTEST: gi|101398397|gb|EB821071.1|EB821071
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: GTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTTEST: gi|60355360|gb|DN222333.1|DN222333
genomic: GTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTTEST: gi|47962236|gb|CN844945.1|CN844945
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTTEST: gi|31360378|gb|CD444735.1|CD444735
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTTEST: gi|67024923|gb|CO453672.1|CO453672
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTTEST: gi|67015216|gb|CO443965.1|CO443965
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTTEST: gi|31350919|gb|CD435276.1|CD435276
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTTEST: gi|32863571|gb|CF003253.1|CF003253
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTTEST: gi|61118439|gb|DN559400.1|DN559400
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTTEST: gi|31354436|gb|CD438793.1|CD438793
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTTEST: gi|211341224|gb|FL045920.1|FL045920
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTTEST: gi|211341223|gb|FL045919.1|FL045919
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTTEST: gi|92087935|gb|EB484166.1|EB484166
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG TTTGGCTGATGTCCTTGCGAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTTEST: gi|60337435|gb|DN204408.1|DN204408
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ACTTCCTTGTTAACCTTCTTGGGAAGTGGAAGGAGTCTGAATACTCTGGCCATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagctagttccttcattggggactggggaggccttctcgccatgatcatttttgttgtttttgttattcaataattaggtattcttttgactaacaatagcacattggaaaccacgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG