1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
AATTGACCCAAGTGTTACCATGATGACTGTGGAGGAAAAGCCAGATGTGACGTACAATGATGTCGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGTGAAgtatgtggtccttcttccttgtgagctgggaaatactgcatcacagttagtgatggatctattttgtttactatttgctgtactatttttgcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G110185_T04 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ACAATGATGTCGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGTGAA GTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATTEST: gi|5846988|gb|AW000067.1|AW000067
genomic: ACAATGATGTCGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGTGAAgtatgtggtc ... atttttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATT
EST: CGTACAATGATGTCGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGTGAA GTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATTEST: gi|33104358|gb|CF064318.1|CF064318
genomic: CGTACAATGATGTCGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGTGAAgtatgtggtc ... atttttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATT
EST: GTACAATGATGTCGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGTGAA GTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATTEST: gi|5296364|gb|AI783134.1|AI783134
genomic: GTACAATGATGTCGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGTGAAgtatgtggtc ... atttttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATT
EST: CGTACAATGATGTCGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGTGAA GTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATT
genomic: CGTACAATGATGTCGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGTGAAgtatgtggtc ... atttttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AATTGACCCAAGTGTTACCATGATGACTGTGGAGGAAAAGCCAGATGTGACGTACAATGATGTCGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGTGAAgtatgtggtccttcttccttgtgagctgggaaatactgcatcacagttagtgatggatctattttgtttactatttgctgtactatttttgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG