Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTTTTTCTTAGGAATACCTATGGTCAGCATGCTCCTTTATGTCTGGAGCCGAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaattcactaccatcaattgcaatgccagtttttgtgcttctcaatcggtgaataggtaggcgaagcataagaatagggatggtgctccaatggg...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G117388_T01
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G117388_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os05g09550.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
TTTTTTCTTAGGAATACCTATGGTCAGCATGCTCCTTTATGTCTGGAGCCGAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaat-tcactaccatcaattg----caatgccagtttttgtgcttctcaatcggtgaataggtaggcgaagcataagaatagggatggtgctccaatggg--------------
|| |||||| ||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||| ||| ||||||| | || || ||||| |||||| |||||||| | |||||||| || | | ||||| || | | | || || ||| || | | |||| | | ||| ||| | |||
TTATTTCTTGGGAGTACCCATGGTCAGCATGCTTCTTTATGTCTGGAGCAGAGAATATCCGAATTCTCAGATCAGCATGTATGGCCTTGTCCAACTGAGGgtaagcttcactactaccatatatagaactcgatgccctttataggtcatcaatattggtttcaagtcttgtggagcaaattatgtttgattgtggtt-aatatactccatttctgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60672357|gb|DN475118.1|DN475118
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTTATCTTCCATGGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGAATATTTGGG
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTT-ATCTTCCATGGG-CTATGCTCTTATTGGATGTGA-TATTTGGG
EST: gi|32945665|gb|CF050484.1|CF050484
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|24934294|gb|CA452512.1|CA452512
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|33102075|gb|CF062035.1|CF062035
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|67040755|gb|CO467010.1|CO467010
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|60397359|gb|DN230175.1|DN230175
EST:     GAGAG-ATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|21331882|gb|BQ487263.1|BQ487263
EST:     GAGAGAATCCCAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|211211598|gb|FL477381.1|FL477381
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|211267821|gb|FL116409.1|FL116409
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCGTTTTATCTCCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGGTGATATTTGGGTC
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATG-TGATATTTGGGTC
EST: gi|211211597|gb|FL477380.1|FL477380
EST:     GAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|211028978|gb|FL127257.1|FL127257
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|40336279|gb|CK370349.1|CK370349
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|32932771|gb|CF037583.1|CF037583
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|71767312|gb|DR965249.1|DR965249
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|60349033|gb|DN216006.1|DN216006
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|211191572|gb|FL254972.1|FL254972
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|93012514|gb|EB638034.1|EB638034
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|67029845|gb|CO458594.1|CO458594
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|211028981|gb|FL127260.1|FL127260
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGGGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|67018558|gb|CO447307.1|CO447307
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|71438420|gb|DR819470.1|DR819470
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|211342720|gb|FL460317.1|FL460317
EST:     AATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: AATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|93015533|gb|EB641053.1|EB641053
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|71767311|gb|DR965248.1|DR965248
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|211342721|gb|FL460318.1|FL460318
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|71438460|gb|DR819510.1|DR819510
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|211191573|gb|FL254973.1|FL254973
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|67030179|gb|CO458928.1|CO458928
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|16927150|gb|BM080219.1|BM080219
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|21389975|gb|BQ528024.1|BQ528024
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|111145818|gb|EE257958.1|EE257958
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         ACCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGGGGATATTTGGG
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTG-ATATTTGGG
EST: gi|37392930|gb|CF633718.1|CF633718
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA