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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcggttattattagctcctttctttttcgaatgatttatggaacttcttttcgacttgatttgtcgtagatgttagtctcagtaattatttggactttttgtaatag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G114220_T01
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211392505|gb|FL156794.1|FL156794
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
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EST: gi|211389874|gb|FL156779.1|FL156779
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
EST: gi|211389876|gb|FL156781.1|FL156781
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
EST: gi|211389878|gb|FL156783.1|FL156783
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAC
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
EST: gi|211392499|gb|FL156788.1|FL156788
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
EST: gi|211392496|gb|FL156785.1|FL156785
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
EST: gi|211389879|gb|FL156784.1|FL156784
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
EST: gi|50338446|gb|CO533572.1|CO533572
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
EST: gi|211392507|gb|FL156796.1|FL156796
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
EST: gi|211392498|gb|FL156787.1|FL156787
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
EST: gi|76909136|gb|DV163240.1|DV163240
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
EST: gi|6637070|gb|AW261342.1|AW261342
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
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EST: gi|71417924|gb|DR804257.1|DR804257
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
EST: gi|211392504|gb|FL156793.1|FL156793
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
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EST: gi|211392503|gb|FL156792.1|FL156792
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
EST: gi|91049005|gb|EB159423.1|EB159423
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
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EST: gi|32859779|gb|CD999460.1|CD999460
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
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EST: gi|32862738|gb|CF002420.1|CF002420
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
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EST: gi|211395124|gb|FL156801.1|FL156801
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
EST: gi|211392510|gb|FL156799.1|FL156799
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
EST: gi|211395123|gb|FL156800.1|FL156800
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
EST: gi|211392502|gb|FL156791.1|FL156791
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
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EST: gi|211389877|gb|FL156782.1|FL156782
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
EST: gi|91873355|gb|EB403312.1|EB403312
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
EST: gi|14242735|gb|BG840580.2|BG840580
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
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EST: gi|213183590|gb|FM196389.1|FM196389
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
EST: gi|93015584|gb|EB641104.1|EB641104
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA