Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTTTTTCTTAGGAATACCTATGGTCAGCATGCTCCTTTATGTCTGGAGCCGAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaattcactaccatcaattgcaatgccagtttttgtgcttctcaatcggtgaataggtaggcgaagcataagaatagggatggtgctccaatggg...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G117388_T04
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G117388_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os05g09550.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
TTTTTTCTTAGGAATACCTATGGTCAGCATGCTCCTTTATGTCTGGAGCCGAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaat-tcactaccatcaattg----caatgccagtttttgtgcttctcaatcggtgaataggtaggcgaagcataagaatagggatggtgctccaatggg--------------
|| |||||| ||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  |||| ||| ||||||| |  || || ||||| |||||| |||||||| |       ||||||||  || |    | |||||  || | |  | ||   || |||    ||    | | |||| |  |     ||| ||| |  |||                 
TTATTTCTTGGGAGTACCCATGGTCAGCATGCTTCTTTATGTCTGGAGCAGAGAATATCCGAATTCTCAGATCAGCATGTATGGCCTTGTCCAACTGAGGgtaagcttcactactaccatatatagaactcgatgccctttataggtcatcaatattggtttcaagtcttgtggagcaaattatgtttgattgtggtt-aatatactccatttctgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60397359|gb|DN230175.1|DN230175
EST:     GAGAG-ATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|21331882|gb|BQ487263.1|BQ487263
EST:     GAGAGAATCCCAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|211211598|gb|FL477381.1|FL477381
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|211211597|gb|FL477380.1|FL477380
EST:     GAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|40336279|gb|CK370349.1|CK370349
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|60349033|gb|DN216006.1|DN216006
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|211191572|gb|FL254972.1|FL254972
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|211342720|gb|FL460317.1|FL460317
EST:     AATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: AATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|71767311|gb|DR965248.1|DR965248
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|211342721|gb|FL460318.1|FL460318
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|211191573|gb|FL254973.1|FL254973
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|67030179|gb|CO458928.1|CO458928
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|16927150|gb|BM080219.1|BM080219
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|37392930|gb|CF633718.1|CF633718
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA