Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCATGACTCCTTACATCAACCTTTACCACTATGATCTTCCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagtctaaagatatatctggtcatgttattaacgtgtttcgactttctgtgttttcccgaaagaaggacacacaacatagaatctctagtttcacatgatatagaactggaaataccagattatacttatatatgtatacaatttgttttgtag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G118003_T02
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G118003_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os03g49600.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
GCATGACTCCTTACATCAACCTTTACCACTATGATCTTCCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagtctaaagatatatctggtcatgttat----taacgtgtttcgactttctgtgttttcccgaaagaaggacacacaacatagaatctctagtttcacatgatatagaactggaaataccagattatacttatatatgtatacaatttgttttgtag
| || ||||||||  |||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |  || || |||||||||||||   ||   || ||||    | | || |    |||  | ||   ||| ||    |||    |  |       ||  |   |||| |   | |||| | |                                                          
GTATCACTCCTTATGTCAATCTTTACCACTACGATCTCCCTCTTGCGCTTGAGAAGAAGTACGGAGGCTGGTTGAATGCAAAAATGGCgtaagtcaaattagtaatttatcctagctttttgtctgttaatctattagaactctcgtcatttgttggttattg----acttattttagact---tggttttaaac---------------------------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32848755|gb|CD988436.1|CD988436
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|211322178|gb|FK979475.1|FK979475
EST:     CTCTTGCGCTTGAGAAGAA-TATGGAAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTA-GACC
genomic: CTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGA-GGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACC
EST: gi|32928641|gb|CF033453.1|CF033453
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|6826935|gb|AW330578.1|AW330578
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|26558653|gb|CA830888.1|CA830888
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|109179241|gb|EC379886.1|EC379886
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|211192948|gb|FK979444.1|FK979444
EST:     CTCTTGCGCTTGAGAAGATATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATC
genomic: CTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAA-GATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATC
EST: gi|211192942|gb|FK979438.1|FK979438
EST:     CTCTTGCGCTTGAGA-GAAATATGGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTAC
genomic: CTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGG-AGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTAC
EST: gi|60397967|gb|DN230783.1|DN230783
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|211192947|gb|FK979443.1|FK979443
EST:     CCTCTTGCGCTTGANAAGAAATATGGAGGGTGGTTTAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTRTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|148934074|gb|EC878088.2|EC878088
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTT
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTT
EST: gi|149096066|gb|EE181748.2|EE181748
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|67024539|gb|CO453288.1|CO453288
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|211197749|gb|FK979464.1|FK979464
EST:     CTCTTGCGCTTGAGA-GAAATATGGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTT-AAGAACTACGGCGATCG
genomic: CTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGG-AGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|71331060|gb|DR802360.1|DR802360
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|148969028|gb|EE019736.2|EE019736
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|32929351|gb|CF034163.1|CF034163
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|211322184|gb|FK979481.1|FK979481
EST:     CTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGNANGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTA-GACC
genomic: CTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGA-GGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACC
EST: gi|22472597|gb|BU037077.1|BU037077
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|211195352|gb|FK979460.1|FK979460
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTA-GAACTACNGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|211192936|gb|FK979432.1|FK979432
EST:     CTCTTGCGCTTGAGAA-AAATATGGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTA-GAACTACG
genomic: CTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGG-AGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACG
EST: gi|32929206|gb|CF034018.1|CF034018
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|148931885|gb|EC877350.2|EC877350
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|148931067|gb|EC873678.2|EC873678
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGAC
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGAC
EST: gi|32928537|gb|CF033349.1|CF033349
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|6564100|gb|AW231722.1|AW231722
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|21390100|gb|BQ528149.1|BQ528149
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|211192950|gb|FK979446.1|FK979446
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|6636984|gb|AW261256.1|AW261256
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGCTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGNTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|211195346|gb|FK979454.1|FK979454
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAA-TATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTA-GACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|28909524|gb|CB330973.1|CB330973
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTG
EST: gi|32929111|gb|CF033923.1|CF033923
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|32848750|gb|CD988431.1|CD988431
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|32837200|gb|CD976878.1|CD976878
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTTGTT-ACAGACTATGCTGA
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTT-GTTTACAGACTATGCTGA
EST: gi|148996928|gb|EE035737.2|EE035737
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTANGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|67018030|gb|CO446779.1|CO446779
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|32929433|gb|CF034245.1|CF034245
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|32929642|gb|CF034454.1|CF034454
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGCC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|32928848|gb|CF033660.1|CF033660
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGGGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|32847307|gb|CD986988.1|CD986988
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|32837471|gb|CD977149.1|CD977149
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|32929091|gb|CF033903.1|CF033903
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGGAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|32849499|gb|CD989180.1|CD989180
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|32928412|gb|CF033224.1|CF033224
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|101393334|gb|EB818598.1|EB818598
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGGGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGAC
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGAC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCATGACTCCTTACATCAACCTTTACCACTATGATCTTCCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagtctaaagatatatctggtcatgttattaacgtgtttcgactttctgtgttttcccgaaagaaggacacacaacatagaatctctagtttcacatgatatagaactggaaataccagattatacttatatatgtatacaatttgttttgtag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG