Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACGTGTCGCAAGGCAGATGGTCGAAAGATTTGGATTCAGTAAGAAGATCGGCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgctgtaactgaaatggatgttagcctggaattaggaacatactaaaactaagtgaagaagaactaggcatgtaaacttcaacaatggttgtct...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G126361_T03
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G126361_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os06g51029.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
ACGTGTCGCAAGGCAGATGGTCGAAAGATTTGGATTCAGTAAGAAGATCGGCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgctgtaactgaaatggatgttagcctggaattaggaacatactaaaactaagtgaagaagaactaggcatgtaaacttcaacaatggttgtct------
|||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||     || |||||||||| ||   || |   |||     ||  | || |  |||   | |||    ||  | |  | ||||  |  | | |  ||        
ACGTGTTGCAAGACAAATGGTTGAAAGATTTGGATTCAGCAAGAAGATCGGGCAAGTTGCGATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCTTTCTTGGGCCAGCAGgtaaatcactataactgaaatagac--tatcaaagaa--gaaaaacttcttaccctagaagcagagt--ctgtgaaaattaactgaagaactagacgtgcaaactt

upper sequence: GRMZM2G126361_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA06G02200.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
ACGTGTCGCAAGGCAGATGGTCGAAAGATTTGGATTCAGTAAGAAGATCGGCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgctgtaactgaaatggatgttagcctggaattaggaacatactaaaactaagtgaagaagaactaggcatgtaaacttcaacaatggttgtct-----
||| || |||||||||||||| || |||||||||||||| || || || || |||||||| || || ||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||||        ||  ||  |||    ||||   |  | | | |   |     | |      | | | ||      | | | |    |||| ||||       
ACGAGTGGCAAGGCAGATGGTTGAGAGATTTGGATTCAGCAAAAAAATTGGACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAGgtatgccatgac--ctataacagattgatgccttttacaatgtaaacggtgttcttcaacaccaatgta-tatatgcctcaccctgtcaaatgattgtaacgcag

upper sequence: GRMZM2G126361_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA04G02100.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
ACGTGTCGCAAGGCAGATGGTCGAAAGATTTGGATTCAGTAAGAAGATCGGCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgctgtaactgaaatggatgttagcctggaattaggaacatactaaaactaagtgaagaagaactaggcatgtaaacttcaacaatggttgtct-----
||| || |||||||||||||| || |||||||||||||| || || || || |||||||| || || ||||| |||||||| || |||||||| |||||||||||||       || |||| | |     |||   |    | | |   |     | |   |  || |  || || ||   | |||||  ||| ||||       
ACGAGTGGCAAGGCAGATGGTTGAGAGATTTGGATTCAGCAAAAAAATTGGACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTGGGTCAACAGgtatgctatgac--ctaaaataggttgatcccttttacactgtaaacgttgctcttgaac-accaaaatatatgcctgaccatttcaa--atgattgtaatgcag

upper sequence: GRMZM2G126361_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv18s0001g00190.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
ACGTGTCGCAAGGCAGATGGTCGAAAGATTTGGATTCAGTAAGAAGATCGGCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgctgtaactgaaatggatgttagcctggaattaggaa---catactaaaactaagtgaagaagaactaggcatgtaaacttcaacaa-tggttgtct
||| || || ||||||||||| || |||||||| ||||| || ||||| || |||||||| || || ||||| |||||||| || ||||| || ||||||||| |    | |      |     || |  ||   | |  |||    ||| | |    | |    |  |  | |   ||| |    |    ||| |||  |   
ACGGGTGGCCAGGCAGATGGTGGAGAGATTTGGGTTCAGCAAAAAGATTGGACAAGTTGCCATTGGTGGACCTGGTGGAAATCCATTCTTAGGTCAACAGgtaggaacatattttaagatattttgctctccccaagtgtggagtcccatgcgattcatcaccttaccaagattgaacatttttggtgtttcaaatggcag---

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18169945|gb|BM339785.1|BM339785
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|16920675|gb|BM074773.1|BM074773
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|78027000|gb|DV495387.1|DV495387
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|111190440|gb|EE288576.1|EE288576
EST:     GTTGCGATCGGGGGACCGGGGT-GAAACCCTTTCTTGGGGGCACCAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GTTGCGATCGGGGGACC-GGGTGGAAACCCTTTCTT-GGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|149074934|gb|EE163390.2|EE163390
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|61236821|gb|DN586545.1|DN586545
EST:     GGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCGACTGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|116822651|gb|EC866067.1|EC866067
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCGACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|24934350|gb|CA452568.1|CA452568
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|32832563|gb|CD972241.1|CD972241
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|33090896|gb|CF050890.1|CF050890
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|116824030|gb|EC867613.1|EC867613
EST:     GCC-AGTTGC-ATCGGGGGA-CGGGTGGAAA-CCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|18166249|gb|BM336088.1|BM336088
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|16378106|gb|BI992281.1|BI992281
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCCTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|18162277|gb|BM332116.1|BM332116
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|13198172|gb|BG354188.1|BG354188
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTT
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTT
EST: gi|28911358|gb|BM340383.2|BM340383
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|28911249|gb|BM336639.2|BM336639
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|71759679|gb|DR957616.1|DR957616
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTTTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|18164694|gb|BM334533.1|BM334533
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|18171948|gb|BM347336.1|BM347336
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|116824480|gb|EC868100.1|EC868100
EST:     GCCAAGTTGCAATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|13149600|gb|BG319922.1|BG319922
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|211089719|gb|FL375369.1|FL375369
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|33092826|gb|CF052820.1|CF052820
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|18176274|gb|BM351288.1|BM351288
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|33095834|gb|CF055828.1|CF055828
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGGAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|71299675|gb|DR785845.1|DR785845
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|33096758|gb|CF056732.1|CF056732
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGGAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|24934378|gb|CA452596.1|CA452596
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|211197976|gb|FL446528.1|FL446528
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|32916795|gb|CF021607.1|CF021607
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|18166703|gb|BM336542.1|BM336542
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|13198170|gb|BG354187.1|BG354187
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|86470277|gb|DY236647.1|DY236647
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTTTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|32916856|gb|CF021668.1|CF021668
EST:     CCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGTAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: CCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCC-TTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|18164226|gb|BM334065.1|BM334065
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|32849001|gb|CD988682.1|CD988682
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAGGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|32848890|gb|CD988571.1|CD988571
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|110216144|gb|EC898042.1|EC898042
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGATTACTTTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|110208211|gb|EC890108.1|EC890108
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGGCCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTTTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|18165075|gb|BM334866.1|BM334866
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|148972635|gb|EE023595.2|EE023595
EST:     TTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTTTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACACC
genomic: TTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|148990798|gb|EE032214.2|EE032214
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTTTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|28911275|gb|BM338697.2|BM338697
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|32844659|gb|CD984340.1|CD984340
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|32849008|gb|CD988689.1|CD988689
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAGGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|71761686|gb|DR959623.1|DR959623
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|9742814|gb|BE518962.1|BE518962
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|18168637|gb|BM338477.1|BM338477
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGGAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|18172028|gb|BM347416.1|BM347416
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|18175217|gb|BM350605.1|BM350605
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|28911216|gb|BM335452.2|BM335452
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|18165923|gb|BM335762.1|BM335762
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|17931504|gb|BM268464.1|BM268464
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|71768955|gb|DR966892.1|DR966892
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTTTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|149096865|gb|EE182659.2|EE182659
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTTTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|78119172|gb|DV537556.1|DV537556
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|18174508|gb|BM349896.1|BM349896
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|33094055|gb|CF054049.1|CF054049
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|32845000|gb|CD984681.1|CD984681
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|18169286|gb|BM339126.1|BM339126
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|149062825|gb|EE157543.2|EE157543
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTTTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|149082728|gb|EE171948.2|EE171948
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGAGTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|110220877|gb|EC902775.1|EC902775
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|18163505|gb|BM333344.1|BM333344
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
EST: gi|18172044|gb|BM347432.1|BM347432
EST:     GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAG                         ATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC
genomic: GCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 185

ACGTGTCGCAAGGCAGATGGTCGAAAGATTTGGATTCAGTAAGAAGATCGGCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCCGAGGTGAGGGAACTCGTGGAGAAGGCCTACTCTAGAGCAAGGCAGATAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 706

ACGTGTCGCAAGGCAGATGGTCGAAAGATTTGGATTCAGTAAGAAGATCGGCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCCGAGGTGAGGGAACTCGTGGAGAAGGCCTACTCTAGAGCAAGGCAGATAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 180

ACGTGTCGCAAGGCAGATGGTCGAAAGATTTGGATTCAGTAAGAAGATCGGCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCCGAGGTGAGGGAACTCGTGGAGAAGGCCTACTCTAGAGCAAGGCAGATAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 402

ACGTGTCGCAAGGCAGATGGTCGAAAGATTTGGATTCAGTAAGAAGATCGGCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgct ... tcccccacagATGTCAAGCCAGAAGGACTACTCTATGGCAACAGCGGATGTTGTGGACGCCGAGGTGAGGGAACTCGTGGAGAAGGCCTACTCTAGAGCAAGGCAGATAA


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ACGTGTCGCAAGGCAGATGGTCGAAAGATTTGGATTCAGTAAGAAGATCGGCCAAGTTGCGATCGGGGGACCGGGTGGAAACCCTTTCTTGGGGCAACAGgtatgctgctgtaactgaaatggatgttagcctggaattaggaacatactaaaactaagtgaagaagaactaggcatgtaaacttcaacaatggttgtct

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGTGGA