1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
TATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttgagttatgagcaaagaactgttatgccaatttcacaatgacagttaatactaaattttgttgaaaaaaaactttctgcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G113619_T02 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACTEST: gi|78089708|gb|DV518082.1|DV518082
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACTEST: gi|76280760|gb|DV020328.1|DV020328
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGGCATCCTGATGAAACTEST: gi|91053257|gb|EB163675.1|EB163675
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACTEST: gi|71424785|gb|DR806435.1|DR806435
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACTEST: gi|50325343|gb|CO520469.1|CO520469
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGEST: gi|93283253|gb|EB675517.1|EB675517
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAG
EST: AACGATGGTGCCATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACTEST: gi|93284055|gb|EB676319.1|EB676319
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: GAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACTEST: gi|71766652|gb|DR964589.1|DR964589
genomic: GAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: TAACAT-TGAAAATATGTCATGAG CCTTATGAACATGGGTACACTGC-CCTCCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACEST: gi|211143062|gb|FL281157.1|FL281157
genomic: TAACATGTG-AAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCT-CCCAGAGGCCATCCTGATGAAAC
EST: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACTEST: gi|91057080|gb|EB167498.1|EB167498
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACTEST: gi|8551597|gb|BE128942.1|BE128942
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACTEST: gi|71766653|gb|DR964590.1|DR964590
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACTEST: gi|440689|gb|T14710.1|T14710
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACTEST: gi|76291932|gb|DV031500.1|DV031500
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttgagttatgagcaaagaactgttatgccaatttcacaatgacagttaatactaaattttgttgaaaaaaaactttctgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG