1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
ATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagcttttggcaccctcatctatcagctaattgtttatgattctgattcgagattgccaaggcaaagtagtagtagtaatacatttgatccttggatgcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G114172_T02 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCCEST: gi|37401670|gb|CF638203.1|CF638203
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCCEST: gi|78180520|gb|DV551013.1|DV551013
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCCEST: gi|78090560|gb|DV518934.1|DV518934
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCCEST: gi|8551534|gb|BE128880.1|BE128880
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCCEST: gi|78113537|gb|DV531928.1|DV531928
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCCEST: gi|211170844|gb|FL475252.1|FL475252
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: CAAAA-ATGACATCATGAAAGGGTCAGCAACTAG TTTGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCCEST: gi|76021043|gb|DT948213.1|DT948213
genomic: CAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: TTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCCEST: gi|148958196|gb|EC904401.2|EC904401
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: TTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCCEST: gi|78543692|gb|DV621190.1|DV621190
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCCEST: gi|9743097|gb|BE519245.1|BE519245
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCCEST: gi|110957655|gb|EE177707.1|EE177707
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCCEST: gi|20337038|gb|BQ172668.1|BQ172668
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: GCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAGCTAG TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCCEST: gi|78106134|gb|DV524552.1|DV524552
genomic: GCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCCEST: gi|60351760|gb|DN218733.1|DN218733
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCCEST: gi|78103926|gb|DV522344.1|DV522344
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCCEST: gi|71772417|gb|DR970350.1|DR970350
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCCEST: gi|12058284|gb|BF733104.1|BF733104
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCCEST: gi|149088593|gb|EE177708.2|EE177708
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCCEST: gi|37401175|gb|CF637951.1|CF637951
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCCEST: gi|32845859|gb|CD985540.1|CD985540
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCCEST: gi|78090561|gb|DV518935.1|DV518935
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCCEST: gi|101394401|gb|EB819135.1|EB819135
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagcttttggcaccctcatctatcagctaattgtttatgattctgattcgagattgccaaggcaaagtagtagtagtaatacatttgatccttggatgcag
- - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - AGCTGC