Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttgagttatgagcaaagaactgttatgccaatttcacaatgacagttaatactaaattttgttgaaaaaaaactttctgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G113619_T04
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G113619_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os09g24650.4 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
TATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttgagttatgagcaaagaactgttatgccaatttcacaatgacagttaatactaaattttgttgaaaaaaaactttctgcag
||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||  |||   |  |   | || |  | ||   | ||||    || |    | |      ||||| ||  | | || ||||||
TATGCTCATCGGGCTTGTGTGCAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACGTGTGAAATTTGTCATGAGgtgaatttatgttcaaatgattcatctttccttcc---tccacaggagcaatcctgaatttgacctgttggaatgaca-ttactgcag

upper sequence: GRMZM2G113619_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA20G04870.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
TATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgt-----------------gattttgagttatgagcaaagaactgttatgccaatttcacaatgacagt----------taat-actaaattttgttgaaaaaaaac-tttctgcag--------------------------------------------------------------
||||||||||| |  || || || || ||||||||||||||||||||  |||| ||||| ||||||||  ||||                 ||||||    |||    |||    ||||||   || ||    ||||  ||          |||| | | |||| |  || | ||     | |||| |                                                               
TATGCTCATAGAAAGTGCGTTCAGCGTTGGTGCAATGAGAAAGGAGACATAACTTGTGAGATATGTCACAAGgtatgattcttttgtatgtgattttcgcatatagtgaaatttttgttatttgaaatttgtgatgatggtctggtcatggtaatgattcaattattctgtacaatggtatctctggattgaaccaaatgctctgtgtgtgtgtactgaatttctttcaattttgtatatgtaattctcag

upper sequence: GRMZM2G113619_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv17s0000g06230.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
TATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttgagttatgagcaaagaactgttatg-ccaatttcacaatgacagttaatac-taaattttgttgaaaaaaaactttctgcag----------
| |||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || || || |||||| ||||    ||   || | |      | | |||||  |||| | ||        ||   | | ||||| ||  |     | |  | | |  |           
TTTGCTCATAGGAAATGTGTTCAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACTTGCGAGATCTGTCATCAGgtatgatttgcttcttaattcctagccgttatctccaagtacatctcatttgtagttgcataaatgtttatatttgagatttatattaataggtaataca

upper sequence: GRMZM2G113619_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv01s0026g02470.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
TATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttg--agttatgagcaaagaactgttatgcc-------aatttcacaatgacagttaatactaaattttgttgaaaaaaaactt-tctgcag--
|||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||  ||||| || || ||| ||||    | |  | || |   |         || || |          | || |    |  || | |  | ||||  ||  |      |    |||||   
TATGCTCATAGGAAGTGTGTTCAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGACATAATTTGTGAGATCTGCCATCAGgtatactcgttattttttttcctttccactttctgtcctcaggaggctgcatatgtgctttttaaatcacatttcctttgatgggcccaaacctgcaagt

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78086642|gb|DV515035.1|DV515035
EST:     AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG                         CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: gi|78089708|gb|DV518082.1|DV518082
EST:     AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG                         CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: gi|76280760|gb|DV020328.1|DV020328
EST:     AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG                         CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGGCATCCTGATGAAACT
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: gi|91053257|gb|EB163675.1|EB163675
EST:     AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG                         CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: gi|71424785|gb|DR806435.1|DR806435
EST:     AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG                         CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: gi|71766652|gb|DR964589.1|DR964589
EST:     TAACAT-TGAAAATATGTCATGAG                         CCTTATGAACATGGGTACACTGC-CCTCCCCAGAGGCCATCCTGATGAAAC
genomic: TAACATGTG-AAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCT-CCCAGAGGCCATCCTGATGAAAC
EST: gi|50325343|gb|CO520469.1|CO520469
EST:     AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG                         CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAG
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAG
EST: gi|93283253|gb|EB675517.1|EB675517
EST:     AACGATGGTGCCATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG                         CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: gi|93284055|gb|EB676319.1|EB676319
EST:     GAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG                         CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
genomic: GAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: gi|211143062|gb|FL281157.1|FL281157
EST:     AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG                         CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: gi|91057080|gb|EB167498.1|EB167498
EST:     AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG                         CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: gi|8551597|gb|BE128942.1|BE128942
EST:     AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG                         CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: gi|71766653|gb|DR964590.1|DR964590
EST:     AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG                         CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: gi|440689|gb|T14710.1|T14710
EST:     AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG                         CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: gi|76291932|gb|DV031500.1|DV031500
EST:     AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG                         CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttgagttatgagcaaagaactgttatgccaatttcacaatgacagttaatactaaattttgttgaaaaaaaactttctgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGATG