Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCCCTGGGATGAAGCAGCGTCCACCACGCGGGTATAATCCCTACCATGGCTACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGGgtaagtattgtggtgtactactgtcaatatggatttctagttttctttctaacgtaatcgtttatggttttgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G108919_T01
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G108919_T06 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os02g52140.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
TCCCTGGGATGAAGCAGCGTCCACCACGCGGGTATAATCCCTACCATGGCTACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGGgtaagtattg-tggtgtactactgtcaatatggatttcta---gttttctttctaacgta---atcgtttatggttttgcag
||||||||||||||||||||||||| || || || ||||| || ||||| ||||| |||||||| ||||| || || || ||||| ||||| ||||| |||||||| | | |  | |   |   |  || |  | ||||    || |  | |||||| |    || || |||  || | |||
TCCCTGGGATGAAGCAGCGTCCACCGCGTGGATACAATCCTTATCATGGTTACCCATATAGATCGTATGGGGCCCCATATTTCCCACCATATGGTTACGGgtaagtttagcttttttgacaacatggatgtctaattctttatgtctggtgtctaacatccatattgtgtattcttgttcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7135303|gb|AW498018.1|AW498018
EST:     TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGG                         GAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
genomic: TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGGgtaagtattg ... ggttttgcagGAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
EST: gi|60351908|gb|DN218881.1|DN218881
EST:     TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGG                         GAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
genomic: TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGGgtaagtattg ... ggttttgcagGAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
EST: gi|211538316|gb|FL356780.1|FL356780
EST:     TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGG                         GAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
genomic: TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGGgtaagtattg ... ggttttgcagGAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
EST: gi|9731847|gb|BE510599.1|BE510599
EST:     TACCCTTATAGATCATATGGAGCCCCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGG                         GAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
genomic: TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGGgtaagtattg ... ggttttgcagGAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
EST: gi|9731934|gb|BE510686.1|BE510686
EST:     TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGG                         GAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
genomic: TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGGgtaagtattg ... ggttttgcagGAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
EST: gi|108953688|gb|EC364843.1|EC364843
EST:     TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGG                         GAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
genomic: TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGGgtaagtattg ... ggttttgcagGAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
EST: gi|120480223|gb|EH210775.1|EH210775
EST:     TACCCTTATAGATCATATGGAGCCCCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGG                         GAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTATTTTTGAAG
genomic: TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGGgtaagtattg ... ggttttgcagGAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
EST: gi|89247954|gb|DY619740.1|DY619740
EST:     TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGG                         GAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTTTGAAG
genomic: TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGGgtaagtattg ... ggttttgcagGAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
EST: gi|78085156|gb|DV513549.1|DV513549
EST:     TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGG                         GAGGGGTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTTTGAAG
genomic: TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGGgtaagtattg ... ggttttgcagGAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
EST: gi|84980134|gb|DW530483.1|DW530483
EST:     TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGG                         GAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
genomic: TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGGgtaagtattg ... ggttttgcagGAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
EST: gi|84976804|gb|DW475226.1|DW475226
EST:     TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGG                         GAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
genomic: TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGGgtaagtattg ... ggttttgcagGAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
EST: gi|60399133|gb|DN231947.1|DN231947
EST:     TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGG                         GAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
genomic: TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGGgtaagtattg ... ggttttgcagGAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
EST: gi|6563947|gb|AW231569.1|AW231569
EST:     TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGG                         GAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
genomic: TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGGgtaagtattg ... ggttttgcagGAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
EST: gi|211110914|gb|FL481563.1|FL481563
EST:     TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGG                         GAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
genomic: TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGGgtaagtattg ... ggttttgcagGAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
EST: gi|50329632|gb|CO524758.1|CO524758
EST:     TACCCTTATAGATCATATGGAGCCCCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGG                         GAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGC
genomic: TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGGgtaagtattg ... ggttttgcagGAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGC
EST: gi|211177618|gb|FL479926.1|FL479926
EST:     TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGG                         GAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
genomic: TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGGgtaagtattg ... ggttttgcagGAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
EST: gi|31351939|gb|CD436296.1|CD436296
EST:     TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGG                         GAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
genomic: TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGGgtaagtattg ... ggttttgcagGAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
EST: gi|60399607|gb|DN232418.1|DN232418
EST:     TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGG                         GAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
genomic: TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGGgtaagtattg ... ggttttgcagGAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
EST: gi|108953655|gb|EC364823.1|EC364823
EST:     TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGG                         GAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
genomic: TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGGgtaagtattg ... ggttttgcagGAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
EST: gi|31350541|gb|CD434898.1|CD434898
EST:     TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGG                         GAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
genomic: TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGGgtaagtattg ... ggttttgcagGAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
EST: gi|60394010|gb|DN226880.1|DN226880
EST:     TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGG                         GAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
genomic: TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGGgtaagtattg ... ggttttgcagGAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
EST: gi|32859080|gb|CD998761.1|CD998761
EST:     TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGG                         GAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
genomic: TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGGgtaagtattg ... ggttttgcagGAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TCCCTGGGATGAAGCAGCGTCCACCACGCGGGTATAATCCCTACCATGGCTACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGGgtaagtattgtggtgtactactgtcaatatggatttctagttttctttctaacgtaatcgtttatggttttgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA